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比较轉錄組測序

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Transcriptome sequencing of Crucihimalaya himalaica (Brassicaceae) reveals how
Arabidopsis close relative adapt to the Qinghai-Tibet Plateau

期刊：Scientific reports
影響因子：5.578
发表单位：云南大学、中國科学院、中國科学院大学、复旦大学、东卡罗来纳州立大学
發表時間：2016年2月

一、研究背景

青藏高原的极端环境使其成为研究植物适应进化机制的理想场地beat365中文官方网站[官网]-正版App Storezoty中欧·(中国集团公司)官方网站。须弥芥分布于青藏高原地区乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户意昂体育·[官方网]有限公司官网kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站，是拟南芥的近缘物种乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户，是研究物种形成和生态适应性的理想材料意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站。本研究通过轉錄組測序意昂体育·[官方网]有限公司官网，鉴定出了49,438个须弥芥基因乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站，并与5个近缘种比较zoty中欧·(中国集团公司)官方网站乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!，揭示了须弥芥适应青藏高原环境的复杂机制乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站zoty中欧·(中国集团公司)官方网站乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户。

二、方法流程

取材

建庫

測序

分析

分别选取发育15d和30d的须弥芥叶、茎、根混样进行转录组测序在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅，每组2个重复kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户。

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Illumina HiSeq 2500

De novo组装、转录本注释、同源基因鉴定、正向选择分析

三、研究結果

1. 须弥芥基因注释
对鉴定出的unigene进行比对注释kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户，共有39,189 (79.26%)个unigene得到了注释沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!beat365中文官方网站[官网]-正版App Store，亲缘关系最近的三个的物种是荠菜、琴叶拟南芥、拟南芥kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站zoty中欧·(中国集团公司)官方网站沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!。
2. Orthogroups鉴定与选择分析
本研究共鉴定出了22,572个Orthogroups意昂体育·[官方网]有限公司官网，包含 152,769个基因zoty中欧·(中国集团公司)官方网站。其中10,487(46.46%)个 Orthogroups在分析的6个物种中均存在乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站意昂体育·[官方网]有限公司官网kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站。进化树分析表明须弥芥与荠菜亲缘关系最近意昂体育·[官方网]有限公司官网，与各物种的 dN/dS均集中在0.1-0.2意昂体育·[官方网]有限公司官网。
3.正向選擇基因的功能分析
对须弥芥中正向选择基因（PSG）进行GO和KEGG 分析乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户意昂体育·[官方网]有限公司官网beat365中文官方网站[官网]-正版App Store，发现这些基因在辐射响应、DNA修复、氮代谢、细胞稳态等方面显著富集乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户意昂体育·[官方网]有限公司官网beat365中文官方网站[官网]-正版App Store，这些特性正是须弥芥适应青藏高原环境所必须的在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅。

四、研究結論

植物生长的固着性使其进化出了复杂的调控机制来应对周遭环境的变化意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户。本研究通过对须弥芥的轉錄組測序和进化分析乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站意昂体育·[官方网]有限公司官网K8凯发就来凯发集团【中国】天生赢家一触即发，研究了其适应青藏高原环境的复杂机制beat365中文官方网站[官网]-正版App Store意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS乐天堂fun88·（官网）娱乐中心 -我的账户，为研究植物进化提供了重要信息K8凯发就来凯发集团【中国】天生赢家一触即发。