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基因分型

數據質控

对下机数据进行數據質控以及标准化杏宇娱乐-杏宇注册登录-平台官网龙8-long8·(国际)唯一官方网站,通过样本 beta 值密度曲线图、PCA、箱线图等展示样本间、组间的甲基化情况以及相互关系龙8-long8·(国际)唯一官方网站,能够对项目样本的整体情况有个直观了解龙8-long8·(国际)唯一官方网站,初步分析样本情况是否满足预期的实验设计U8国际·[股份]有限公司官网CQ9电子·(中国区)官方app网站有限公司官网PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站。
  • 图1 甲基化beta值密度分布示例图 图2 PCA示例图

差異甲基化位點分析

差异甲基化位点(differentially methylated CpG positionsPG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站杏鑫平台|杏鑫娱乐-杏鑫登录-杏鑫官方平台,DMP)是甲基化研究的主要环节杏鑫平台|杏鑫娱乐-杏鑫登录-杏鑫官方平台杏宇娱乐-杏宇注册登录-平台官网,对于后续寻找 biomarker 有重要意义龙8-long8·(国际)唯一官方网站CQ9电子·(中国区)官方app网站有限公司官网。DMP 分析通过比对 case 组与 control 组的 β 值获得Δβ值CQ9电子·(中国区)官方app网站有限公司官网,从而得到 case 组差异甲基化位点;DMP的展示可以通过绘制火山图、散点图、热图等来反应组间整体差异情况zoty中欧·(中国集团公司)官方网站杏鑫平台|杏鑫娱乐-杏鑫登录-杏鑫官方平台。 图3 DMP 火山示例图

差異性甲基化區域

在基因组中差异甲基化位 点经常会成 簇出现龙8-long8·(国际)唯一官方网站,形成一段差異性甲基化區域(Differentially Methylated Regionqy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口,DMR)fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88,区段的范围小至数百 bpPG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88K8凯发就来凯发集团【中国】天生赢家一触即发,大到Mb 级别PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站杏宇娱乐-杏宇注册登录-平台官网K8凯发就来凯发集团【中国】天生赢家一触即发,DMR被认为在基因印记调节中起重要作用龙8-long8·(国际)唯一官方网站。 图4 DMR 长度密度分布示例图

Gene Ontology

Gene Ontology(简称 GO)是基因功能国际标准分类体系杏宇娱乐-杏宇注册登录-平台官网龙8-long8·(国际)唯一官方网站U8国际·[股份]有限公司官网。作为基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)所建立的数据库杏宇娱乐-杏宇注册登录-平台官网U8国际·[股份]有限公司官网zoty中欧·(中国集团公司)官方网站,它旨在建立一个适用于各种物种的fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88,对基因和蛋白质功能进行限定和描述的PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站,并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准U8国际·[股份]有限公司官网杏宇娱乐-杏宇注册登录-平台官网K8凯发就来凯发集团【中国】天生赢家一触即发。GO 分为分子功能(Molecular Function)、生物过程(Biological Process)和细胞组成(Cellular Component)三个部分qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口。基因或蛋白质可以通过 ID 对应用于对应到 TermPG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站龙8-long8·(国际)唯一官方网站qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口,即功能类别或者细胞定位CQ9电子·(中国区)官方app网站有限公司官网qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口。 图5 显著富集GO term示例图

KEGG pathway

KEGG 可利用分子水平信息PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站,尤其是大型分子数据集生成的基因組測序数据和其他高通量实验技术的实用程序数据库资源fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88zoty中欧·(中国集团公司)官方网站,把从得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来zoty中欧·(中国集团公司)官方网站,用以了解高级功能和生物系统(如细胞、生物和生态系统)qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口zoty中欧·(中国集团公司)官方网站龙8-long8·(国际)唯一官方网站。 图6 显著富集 KEGG pathway 示例图

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