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定性蛋白質組

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Membrane proteomic insights into the physiology and taxonomy of a green microalga

研究对象:绿藻(Green microalga)
期刊:Plant Physiology
影響因子:6.454
發表單位:墨西哥國立自治大學、南十字星大學
發表時間:2017年1月

一、研究背景

Ettlia oleoabundans 是一种未被测序过的产油绿色微藻,尽管利用这种微藻的酰基脂质加工化合物具有显著的生物价值,但是我们对于Ettlia oleoabundans的生理学与生物化学缺乏最基本的理解,特别是氮缺乏状况下的脂质积累过程球客岛-足球比分直播平台EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」。本研究使用基于RNA-Seq的蛋白质组学方法,配合手工注释,首次报道了Ettlia oleoabundans的膜蛋白質組DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录。利用此方法,首次鉴定到了几种新发蛋白,并证明LC MS/MS技术与电泳技术相结合可用于确定目标蛋白的细胞内定位澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长。

二、研究策略

取樣策略

質譜策略

信息分析

E.oleoabundans 在缺氮状态下培养4天, 提取微粒体

使用FFZE方法将样本分组分,选取总微粒体样本与FFZE组分样本进行质谱检测,DDA质谱策略(Orbitrap )

基于RNA-Seq結果,構建 E.oleoabundans 蛋白质数据库,并与Viridiplantae蛋白库合并搜库,对所鉴定蛋白进行功能注释

三、研究結果

1. Ettlia oleoabundans膜蛋白質組
本文使用基于RNA-Seq的蛋白质组学策略,利用从头测序产生的转录组数据作为指导,组建包含54,652条非冗余预测蛋白质序列的 E.oleoabundans蛋白质数据库球客岛-足球比分直播平台DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩。将 E.oleoabundans蛋白质数据库与Viridiplantae 蛋白库进行合并后搜库,共鉴定到551种蛋白质 (18,902个谱图),其中404种蛋白在4个生物学重复中的至少2个鉴定到澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。与仅使用Viridiplantae数据库相比,这个数字增加了13.5倍MG不朽情缘·(中国大陆)官方网站尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」。
2. 发现几种新发蛋白,并通过質譜分析,确定了其细胞定位
本研究對 E.oleoabundans中新发现的光合作用蛋白PSBS(图 1)和MPH1(图2)进行了鉴定熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台CQ9(电子中国)在线官方网站。PSBS和MPH1蛋白之前被认为是高等光合作用生物所特有的尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录MG不朽情缘·(中国大陆)官方网站博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩。除了与光合作用相关的蛋白外,本研究还检测到RP2-CLC蛋白,这是一种新型的结构域蛋白,可能参与低等真核生物中网格蛋白包裹的囊泡细胞内运输过程尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网。本研究还证实PSBS和MPH1存在于叶绿体,而RP2-CLC 存在于细胞膜(图3)球客岛-足球比分直播平台尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录。
3. 膜蛋白質組功能注释,重新确定了 E.oleoabundans的系統分類學地位
E.oleoabundans目前被归属于绿藻纲,不过本项研究发现的92%的蛋白质与共球藻纲类物种具有同源性,而仅有 3%的蛋白与绿藻纲类同源博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录。而且对于特异蛋白PSBS、 MPH1、TBCC、RP2-CLC的系统进化分析也显示, E.oleoabundans与C.variabilis(共球藻纲)的亲缘关系比与绿藻纲更近EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」MG不朽情缘·(中国大陆)官方网站CQ9(电子中国)在线官方网站。

四、研究結論

本研究针对产油微藻的膜蛋白質組学进行了详细的研究CQ9(电子中国)在线官方网站。利用基于RNA-Seq的蛋白质组学策略,共鉴定到551种蛋白质,其中404种蛋白在4个生物学重复中的至少2个都鉴定到尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩。发现2 种与光合作用相关的新发蛋白PSBS和MPH1MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩。另外还检测到1种新型的结构域蛋白RP2-CLC,预测其可能参与囊泡的细胞内运输EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长。对于膜蛋白質組的功能注释重新确定了E.oleoabun- dans与共球藻纲亲缘性更近熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台。