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單細胞測序

DNBelab C-TaiM4单细胞转录组

樣本tSNE/UMAP分型分析

tSNE降維聚類圖 UMAP降維聚類圖
聚類分析用于識別細胞亞型杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版MK(体育科技有限公司)体育·官方网站,根據聚類結果杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发kg体育·(中国China)官方网站,采用t-SNE/UMAP降維算法K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发,在二維空間上展示細胞的分布情況杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载,同一cluster的細胞用相同顔色表示EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网。

差異基因展示

差異基因violin圖形展示 挑選每個cluster高表達基因觀察其在不同cluster中的表達情況官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心,繪制小提琴圖
差異基因tSN圖形展示 挑選每個cluster的高表達基因進行特異標注MK(体育科技有限公司)体育·官方网站lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司,可獲得每個差異基因在各cluster中的表達情況DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网。 差異基因聚類熱圖展示 將各個cluster鑒定到的top差異基因進行整體熱圖展示熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站kg体育·(中国China)官方网站,同一個cluster內的差異基因表達量會高于其他組DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网,熱圖中黃色表示高表達DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网MK(体育科技有限公司)体育·官方网站,紫色表示低表達杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。

功能富集分析

GO功能富集 GO(Gene Ontology)是描述基因功能的综合性数据库EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」,可分为分子功能(Molecular Function)官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」,生物过程(biological process)和细胞组成(cellular component)三个部分lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。从GO富集分析结果中lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」,选取最显著的Term绘制柱状图/散点图进行展示MK(体育科技有限公司)体育·官方网站DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网。
KEGG通路富集 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是整合了基因组、化学和系统功能信息的综合性数据库kg体育·(中国China)官方网站DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网MK(体育科技有限公司)体育·官方网站。从KEGG富集结果中kg体育·(中国China)官方网站,选取最显著的通路绘制柱状图/散点图进行展示kg体育·(中国China)官方网站。
Reactome富集分析 Reactome數據庫彙集了人類各項反應及生物學通路K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。從Reactome富集分析結果中EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司MK(体育科技有限公司)体育·官方网站,選取最顯著的Term繪制柱狀圖/散點圖進行展示DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网kg体育·(中国China)官方网站。

輔助細胞定義

基于marker gene应用诺禾自主开发novoalgor进行自动化的细胞定义lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司kg体育·(中国China)官方网站MK(体育科技有限公司)体育·官方网站,交付marker基因的UMAP图、小提琴图MK(体育科技有限公司)体育·官方网站。

細胞通訊分析

細胞通訊 采用cellphoneDB进行細胞通訊分析杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网,可以推断不种细胞类型之间丰富的配体-受体相互作用kg体育·(中国China)官方网站杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。

軌迹推斷

軌迹推斷 采用monocle2进行细胞軌迹推斷分析kg体育·(中国China)官方网站杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载,基于关键基因的表达模式杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,在拟时间中对单个细胞进行排序DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,模拟出细胞随拟时间发展发育过程的动态变化EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」MK(体育科技有限公司)体育·官方网站熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站。将CytoTRACE和monocole2联合熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站,自动通过CytoTRACE确定根节点K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发kg体育·(中国China)官方网站,并将根节点参数传入monocole2进行分析DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网kg体育·(中国China)官方网站EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」。

SCENIC轉錄因子分析

SCENIC轉錄因子分析 采用pySCENIC可以推斷不同細胞特有的調節子K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发,並評估調節子在單個細胞中的活性EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」,根據調節子的AUCell進行推斷細胞狀態;計算不同cluster的調節子特異性得分(RSS)DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心,找到cluster特異的調節子熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站。

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