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基因組測序

基因組大小預估

K-mer深度分布服从泊松分布球速体育(中文)官网-我的账户,根据曲线获得K-mer深度期望值意昂体育·[官方网]有限公司官网球速体育(中文)官网-我的账户,用于估计基因组大小球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛意昂体育·[官方网]有限公司官网澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。 一般来说我们会选择K-mer分布最多的峰为主峰标题九游会·J9-中国官方网站|真人游戏第一品牌,主峰所对应的深度值为K-mer深度期望值EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」。 基因组大小=K-mer总数/K-mer期望深度值意昂体育·[官方网]有限公司官网沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!。
K-mer K-mer number K-mer Depth Genome Size(Mbp) Revised Genome Size (Mbp)
17 47,719,794,696 62 769.67 763.41

雜合度和重複率評估

在理想的数据模型中九游会·J9-中国官方网站|真人游戏第一品牌意昂体育·[官方网]有限公司官网,即不存在重复序列或者杂合的情况HOME_U8国际_U8共创美好未来, 一套基因组上的每个K-mer应该只出现唯一一次球速体育(中文)官网-我的账户沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛,也就是说MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长,对于基因组上的所有的K-mer来说九游会·J9-中国官方网站|真人游戏第一品牌球速体育(中文)官网-我的账户,它的频率数均为1; 而在实际样品的基因组中标题,会存在杂合和重复序列的情况MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长HOME_U8国际_U8共创美好未来,因此每个K-mer对应的频数不确定球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛球速体育(中文)官网-我的账户EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」。 K-mer可以根据其出现的频率数来分类意昂体育·[官方网]有限公司官网EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」,基于贝叶斯模型和K-mer所有的频率数和深度属性标题MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长, 可以得到并且通过迭代来修正意昂体育·[官方网]有限公司官网MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长,由此反映基因组的杂合率和重复序列的情况标题球速体育(中文)官网-我的账户球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛。

GC含量分布圖

橫坐標表示GC含量球速体育(中文)官网-我的账户,縱坐標表示測序深度标题澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,右方是contig覆蓋深度分布MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长,上方是GC含量分布沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!,我們選取長度在2Kb以上的contig序列EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」九游会·J9-中国官方网站|真人游戏第一品牌MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长,根據其GC分布以及覆蓋深度信息繪制散點圖澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,其中紅色的部分代表該散點圖中點的密度比較大的部分标题,可以看到在紅色區域部分HOME_U8国际_U8共创美好未来澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,該物種的GC分布呈現出兩部分的區域分布意昂体育·[官方网]有限公司官网HOME_U8国际_U8共创美好未来,兩部分的重心分別在深度20左右和40左右标题EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」,即對應右邊的contig覆蓋分布MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长,在20位置的小峰爲雜合峰MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛,在40位置的爲純合峰HOME_U8国际_U8共创美好未来。對應紅色的散點圖澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,深度在20左右的紅色區域是雜合contig的GC分布區域;再看上方的GC含量分布EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」,主峰在35的位置澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长,和我們計算得到的基因組的GC含量基本一致球速体育(中文)官网-我的账户,且紅色的散點也分布在GC含量在35%附近HOME_U8国际_U8共创美好未来,說明該基因組沒有受到其他外源物種的汙染球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛HOME_U8国际_U8共创美好未来。

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