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遺傳圖譜

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An ultra-high-density genetic map provides insights into genome synteny, recombination landscape and taproot skin colour in radish (Raphanus sativus L.)

期刊：Plant Biotechnology Journal
影響因子：6.84
發表單位：南京農業大學
發表年份：2019年6月

一、研究背景

基于測序的高密度图谱为定位重要性状相关 QTL 提供了的坚实基础U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」。但是萝卜中尚无可用于精细定位和标记辅助育种的有效高密度遺傳圖譜K8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口OG视讯·(中国区)官方网站，且萝卜直根表皮颜色的分子遗传机制和基因组特征等尚不清楚意昂体育·[官方网]有限公司官网球友直播-球友直播app下载_球友直播app熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台。

二、方法流程

取材

建庫

測序

分析

1. 两个萝卜高代自交系
NAU-LB 和 NAU-YH
2. F ₂ 群體137個個體

350 bp 文库

1. 測序平台：
    Illumina HiSeq 2500
2. 測序技术：WGS
3. 測序深度：
    親本分別爲17.3×和12.7×OG视讯·(中国区)官方网站意昂体育·[官方网]有限公司官网lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司，
    子代的平均7.2×

1. 比对参考基因组
2. 检测群体 SNP 及基因分型
3. 构建遺傳圖譜
4. QTL 定位、BSA 分析及候选
基因挖掘
5. 重组热点区域分析

三、研究結果

1. 高密度遺傳圖譜构建
亲本间共检测到821,217个纯合（aa×bb）的多态性 SNPU8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」，群体内411,891个多态性SNP官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心球友直播-球友直播app下载_球友直播app，最终遺傳圖譜中标记为378,738个OG视讯·(中国区)官方网站，划分为2852个 bin乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站意昂体育·[官方网]有限公司官网，分为9个连锁群熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台意昂体育·[官方网]有限公司官网，覆盖萝卜全基因组U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」，图谱总长度为1306.8 cMlehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司，平均密度0.46 cM熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台K8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口。
2. 萝卜重要园艺性状 QTL 定位和直根表皮颜色 BSA 分析
将目标区域锚定在6号染色体上2.76 Mb~8.57 Mb区间K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」，该候选区域其中1个SNP的突变使一个无义色氨酸密码子突变为终止子K8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口，所在基因为OsRR22K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，導致突變體hst1 産生耐鹽表型意昂体育·[官方网]有限公司官网OG视讯·(中国区)官方网站。
3. 高密度遺傳圖譜与萝卜参考基因组比对分析
遺傳圖譜覆盖80%的萝卜参考基因组（～424 Mb）乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站，2号染色体与参考基因组相比存在大片段倒置官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站。
4. 遺傳圖譜与白菜型油菜（Brassica rapa）和甘藍（Brassica oleracea）基因組共線性分析
遺傳圖譜2852个 bin 标记中分别有2411（84.5%）和2385（83.6%）个比对到白菜型油菜和甘蓝基因组lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司。共线性分析显示官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心球友直播-球友直播app下载_球友直播applehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司，8号和9号染色体分别与白菜型油菜和甘蓝的8、9号染色体存在高度保守区域乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站K8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」，其余染?体均不存在??对应熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台，说明萝卜与芸薹属从共同祖先分化之后染色体发生了重组乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台。
5. 萝卜的重组热点区域分析
萝卜的重组热点区域与 SNP 密度、基因密度、GC 含量呈正相关意昂体育·[官方网]有限公司官网熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台，且主要分布于染色体末端意昂体育·[官方网]有限公司官网lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司。重组热点区域在外显子中的分布明显高于内含子K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站K8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口，在转座起始和转座终止的1 Kb区域内分布频率也较高乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站意昂体育·[官方网]有限公司官网K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。本研究定位的 QTL 中有3个分布在重组热点区域官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心，并预测Rs407980 为控制糖转运和根长的基因U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」球友直播-球友直播app下载_球友直播app。

四、研究結論

通过全基因組測序意昂体育·[官方网]有限公司官网K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，构建了高分辨率、高精度的高密度遺傳圖譜K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站。结合 QTL 定位和图位克隆lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心球友直播-球友直播app下载_球友直播app，鉴定 RsMYB90 爲控制蘿蔔直根紅皮的候選基因K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。RsMYB90 基因在調控花青素生物合成中起著重要作用乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站，有助于進一步研究蘿蔔花青素積累的遺傳調控U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站。