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轉錄調控測序

轉錄本拼接

对于无参考基因组的物种HOME_U8国际_U8共创美好未来熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站,获得clean reads后U8国际·[股份]有限公司官网熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站,需要对clean reads进行拼接以获取后续分析的参考序列熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站U8国际·[股份]有限公司官网。諾禾致源采用主流软件Trinity对clean reads进行拼接K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发,拼接得到转录本序列K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台U8国际·[股份]有限公司官网,取每条基因转录出的最长转录本作为unigeneU8国际·[股份]有限公司官网熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长,作为后续分析的参考序列博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长。

基因表達水平

將每個樣本的測序reads與參考序列(拼接得到的轉錄本)進行比對K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版U8国际·[股份]有限公司官网,
得到了每個樣品比對到每個基因上的readcount數目PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩,
並對其進行FPKM轉換U8国际·[股份]有限公司官网,進而分析基因的表達水平U8国际·[股份]有限公司官网熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台。

進化樹構建

OrthoMCL对全长的CDS序列进行了直系同源基因搜索分析U8国际·[股份]有限公司官网,并筛选出一对一的直系同源基因进行序列比对博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩,构建系统进化树博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩,将系统进化树结果导入MEGA可查看系统進化樹構建结果PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰乐天堂fun中心(fun88) 官方网站K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发。

直系同源基因Ka/Ks分析

判斷直系同源基因哪些屬于同義替換乐天堂fun中心(fun88) 官方网站,哪些屬于非同義替換熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台,計算Ka/Ks尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版。在遺傳學中K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发,Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義替換率(Ka)和同義替換率(Ks)之間的比例博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩。這個比例可以判斷是否有選擇壓力作用于這個蛋白質編碼基因熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台HOME_U8国际_U8共创美好未来。如果Ka/Ks>1K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰,則認爲有正選擇效應;如果Ka/Ks=1熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台,則認爲存在中性選擇;如果Ka/Ks<1熊猫体育中国app官网下载地址(官方)认证体育赛事直播平台尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站,則認爲有純化選擇作用乐天堂fun中心(fun88) 官方网站。

GO、KEGG富集分析

對獲得的直系同源基因進行GO和KEGG富集分析U8国际·[股份]有限公司官网尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发,進一步明確各基因的功能
和通路信息PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰乐天堂fun中心(fun88) 官方网站MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长,能更加明確進化過程中哪些功能基因受到選擇博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长。

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