基因組組裝

• 三代測序組裝策略

基因組組裝

• 組裝結果評估

• 1. 序列一致性评估

  在爲了評估組裝的准確性尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网B·体育【中国官】B-sports登录入口熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台，選取一定量的測序數據與組裝基因組比對MG不朽情缘·(中国版区)官方网站K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发，統計reads的比對率、覆蓋基因組的程度以及深分布情況杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，由此評估組裝的效果EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」B·体育【中国官】B-sports登录入口尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网。

• 2. GC含量分析

  組裝的基因序列計算其GC含量和平均深度熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站，根據此圖分析測序數據是否存在GC偏向性以及樣本是否存在汙染EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台。

• 3. BUSCO评估

  BUSCO（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs：http://busco.ezlab.org/）评估是使用单拷贝直系同源基因库熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台MG不朽情缘·(中国版区)官方网站，结合tblastn、augustus 和hmmer 等软件对组装得到的基因组进行评估B·体育【中国官】B-sports登录入口尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网MG不朽情缘·(中国版区)官方网站，以此评估组装基因组的完整性U8国际·[China]有限公司官网EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站。

基因組注釋

• 注釋流程

• 1. 重复序列注释

  重复序列可分为串联重复序列（Tendam repeat）和散在重复序列（Interpersed repeat）两大类熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，分别用de novo 預測和同源預測的方法對基因組進行repeat注釋U8国际·[China]有限公司官网kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台。

• 2. 基因結構注释

  基因結構de novo 預測中用于比對的同源物種包括多個物種尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台，可以預測多種元件情況MG不朽情缘·(中国版区)官方网站杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版U8国际·[China]有限公司官网。

• 3. 基因功能注释

  将基因結構注释得到的基因集与已知蛋白数据库比对K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发B·体育【中国官】B-sports登录入口熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台，得到基因的功能信息杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站。常用的蛋白数据库有SwissProtMG不朽情缘·(中国版区)官方网站，TrEMBLU8国际·[China]有限公司官网B·体育【中国官】B-sports登录入口，KEGGEON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，Go和InterPro”配表如下：

  	Number	Percent(%)
  Total	28355	-
  InterPro	18417	64.951508
  KEGG	18670	65.843767
  Swissprot	21329	75.221301
  TrEMBL	22920	80.832305
  GO	14767	52.078998
  Annotated	23045	81.273144
  Unanotated	5310	18.726856

• 4. 非编码RNA（ncRNA）注释

  非編碼RNAEON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」MG不朽情缘·(中国版区)官方网站尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网，指不翻譯蛋白質的RNAkg体育官网视讯(中文站) - 官方网站，如rRNA、tRNA等U8国际·[China]有限公司官网，這些RNA都具有重要的生物學功能MG不朽情缘·(中国版区)官方网站。通過與已知ncRNA庫進行比對得到基因組的ncRNA信息（統計結果如下表）B·体育【中国官】B-sports登录入口。

  Type		Copy(w)	Average length(bp)	Total length(bp)	% of genome
  miRNA		536	139.341417910448	74687	0.001834
  tRNA		1238	75.218901453958	93121	0.002287
  rRNA	rRNA	6758	186.523527670909	1260526	0.030954
  	18S	688	871.928779069767	599887	0.014731
  	28S	572	121.784965034965	69661	0.001711
  	5.8S	275	125.298181818182	34457	0.000846
  	5S	5223	106.551981619759	556521	0.013666
  snRNA	snRNA	381	118.968503937008	45327	0.001113
  	CD-box	99	107.060606060606	10599	0.000260
  	HACA-box	19	135.631578947368	2577	0.000063
  	splicing	263	122.247148288973	32151	0.000790

生物學分析

• 1. 基因家族分析

  基于基因家族聚类的结果EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发，鉴定物种特有的基因或者基因家族；发生显著扩增/收缩的基因家族；重要基因家族深入分析等（下图 左）尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录。

• 2. 系统进化分析

  構建物種進化樹尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录，在全基因組水平上評估物種間進化關系；探討整體進化地位和物種起源問題MG不朽情缘·(中国版区)官方网站EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，估算與其他近緣物種之間的分化時間尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录。

• 3. 正选择分析

  通过自然选择某些有利的基因被固定下来MG不朽情缘·(中国版区)官方网站，受到了正选择的基因K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网，往往在该物种对环境的适应性方面有重要作用kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站MG不朽情缘·(中国版区)官方网站杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，全基因組測序能充分挖掘正选择基因U8国际·[China]有限公司官网。

• 4. 共线性分析

  根据重复基因的进化动态或基因组共线性分析kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录，追溯古老的基因组重复事件；根据染色体共线性关系尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网B·体育【中国官】B-sports登录入口，追溯染色体进化历史K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发MG不朽情缘·(中国版区)官方网站杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，如重排、融合（下图 右）K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版U8国际·[China]有限公司官网。

生物學分析—个性化分析