大蒜 (Allium Sativum) 具有独特的风味和药用价值杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载标题，是一种重要的蔬菜作物K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，广泛种植于世界各地K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，有数千年的种植历史K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发U8国际·[集团]有限公司官网，然而其进化史在很大程度上仍然是未知的K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站标题。大蒜虽然为二倍体物种U8国际·[集团]有限公司官网，但核基因组复杂mk体育(mksport集团)股份公司熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，具有大规模 (16.9Gb) 和大比例的重复序列 (91.3%)标题杏宇娱乐-杏宇注册登录平台，这同样限制了對大蒜种群进化史的解析熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载。但随着大蒜基因组的测序组装的完成熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，通过开展大蒜种质资源重测序及群体分析K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，构建大蒜全基因组变异圖谱熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站标题，系统探究大蒜种群进化历史具有重要意义熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTSK8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载。近日中國农业科学研究院麻类研究所、山东农业大学、长沙大学、山东省大蒜工程研究中心和北京諾禾致源科技股份有限公司联合美国夏威夷大学等国内外多家研究机构熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTSU8国际·[集团]有限公司官网，在国际权威期刊 Genome Biology 杂志上发表了题为“Genomic insights into the evolutionary history and diversification of bulb traits in garlic”文章熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站杏宇娱乐-杏宇注册登录平台。系统解析了大蒜的种群结构U8国际·[集团]有限公司官网，绘制了其变异圖谱K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，并探索了其进化历史熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站U8国际·[集团]有限公司官网，为基于大蒜基因组学的育种研究提供了宝贵的资源熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS杏宇娱乐-杏宇注册登录平台U8国际·[集团]有限公司官网。

研究意義

大蒜是一种不育的作物U8国际·[集团]有限公司官网杏宇娱乐-杏宇注册登录平台，可以作为蔬菜、调味品和药物U8国际·[集团]有限公司官网熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，具有重要的经济价值mk体育(mksport集团)股份公司K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS，然而其进化史在很大程度上仍然是未知的杏宇娱乐-杏宇注册登录平台mk体育(mksport集团)股份公司K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。該研究通過开展大蒜种质资源重测序及群体分析U8国际·[集团]有限公司官网熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站mk体育(mksport集团)股份公司，绘制了全面的大蒜基因组变异圖谱U8国际·[集团]有限公司官网，系统的揭示了大蒜种群进化历史mk体育(mksport集团)股份公司熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站，发现大蒜种群至少在十万年前开始发生分化熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站标题K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，中國主栽的四六瓣蒜和多瓣蒜是独立驯化的两个大蒜组群杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载。通过与转录组关联分析熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTSU8国际·[集团]有限公司官网，发现15.0%和17.5%的基因在兩個栽培群體中發生了差異表達熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站mk体育(mksport集团)股份公司，導致其轉錄組結構重塑标题。這項研究爲基于大蒜基因組學的育種提供了寶貴的資源熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS标题K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，並對這種營養體繁殖作物的進化史進行了全面的解析标题杏宇娱乐-杏宇注册登录平台熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站。

研究結果與結論

1.大蒜的種群結構

該研究通過GBS (Genotyping-by-sequencing) 技术對从17个国家收集的233个不同的大蒜种质进行测序分析熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，其中包括3份近缘种Allium ampeloprosum (圖1a)熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTSU8国际·[集团]有限公司官网杏宇娱乐-杏宇注册登录平台。研究共鉴定到2,036,304个SNPsK8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，平均84.3% Allium ampeloprosum 的reads与大蒜基因组一致熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站标题，覆盖4.9%的大蒜基因组熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口U8国际·[集团]有限公司官网，覆盖深度约为15.6倍杏宇娱乐-杏宇注册登录平台，这表明大蒜和Allium ampeloprosum 亲缘关系较近U8国际·[集团]有限公司官网K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载。通过neighbor joining (NJ) tree杏宇娱乐-杏宇注册登录平台杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载，贝叶斯聚类和主成分分析 (PCA) 发现K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载，大蒜种质可分为四个类群: 起源组 (OG)、中國主栽的四六瓣蒜组（CG1）、多瓣蒜组（CG2）以及其余组 (G3) (圖1b标题U8国际·[集团]有限公司官网，c)熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站mk体育(mksport集团)股份公司。其中OG组与Allium ampeloprosum 亲缘关系更接近标题，推测OG基因组更接近大蒜野生种杏宇娱乐-杏宇注册登录平台。

圖1 大蒜种质的地理分布、种群结构和遗传多样性K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。a, 230个大蒜种质的地理分布K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。 b, PC分析U8国际·[集团]有限公司官网mk体育(mksport集团)股份公司。c, NJ法构建系统发育树mk体育(mksport集团)股份公司U8国际·[集团]有限公司官网。d, 核苷酸多样性 (π) 和种群分化 (F_ST)杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载U8国际·[集团]有限公司官网。e, OG和两个栽培组CG1和CG2的鳞茎性状比较

2.基因组变异圖谱

通過對84份大蒜核心种质进行重测序分析探索其基因组变异模式U8国际·[集团]有限公司官网熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站mk体育(mksport集团)股份公司。共获得13.51Tb的测序数据标题，比對大蒜参考基因组熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS，平均比對率为99.05%熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS标题熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站，深度为9.36倍熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载。在大蒜基因组中共发现了129,409,768个变异位点熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站U8国际·[集团]有限公司官网标题，包括120,857,927个SNPs和8,551,841个indels (≤5 bp)杏宇娱乐-杏宇注册登录平台熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，基因组中平均每kb有8.0个变异位点mk体育(mksport集团)股份公司。有3,102,210个SNPs (2.57%) 和224,019个 (2.62%) indels位于编码区熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS杏宇娱乐-杏宇注册登录平台，其中211,213个非同义SNPs和7,083个移码indels可能改变蛋白质氨基酸序列杏宇娱乐-杏宇注册登录平台K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS。该研究绘制了大蒜种质第一个大规模的全基因组变异圖谱杏宇娱乐-杏宇注册登录平台，为该重要经济作物的生物学研究和育种研究提供了宝贵的资源熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS。

3.種群多樣性和分化

爲研究大蒜種群的遺傳多樣性杏宇娱乐-杏宇注册登录平台K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，對230份大蒜种质核苷酸多样性进行评估mk体育(mksport集团)股份公司，发现在4个类群中mk体育(mksport集团)股份公司，遗传多样性相對较低杏宇娱乐-杏宇注册登录平台标题，范围在1.79×10-5到2.88×10-5之间 (圖1d)熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTSK8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。通过遗传分化指数 FST對四个类群间的基因组多样性进行评估mk体育(mksport集团)股份公司，发现它们之间具有较高的FST值 (>0.368；圖1d)杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站mk体育(mksport集团)股份公司， 特别是OG和CG2之间的FST值高达0.474熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS，与两个水稻亚种籼稻和粳稻的FST值 (0.55) 相似标题，说明组群间存在高度分化K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。

4.栽培種 CG1 和 CG2 是獨立馴化的

通過分析OGK8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站mk体育(mksport集团)股份公司，CG1和CG2的有效群体大小K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，发现三个大蒜类群在50万年前就已出现分化K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站。此后杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载mk体育(mksport集团)股份公司熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，这三个种群大小呈现不同的变化趋势mk体育(mksport集团)股份公司，其中K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS标题， CG1在1.5万年出现种群瓶颈杏宇娱乐-杏宇注册登录平台， CG2在4万年前发生种群扩张杏宇娱乐-杏宇注册登录平台熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，紧接着种群持续减少K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载标题，在约7000年前达到一个瓶颈期 (圖2a)K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口U8国际·[集团]有限公司官网。由于人类仅有约一万年的作物驯化历史杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载标题，考古发现最早在公元前2600年才有大蒜相关记载标题K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。据此mk体育(mksport集团)股份公司，研究人员推测CG1和CG2在驯化之前就已发生分化熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，即CG1和CG2为独立驯化U8国际·[集团]有限公司官网mk体育(mksport集团)股份公司K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。D-statistic分析发现三个种群间并无基因流同样验证这一推测 (圖2b)标题熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站。研究者还观察到CG1和CG2的基因组表现出明显的分化K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，其中30.1% (总长度为4.89Gb) 的FST值超过0.5 (圖2c)熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。驯化选择信号分析发现熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，在57,561个大蒜基因中只有105个在两个栽培组CG1和CG2中受到共同选择 (圖2d)K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS杏宇娱乐-杏宇注册登录平台，该比例甚至低于两个独立驯化的甜瓜种melo 和agrestis杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站。这些结果进一步证实了CG1和CG2是独立驯化的K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。

圖2 CG1和CG2獨立馴化證據标题。a, OG、CG1和CG2的有效种群数量K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。b, Patterson's D检验大蒜种间基因流熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站。c, CG1和CG2的F_ST分布K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。d, 基因组中putative selective sweeps 的分布K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发mk体育(mksport集团)股份公司杏宇娱乐-杏宇注册登录平台。

5.CG1和CG2的轉錄組存在顯著的差異

該研究同時對OG杏宇娱乐-杏宇注册登录平台，CG1和CG2三个组群的81份种质进行了RNA-sequencingU8国际·[集团]有限公司官网K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，并分析群体中大蒜基因的转录本丰度熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站。香农-维纳指数（Shannon-Wiener index）分析发现大蒜基因在三个类群间的表达多样性呈现明显差异 (圖3a)K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口mk体育(mksport集团)股份公司。与OG相比杏宇娱乐-杏宇注册登录平台U8国际·[集团]有限公司官网熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站，15.0%的大蒜基因  (8,621个基因) 在CG1中存在差异表达K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，而在CG2中这一比例达到17.5% (100,96个基因；圖3b)熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTSmk体育(mksport集团)股份公司熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站。此外杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，研究者发现16.3%的大蒜基因 (9400个基因) 在CG1和CG2之间表现出差异性表达U8国际·[集团]有限公司官网mk体育(mksport集团)股份公司，包括3795个在CG1或CG2中特异性表达的基因mk体育(mksport集团)股份公司。将转录组数据与鳞茎性状进行进一步关联分析发现mk体育(mksport集团)股份公司，这些差异表达的基因在与鳞茎性状相关的功能组中显著富集 (P < 0.001；圖3c)杏宇娱乐-杏宇注册登录平台mk体育(mksport集团)股份公司标题。这一结果表明K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口杏宇娱乐-杏宇注册登录平台熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，转录组的差异可能与CG1和CG2中鳞茎性状的差异有关标题熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站。综上所述K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，经过分化和各自的进化mk体育(mksport集团)股份公司熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTSU8国际·[集团]有限公司官网，两个栽培大蒜群体的转录组结构表现出明显的差异mk体育(mksport集团)股份公司，并且这些差异与CG1和CG2中鳞茎性状的差异有关mk体育(mksport集团)股份公司U8国际·[集团]有限公司官网K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。

圖3 大蒜基因的表達演變K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。a, 三个大蒜组的基因表达特征杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站。b,  OG、CG1、CG2组间差异表达基因数量标题。c, 差异表达基因的富集分析mk体育(mksport集团)股份公司。d, Asa2G02184.1和Asa4G00255.1在三個大蒜組中的表達存在明顯差異熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS标题杏宇娱乐-杏宇注册登录平台。e, Asa2G02184.1和Asa4G00255.1的轉錄本豐度與蒜瓣數量性狀的關聯分析mk体育(mksport集团)股份公司杏宇娱乐-杏宇注册登录平台杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载。

6. 有害突变在CG1和CG2中經曆了單獨的積累和選擇清除

對84个大蒜品种的突变负荷进行评估标题杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载，发现在487,215个非同义突变中mk体育(mksport集团)股份公司，28.64% (139U8国际·[集团]有限公司官网标题，518) 为有害变异杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载。探究任意两个种质间有害突变的重复率标题杏宇娱乐-杏宇注册登录平台K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，发现个体间有害突变重复率变异幅度很大（2%-35%）K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发杏宇娱乐-杏宇注册登录平台，但三组之间的个体有害突变重复率均很斜晏鈓k体育(mksport集团)股份公司U8国际·[集团]有限公司官网。�<9%）(圖4)mk体育(mksport集团)股份公司熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站。这些结果表明熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，三个大蒜组群有害突变是单独积累形成的K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。大蒜是不育的U8国际·[集团]有限公司官网K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，一般通过鳞芽进行无性繁殖杏宇娱乐-杏宇注册登录平台U8国际·[集团]有限公司官网K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，这给通过重组消除其有害突变带来了挑战熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站。研究人员比较了驯化选择区间和非选择区间的有害突变熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，发现CG1和CG2的受选择区域内有害突变率仅为非选择区域的1.57%和1.34%U8国际·[集团]有限公司官网杏宇娱乐-杏宇注册登录平台K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，并且在CG1的选择性区域有21.02%的有害突变被移除U8国际·[集团]有限公司官网，这高于CG1全基因组的平均比例 (10. 32%；圖4)杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS，在CG2中也发现了类似的结果熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS。这一结果说明驯化选择有效清除了大蒜的有害突变负荷杏宇娱乐-杏宇注册登录平台熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站。

圖4 大蒜基因組中的有害突變負荷熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站。a,  84个大蒜品种中突变负荷的高度多样性标题。b,  OG、CG1和CG2之间有害突变数量的比较熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。c,  全基因组和选择性区域去除有害突变的百分比U8国际·[集团]有限公司官网。d, 选择性区域和非选择性区域之间的突变负荷比较 熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载U8国际·[集团]有限公司官网。

7.CG1和CG2的差異化選擇産生鱗莖性狀的多樣性

鱗芽數和鱗芽重量決定了大蒜鱗莖産量U8国际·[集团]有限公司官网，它們在三個組群間存在顯著差異熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站。其中鱗芽數杏宇娱乐-杏宇注册登录平台K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，與OG相比杏宇娱乐-杏宇注册登录平台U8国际·[集团]有限公司官网，在CG1中明显下降熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站U8国际·[集团]有限公司官网，但在CG2中略有增加 (圖5a)K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发mk体育(mksport集团)股份公司，表明在两个栽培组中性状演化的潜在差异U8国际·[集团]有限公司官网杏宇娱乐-杏宇注册登录平台K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。为了确定与鳞芽数量相关的基因mk体育(mksport集团)股份公司熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS，對230个大蒜材料进行全基因組關聯分析熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS，并确定了22个显著关联信号K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站。鉴定到一个TB1 同源的Asa2G00245.1 和一个AXR 同源的Asa2G00503.1 为鳞芽数性状相关的候选基因K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站杏宇娱乐-杏宇注册登录平台，并且其在CG1中受到强烈选择 (圖5c)杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站。变异分析发现Asa2G00245.1 基因中的一个突变产生了一个终止密码子熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS，携带该突变位点的种质会产生较少的鳞芽 (圖5d熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站mk体育(mksport集团)股份公司K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，e)杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载杏宇娱乐-杏宇注册登录平台。此外熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载，73.5%的CG1在Asa2G00245.1的启动子区域带有等位突变熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，导致该基因表达量降低并产生较少的鳞芽 (圖5d-f)K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口标题杏宇娱乐-杏宇注册登录平台。Asa2G00503.1 的表达分析显示U8国际·[集团]有限公司官网K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，在CG1中的表达量较高K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口杏宇娱乐-杏宇注册登录平台标题，其表达与大蒜群体的鳞芽数量呈负相关杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口标题，表明Asa2G00503.1 是鳞芽数量的候选抑制因子标题。Asa2G00503.1 的三个单倍型在84份大蒜种质中均被鉴定出来标题K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，但单倍型1和单倍型2只出现在OG和CG1中mk体育(mksport集团)股份公司熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站，CG2只携带单倍型3 (圖5h)；相应地mk体育(mksport集团)股份公司K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站，携带单倍型2的种质生产的鳞芽数量较少 (圖5i)熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS标题。

圖5 CG組群中鱗芽數量性狀的選擇印記U8国际·[集团]有限公司官网熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站。a, πOG/πCG1值最高的5%的基因组区域K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发杏宇娱乐-杏宇注册登录平台熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站。b, 大蒜TB1同源基因的系統發育樹杏宇娱乐-杏宇注册登录平台杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS。c, 2号染色体核苷酸多样性 (πOG/πCG1) 和F_ST值的分布 K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载。 d, 三个大蒜组中Asa2G00245.1的重要變異及其等位基因頻率K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。e, 具有Asa2G000245.1不同等位基因的大蒜材料中的鱗芽數量标题熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站。f, 三个大蒜组中Asa2G000245.1的表達水平mk体育(mksport集团)股份公司K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。g, 2号染色体160-170Mb区域曼哈顿圖K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS。h, Asa2G00253.1 基因三種單倍型的頻率杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站。 i, Asa2G00253.1不同單倍型鱗芽數量mk体育(mksport集团)股份公司U8国际·[集团]有限公司官网。

鳞芽重量是鳞茎产量的另一个关键组成部分mk体育(mksport集团)股份公司熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS。为了研究与鳞芽重量驯化有关的选择特征K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站U8国际·[集团]有限公司官网，研究者對鳞芽膨大前后的鳞茎部位进行转录组分析杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载U8国际·[集团]有限公司官网，发现4658个基因在鳞茎膨大期发生了差异表达标题U8国际·[集团]有限公司官网K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。多组学关联分析选着差异表达的Asa6G06199.1（Flowering locus T 同源基因）熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS，DELLA基因Asa2G00237.1和GA20氧化酶基因 Asa4G02474.1 为鳞芽重量性状候选基因熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS。同样标题U8国际·[集团]有限公司官网杏宇娱乐-杏宇注册登录平台，这些基因在不同的组群中经历了不同的选择 (圖6)标题U8国际·[集团]有限公司官网。值得注意的是熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站杏宇娱乐-杏宇注册登录平台，研究人员发现在CG1和CG2中分别有125个和248个基因经过选择熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，在不同发育阶段的鳞茎中呈现出不同的表达U8国际·[集团]有限公司官网杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载，表明它们可能参与了鳞茎的发育K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站。在这些差异表达的基因中mk体育(mksport集团)股份公司，只有8个基因在CG1和CG2中受到共同的选择mk体育(mksport集团)股份公司杏宇娱乐-杏宇注册登录平台，多数鳞茎性状候选基因要么仅在CG1中受到选择U8国际·[集团]有限公司官网，要么仅在CG2中具有选择信号K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，这些结果表明K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站，鳞茎性状在两个组群间的进化选择是独立进行熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，这进一步支持了CG1和CG2是独立驯化的标题。

圖6 CG2組群中鱗芽重量的選擇印記熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站。 a,  πOG/πCG2值前5%的基因组区域标题杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载。b和d, 分别为鳞芽重量候选基因Asa06G6199.1 和Asa04G02474.1 的單倍型K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发杏宇娱乐-杏宇注册登录平台熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站。 c和e, Asa06G6199.1和Asa04G02474.1 在三個大蒜組中的表達水平

该研究由国内外多家单位研究人员共同协作完成杏宇娱乐-杏宇注册登录平台。山东农业大学李宁阳教授杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载，孙秀东副教授熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载标题，已毕业博士生高松（扬州大学）熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载，中國农业科学院麻类研究所博士生张雪钰标题，朱四元研究员mk体育(mksport集团)股份公司K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，程毅博士和北京諾禾致源科技股份有限公司刘孟为本文第一作者K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发杏宇娱乐-杏宇注册登录平台mk体育(mksport集团)股份公司。中國农业科学研究院麻类研究所、扬州大学园艺与植物保护学院特聘教授刘头明杏宇娱乐-杏宇注册登录平台杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载mk体育(mksport集团)股份公司，中國农业科学研究院麻类研究所粟建光研究员标题熊猫体育【Panda】官方网站- Panda SPORTS，西北农林科技大学程智慧教授和北京諾禾致源科技股份有限公司研发与合作中心首席科学家田仕林研究员为论文通讯作者标题熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站。 早在2020年刘头明研究團隊就携手北京諾禾致源科技股份有限公司破译了大蒜栽培种二水早的基因组熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，组装了一个16.3 Gb的染色体水平大蒜基因组mk体育(mksport集团)股份公司，使大蒜成为第一个完成基因組測序的葱属植物熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站mk体育(mksport集团)股份公司，为基于大蒜的全基因组的研究奠定了基础杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。在该研究在此基础上熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站，本研究再次开展大蒜种质资源重测序及群体分析熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站U8国际·[集团]有限公司官网标题，系统构建大蒜基因组变异圖谱、揭示大蒜种群进化历史U8国际·[集团]有限公司官网杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载标题，为葱属植物的生物学和育种研究提供宝贵的遗传学资源杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站。