B·体育-运动(B - Sports)体育官方网站·(中国区)B·体育-运动(B - Sports)体育官方网站-10X 单细胞ATAC-結果展示-諾禾致源

基因組測序>
- 建庫測序>
  - 二代建庫測序服务
  - 三代建庫測序服务
- 人类基因組測序>
- 动植物基因組測序>
- 微生物基因組測序>
轉錄調控測序>
表觀組測序>
單細胞測序>
空間轉錄組>
基因分型>
質譜分析>
- 蛋白組學分析>
- 代謝組學分析>
- 血液蛋白質組分析>
  - Olink血液蛋白質組學
多組學聯合分析>
分子育種>
基因合成>
相关資料下載

10X 单细胞 ATAC

1.原始數據預處理

TAC进行基本的数据分析沐鸣娱乐II（中国）官方平台资讯站_沐鸣娱乐2PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAcePG电子·(中国China)官方网站，主要结果包括：测序数据的产出和质量统计、参考基因组比对情况、实验捕获的细胞数目统计、细胞的fragments统计、fragments的基因组特征区域分布等MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports。基于Cell Ranger A

2.差異Peak分析

將每個cluster和剩余所有cluster之間進行差異可接近性比較K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发beat·365(中文)-唯一官方认证网站PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce，可以找到每個cluster特有的開放區域PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAcePG电子·(中国China)官方网站。

3.Peak注釋

为研究 TSS 侧翼的开放性程度beat·365(中文)-唯一官方认证网站K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发，我们根据其与 peak 的距离K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发beat·365(中文)-唯一官方认证网站，统计TSS临近区域的peak分布情况；后续使用ChIPseeker 对 peak 在基因组不同功能区域（promoter、5’UTR、3’UTR、 Exon、Intron、Downstream、Intergenic）上的分布进行注释和统计beat·365(中文)-唯一官方认证网站。

4.聚類分析

基于ATAC的peak信號博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」，可對細胞進行聚類分析MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk SportsK8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发MG不朽情缘·(中国大陆)官方网站，然後通過t-SNE對樣本進行降維、可視化MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩MG不朽情缘·(中国大陆)官方网站，展示細胞的分群情況^[1]沐鸣娱乐II（中国）官方平台资讯站_沐鸣娱乐2PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAceMK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports。

5.Maker基因展示

通過聚類分析得到的各cluster中差異高表達的基因EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发，針對這些特征性marker基因以多種形式進行展示^[2]博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩beat·365(中文)-唯一官方认证网站。

6.Motif注釋分析

將鑒定到的染色質開放位點同轉錄因子數據庫JASPAR關聯MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk SportsPG电子·(中国China)官方网站EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」，可對cluster的每個Motif進行注釋沐鸣娱乐II（中国）官方平台资讯站_沐鸣娱乐2beat·365(中文)-唯一官方认证网站MG不朽情缘·(中国大陆)官方网站，然後把Motif注釋結果投射到t-SNE細胞分群圖MG不朽情缘·(中国大陆)官方网站。可以把cluster差異motifbeat·365(中文)-唯一官方认证网站EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」，在t-SNE分群圖中可視化EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩，展示Motif活性信號^[3]EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」。

7.10x 单细胞转录组和10x ATAC联合分析

使用FindTransferAnchors鑒定scATAC-seq數據集和scRNA-seq數據集的錨點進行整合分析^[4]MG不朽情缘·(中国大陆)官方网站。

參考文獻

[1] Chen X, Miragaia R J, Natarajan KN, et al. A rapid and robust method for single cell chromatin accessibility profiling[J]. Nature Communications, 2018.
[2] Pervolarakis N, Sun P, Gutierrez G, et al. Iisntegrated single-cell transcriptomics and chromatin accessibility analysis reveals novel regulators of mammary epithelial cell identity[J]. Cell Reports,2019.
[3] Cusanovich D A博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩beat·365(中文)-唯一官方认证网站，Hill A J, Aghamirzaie D, et al. Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility[J]. Cell, 2018, 147(5): 1309-1324.
[4] Long, Zhilin et al.“Single-cell multiomics analysis reveals regulatory programs in clear cell renal cell carcinoma.”Cell discovery vol. 8,1 68. 19 Jul. 2022.