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表觀組測序

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期刊以及IF:Nature Communications;16.6
合作單位:西北農林科技大學
研究材料:真菌
測序産品:RIP-seq、RNA-seq

研究意義:

首次在真菌中揭示了真菌中A-to-I mRNA编辑的酶复合体是Tad2-Tad3-Ame1EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」,并且Tad2-Tad3-Ame1复合物可以有效地编辑酵母、细菌和人类细胞中的mRNA 研究发现FgTad2-FgTad3的表达水平与禾谷镰刀菌的性发育期间A-to-I mRNA编辑活性相关熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台杏耀平台|杏耀注册|杏耀登录|杏耀官网,表明真菌中A-to-I mRNA编辑酶复合体是Tad2-Tad3星空·综合(体育中国)官方网站welcome-球速体育-直播认证官方网站。并且禾谷镰刀菌中tRNA和mRNA编辑的碱基偏好性相似qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口welcome-球速体育-直播认证官方网站。通过RIP-seq測序来评估FgTad2-FgTad3的mRNA结合能力vsport-(中国区)官方网站,结果表明FgTad2-FgTad3优先结合高度编辑的基因mRNA乐天堂fun88·(官网)娱乐中心 -我的账户vsport-(中国区)官方网站,暗示它们在真菌的mRNA编辑中发挥作用vsport-(中国区)官方网站球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长。这为文章的后期工作奠定了研究基础球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台星空·综合(体育中国)官方网站。

通过RNA-seq鉴定了真菌中特异性进化出的一种蛋白——Ame1(mRNA编辑激活因)杏耀平台|杏耀注册|杏耀登录|杏耀官网MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长vsport-(中国区)官方网站,它与Tad3的N-末端tRNA结合结构域互作vsport-(中国区)官方网站MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长,使得Tad2-Tad3-Ame1三元复合体能够识别和编辑mRNA,打破了Tad2-Tad3只能识别tRNA的底物识别限制乐天堂fun88·(官网)娱乐中心 -我的账户。Ame1仅在有性生殖阶段表达是A-to-I mRNA编辑特异性发生在有性生殖阶段的直接原因EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」。此外熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台welcome-球速体育-直播认证官方网站, Ame1的同源基因在粪壳菌纲和锤舌菌纲真菌的最近共同祖先上的一次基因复制事件产生的一个拷贝EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台,在粪壳菌纲真菌的进化过程中通过快速变异welcome-球速体育-直播认证官方网站qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口杏耀平台|杏耀注册|杏耀登录|杏耀官网,获得了与Tad3互作的能力MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」,最终进化成了mRNA编辑激活因子Ame1qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口。

文章亮點

  • 1、結合RIP-seq與RNA-seq乐天堂fun88·(官网)娱乐中心 -我的账户MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长,鑒定能夠高效地編輯酵母、細菌和人類細胞mRNA的FgTad2-FgTad3-Ame1複合物星空·综合(体育中国)官方网站。 2、揭示真菌中A-to-I mRNA编辑机制的起源和进化vsport-(中国区)官方网站乐天堂fun88·(官网)娱乐中心 -我的账户qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口,明确调控机制welcome-球速体育-直播认证官方网站杏耀平台|杏耀注册|杏耀登录|杏耀官网熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站,对于基因编辑技术在治疗和农业中的发展具有重要意义MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长。

m6A去甲基化酶ALKBH5通過維持FoxM1表達和細胞增殖過程杏耀平台|杏耀注册|杏耀登录|杏耀官网球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台,從而保持膠質母細胞瘤幹細胞樣細胞的致瘤性

m6A Demethylase ALKBH5 Maintains Tumorigenicity of Glioblastoma Stem-like Cells by Sustaining FOXM1 Expression and Cell Proliferation Program

期刊:Cancer cell
影響因子:27.406
發表單位:MD安德森癌症中心
發表年份:2017年4月

一、研究背景

作者发现在胶质母细胞瘤干细胞样细胞(GSCs)中RNA去甲基化酶ALKBH5表达增高可通过调控FOXM1乐天堂fun88·(官网)娱乐中心 -我的账户,从而有助于自身更新及致瘤性乐天堂fun88·(官网)娱乐中心 -我的账户。FOXM1反义lncRNA促进ALKBH5与FOXM1 RNA的相互作用qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口vsport-(中国区)官方网站,导致去甲基化作用及FOXM1的基因表达升高vsport-(中国区)官方网站MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长。

二、方法流程

取材
建庫
測序
信息分析

GSC11細胞系和GSC17細胞系

RNA樣品vsport-(中国区)官方网站qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口,進行meRIP

Illumina HiSeq球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台杏耀平台|杏耀注册|杏耀登录|杏耀官网,SE50

m6A的分布情況MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站星空·综合(体育中国)官方网站,motif分析熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站,
m6A差異峰分布模式qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」乐天堂fun88·(官网)娱乐中心 -我的账户,與基因表
達水平關系分析qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口。

三、研究結果

  • 利用m6A-seq和基因芯片預測ALKBH5的下遊靶標FOXM1

    作者比较了control和shALKBH5 GSC中m6A的分布情况MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长,在GSC11细胞系中 GGACU motif在m6A位點處高度富集星空·综合(体育中国)官方网站vsport-(中国区)官方网站。由于ALKBH5是去甲基化酶杏耀平台|杏耀注册|杏耀登录|杏耀官网熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站welcome-球速体育-直播认证官方网站,這新出現的特異峰應該包含了ALKBH5的真實靶標球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台。隨後作者在全部峰和特異峰中研究了m6A的分布模式杏耀平台|杏耀注册|杏耀登录|杏耀官网熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站星空·综合(体育中国)官方网站。當把RNA分爲5’UTR、CDS、3’UTR、ncRNA時MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长,發現了整體/共同m6A相似的分布模式MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长。此外還研究了這些差異峰是否與表達基因相關vsport-(中国区)官方网站welcome-球速体育-直播认证官方网站EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」,找到與觀察現象相關、可改變增殖相關基因表達的候選基因杏耀平台|杏耀注册|杏耀登录|杏耀官网。

四、研究結論

ALKBH5通过使FOXM1前体mRNA 3’UTR去甲基化vsport-(中国区)官方网站杏耀平台|杏耀注册|杏耀登录|杏耀官网EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」,从而使其与HUR结合球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台welcome-球速体育-直播认证官方网站熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站,促进FOXM1前体mRNA表达球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台星空·综合(体育中国)官方网站,进而促进FOXM1表达EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站,对GSC增殖和肿瘤形成过程产生重要影响熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站乐天堂fun88·(官网)娱乐中心 -我的账户。

參考文獻

Zhang S, Zhao BS, Zhou A, et al. m6A Demethylase ALKBH5 Maintains Tumorigenicity of Glioblastoma Stem-like Cells by Sustaining FOXM1 Expression and Cell Proliferation Program[J]. Cancer cell, 2017, 31(4):591-606.

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