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10X 单细胞转录组

UMAP降維分析展示

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差異基因展示

差異基因Violin圖形展示

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細胞群定義展示

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細胞通訊分析展示

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PySCENIC轉錄因子分析展示

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參考文獻

[1] Seiler KM, et al. Single-Cell Analysis Reveals Regional Reprogramming During Adaptation to Mas-sive Small Bowel Resection in Mice. Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology. https://doi.org/10.1016/j.jcmgh.2019.06.001
[2] Hermann B P, Cheng K, Singh A, et al. The Mammalian Spermatogenesis Single-Cell Transcriptome, from Spermatogonial Stem Cells to Spermatids. Cell Reports, 2018, 25(6), 1650?1667.e8.doi:10.1016/j.celrep.2018.10.026
[3] Hermann B P, Cheng K, Singh A, et al. The Mammalian Spermatogenesis Single-Cell Transcriptome, from Spermatogonial Stem Cells to Spermatids[J]. Cell Reports, 2018, 25(6), 1650-1667.e8.doi:10.1016/j.celrep.2018.10.026
[4] Skelly D A, Squiers G T, Mclellan M A, et al. Single-Cell Transcriptional Profiling Reveals CellularDiversity and Intercommunication in the MouseHeart[J]. Cell Reports, 2018, 22, 600-610.doi.org/10.1016/j.celrep.2017.12.072