单细胞Flex結果展示

• 1.樣本tSNE/UMAP分型分析

  • 聚類分析用于識別細胞亞型在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!，根據聚類結果OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站，采用t-SNE/UMAP降維算法在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」，在二維空間上展示細胞的分布情況沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!，同一cluster的細胞用相同顔色表示沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!。

• 2.差異基因展示

  • 挑選每個cluster高表達基因觀察其在不同cluster中的表達情況zoty中欧·(中国集团公司)官方网站，繪制小提琴圖
  • 挑選每個cluster的高表達基因進行特異標注OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站zoty中欧·(中国集团公司)官方网站，可獲得每個差異基因在各cluster中的表達情況意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰。
  • 將各個cluster鑒定到的top差異基因進行整體熱圖展示PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」，同一個cluster內的差異基因表達量會高于其他組必一·运动(B - Sports)体育官方网站沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」，熱圖中黃色表示高表達PG电子·(中国China)官方网站，紫色表示低表達意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台。

• 3.功能富集分析

  • GO(Gene Ontology)是描述基因功能的综合性数据库zoty中欧·(中国集团公司)官方网站，可分为分子功能（Molecular Function）在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」，生物过程（biological process）和细胞组成（cellular component）三个部分意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」。从GO富集分析结果中PG电子·(中国China)官方网站，选取最显著的Term绘制柱状图/散点图进行展示在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅PG电子·(中国China)官方网站OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站。
  • KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是整合了基因组、化学和系统功能信息的综合性数据库必一·运动(B - Sports)体育官方网站意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!。从KEGG富集结果中意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站PG电子·(中国China)官方网站，选取最显著的通路绘制柱状图/散点图进行展示意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」。
  • Reactome數據庫彙集了人類各項反應及生物學通路PG电子·(中国China)官方网站在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅。從Reactome富集分析結果中沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」，選取最顯著的Term繪制柱狀圖/散點圖進行展示OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅。

• 4.輔助細胞定義

  • 基于marker gene应用诺禾自主开发novoalgor进行自动化的细胞定义意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!，交付marker基因的UMAP图、小提琴图意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」。

• 5.細胞通訊分析

  • 采用cellphoneDB進行細胞通訊分析zoty中欧·(中国集团公司)官方网站PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅，可以推斷不種細胞類型之間豐富的配體-受體相互作用必一·运动(B - Sports)体育官方网站。

• 6.軌迹推斷

  • 采用monocle2進行細胞軌迹推斷分析PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，基于關鍵基因的表達模式意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」，在擬時間中對單個細胞進行排序PG电子·(中国China)官方网站PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，模擬出細胞隨擬時間發展發育過程的動態變化意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」。將CytoTRACE和monocole2聯合必一·运动(B - Sports)体育官方网站意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」，自動通過CytoTRACE確定根節點在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅，並將根節點參數傳入monocole2進行分析意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰。

• 7.SCENIC轉錄因子分析

  • 采用pySCENIC可以推斷不同細胞特有的調節子必一·运动(B - Sports)体育官方网站，並評估調節子在單個細胞中的活性在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅必一·运动(B - Sports)体育官方网站，根據調節子的AUCell進行推斷細胞狀態；計算不同cluster的調節子特異性得分(RSS)意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」，找到cluster特異的調節子沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!PG电子·(中国China)官方网站PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰。

微生物单细胞結果展示

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• 1.數據質量展示

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• 2.降維聚類細胞分群

  • 根據每個細胞中的基因表達差異以二維UMAP圖呈現意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅zoty中欧·(中国集团公司)官方网站，每個點代表一個細胞意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」，距離相近的細胞基因表達相似zoty中欧·(中国集团公司)官方网站意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」，距離較遠的細胞基因表達差異較大zoty中欧·(中国集团公司)官方网站OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站。根據細胞間的基因表達相似程度PG电子·(中国China)官方网站必一·运动(B - Sports)体育官方网站意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」，將目標細胞群分爲多個cluster必一·运动(B - Sports)体育官方网站球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台zoty中欧·(中国集团公司)官方网站，根據每個cluster的基因表達特點在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」，可以對其進行注釋命名沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!。

• 3.差異基因展示

  • 各個cluster間的基因表達差異有通過多種展現方式PG电子·(中国China)官方网站zoty中欧·(中国集团公司)官方网站，下圖爲差異基因聚類熱圖的展現方式PG电子·(中国China)官方网站OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站，對應橫坐標爲不同clusterOG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站PG电子·(中国China)官方网站在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅，縱坐標爲基因名稱意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!，顔色深淺代表表達量差異球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站。

• 4.功能富集分析（GO）

  • GO(Gene Ontology)是描述基因功能的综合性数据库PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站，可分为分子功能（Molecular Function）必一·运动(B - Sports)体育官方网站PG电子·(中国China)官方网站，生物过程（biological process）和细胞组成（cellular component）三个部分球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台zoty中欧·(中国集团公司)官方网站。GO富集以padj小于0.05为显著富集在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，从GO富集分析结果中PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!PG电子·(中国China)官方网站，选取最显著的30个Term绘制散点图进行如下展示