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空間轉錄組

10x Visium CytAssist空间轉錄組測序

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  • 10x Visium CytAssist空间轉錄組測序:10x Visium CytAssist空間轉錄組产品以高分辨率来展示组织不同位置的基因表达信息U8国际·[中国区]有限公司官网,增加信息检测维度XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台。该产品具有样本准备简单、分辨率高、灵敏度高和无偏检测基因表达等特点PA视讯·(中国区)官方网站 - Play。

技術路線

切片

質控

染色成像

探針雜交

建庫測序

數據分析

  • 探針雜交

    针对人(>18000基因)和小鼠(>20000基因)mRNA设计特异性探针XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,每个探针分为左侧探针(LHS)和右侧探针(RHS)两部分:LHS包含read 2 测序引物结合序列和特异性序列人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网PA视讯·(中国区)官方网站 - Play,RHS 包含特异性序列和polyA序列PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce。LHS与RHS的特异性序列与mRNA结合后澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版PA视讯·(中国区)官方网站 - Play,连接形成完整的探针序列人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。再经过透化等过程澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版U8国际·[中国区]有限公司官网,将探针释放与玻片的Oligo序列结合和延伸熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网熊猫体育-【中国区】官方平台网站,最终构建成完整的文库人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网。

10x Visium 玻片

  • 10x Visium载玻片包含2或4个捕获区域(对应2或4张切片)人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,可制备2或4个转录组文库;

信息分析

数据经过严格質控杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,采用10x Visium官方分析流程和自主开发分析流程熊猫体育-【中国区】官方平台网站,将染色图像与表达数据相结合XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版熊猫体育-【中国区】官方平台网站人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,获取空间位置表达信息澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,确保數據分析准确性和可靠性U8国际·[中国区]有限公司官网澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。
10x Visium FFPE 空間轉錄組 分析內容
數據處理
数据質控
數據比對
表達定量
Space ranger /Seurat 分析
PCA降維
聚類/降維分析
差異表達分析
小提琴圖
聚類熱圖
t-SNE/UMAP展示
空間位置展示
富集分析
Reactome 富集分析
聚类GO 富集分析热图
KEGG 富集分析
高級分析
Spot 定义
軌迹分析
拷貝數分析
WGCNA共表達
腫瘤特征分析

應用方向

  • 腫瘤學:腫瘤微環境、腫瘤異質性、疾病進展、癌症形態、三級淋巴結構
    免疫學:免疫細胞浸潤、免疫細胞基因表達特征、免疫細胞傳播
    發育生物學:人類發育過程中空間位置表達、發現組織中與形態相關的基因
    神經科學:繪制腦部細胞層、解析正常和病變區域表達特征
    病理學:增加表達維度的形態學結論、基因表達驗證病理准確性

常見問題

  • 1.为什么选空间轉錄組測序技术XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,它能为我们带来什么样的结果人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网?

    • 在生物學中杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载,“空間”這個概念具有非常重要的意義qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口熊猫体育-【中国区】官方平台网站杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载,可以用來描述生物網絡的相互作用PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce熊猫体育-【中国区】官方平台网站U8国际·[中国区]有限公司官网,例如:
      (1)胚胎發育時期PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载,細胞處于胚胎中的位置不同qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce,有著不同的發育命運熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台熊猫体育-【中国区】官方平台网站,從而形成特定的器官U8国际·[中国区]有限公司官网澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网。
      (2)肿瘤的发生PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,生长qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口,转移及演化与肿瘤所处的微环境有着密切的关系U8国际·[中国区]有限公司官网熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,肿瘤细胞PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,肿瘤相关的基质细胞(stromal cell)及周围的血管人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,组织免疫细胞等共同形成了“肿瘤微环境”澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版PA视讯·(中国区)官方网站 - Play熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台,肿瘤与环境之间既可以相互促进又可以相互拮抗U8国际·[中国区]有限公司官网,因此利用空間轉錄組对肿瘤微环境的研究对于认识肿瘤的发生U8国际·[中国区]有限公司官网,发展PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce,转移和治疗有着重要的意义杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载。 每个细胞处于不同的微环境中杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口,会出现不同的基因表达模式和功能差异PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAceU8国际·[中国区]有限公司官网。只有结合它们的空间位置信息U8国际·[中国区]有限公司官网熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载,才能更好的诠释该类细胞在特定环境下的生物学功能澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载PA视讯·(中国区)官方网站 - Play。
  • 2.10x Visium FFPE 空間轉錄組产品可以适用于哪些樣本類型XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版?

    • 10x Visium FFPE 空間轉錄組空间测序PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce,采用探針雜交后XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,再捕获建库qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口。目前澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台PA视讯·(中国区)官方网站 - Play,10x Visium探针仅限于人和小鼠两个物种熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。
  • 3.FFPE組織尺寸標准PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载,及尺寸不符的處理辦法U8国际·[中国区]有限公司官网qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台?

    • 样本截面大小应不超过6.5 mm × 6.5 mmPA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce。稍大的组织样本PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载,比如长条状的熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载,长度在1 cm左右杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载熊猫体育-【中国区】官方平台网站,可在组织切片时通过组织划分的方法获得合适大小的切片PA视讯·(中国区)官方网站 - Play人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台。
  • 4.樣本質檢的內容及方法澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口?

    • FFPE切片质检合格后PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce熊猫体育-【中国区】官方平台网站,才能进行空間轉錄組试验熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce,质检的内容主要包括: (1)组织形态学检测: FFPE H&E 染色观察组织形态上是否完整熊猫体育-【中国区】官方平台网站澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台,比如是否有大的裂痕、褶皱等状态杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网。
      (2)RNA 完整性检测: 收集10~20片FFPE切片提取 RNA澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,利用安捷伦2100检测RNA片段长度分布PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAceXC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。长度大于200 bp的RNA片段占比超过50%XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版U8国际·[中国区]有限公司官网qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口,说明质检合格PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAcePA视讯·(中国区)官方网站 - Play熊猫体育-【中国区】官方平台网站。
      (3)粘附性测试: 每个样本取4张FFPE 切片PA视讯·(中国区)官方网站 - Playqy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口,在与10x Visium 玻片相同材质的玻片上进行贴片、脱蜡和染色等试验后XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口,观察组织脱片程度XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。没有脱片或轻微脱片则可继续空間轉錄組捕获建库XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。

拓展材料

更多內容qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台,可掃描側邊欄"一對一業務咨詢"二維碼添加科研服務經理咨詢PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce。

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