蝙蝠已经演化出独特的免疫系统来应对病毒感染意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发U8国际·[中国区]有限公司官网，能够无症状地携带多种哺乳动物烈性病毒K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，包括尼帕病毒、亨德拉病毒、埃博拉病毒、马尔堡病毒、MERS病毒、SARS病毒以及最近引起COVID - 19的SARS - CoV - 2病毒意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，是这些人畜共患病毒的天然宿主沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!。狐蝠科蝙蝠（旧大陆果蝠）被认为是引起国际公共卫生组织关注的多次病毒大流行事件中高致病性病毒的天然宿主杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光球盟会·qmh(中国区)-官方网站。因此U8国际·[中国区]有限公司官网，研究狐蝠科蝙蝠免疫系统演化遗传机制对人类制定病毒的防御和抗病毒治疗策略具有重要的意义沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。近日意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，国际TOP期刊 Science Advances 在线发表了题为“Comparative analyses of bat genomes identify distinct evolution of immunity in Old World fruit bats”的研究论文沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口。该研究提出了一种改良的四步法基因组组装策略球盟会·qmh(中国区)-官方网站沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，完成了一个近乎完整的染色体级别的狐蝠科犬蝠属犬蝠（Cynopterus sphinx）全基因組序列圖譜K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!，並結合比較基因組學與細胞學實驗揭示了狐蝠科蝙蝠免疫基因演化的新機制K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发U8国际·[中国区]有限公司官网意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，提示食果蝙蝠在應對病毒感染時可能有獨特的免疫機制K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。

研究結果
改良的四步法基因組組裝策略完成了犬蝠高質量參考基因組

该研究提出应用“先全局组装杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，再聚类长读长reads意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，接着局部组装K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，后染色体挂载”的四步法改良基因组组装策略K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，不同于当前常规的两步法组装流程（先组装后染色体挂载）意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。该流程利用了染色质互作数据（Hi-C）预先对具有潜在连接关系的Nanopore长序列进行聚类U8国际·[中国区]有限公司官网，有效地去除了组装过程中构建序列串图（string graph）时的远距离重复序列的嵌合连接沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!U8国际·[中国区]有限公司官网。详细步骤如下（圖2A）：

（1）组装和纠正重叠群（Contigs）：基于高质量的三代测序数据意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，应用通用的构建序列串图（string graph）组装方法完成初始的Contig序列的组装球盟会·qmh(中国区)-官方网站，然后利用基因组纠错软件来对初始Contig进行纠错沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME。从而得到了基因组序列Contig v1意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。

（2）通过Hi-C測序数据的互作频率对Contig v1聚类：首先使用Bowtie2 软件的单端模型将Hi-C測序数据映射到Contig v1上；接着意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，筛选出唯一的映射对后球盟会·qmh(中国区)-官方网站PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，使用 HiCUP流程过滤掉无效的自连接和未连接片段；然后沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME，使用有效地互作reads使用凝聚层次聚类算法计算所有Contigs之间的链接频率意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光。最后意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，根据Contig之间的互作信号的密度大小判定聚类U8国际·[中国区]有限公司官网，并结合组装物种的核型数据预设染色体连锁群数目沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!。通过上述操作意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME，得到基因组的Contig连锁群K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。

（3）对三代测序数据进行比对分类以执行连锁群局部组装：首先使用 Minimap2软件将三代测序数据重新对齐到 Contig v1意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!球盟会·qmh(中国区)-官方网站。在去除次优比对reads后意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，提取了每个连锁群中最优比对的三代测序序列沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。接着沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!，对每个连锁群中比对的三代测序序列执行连锁群局部组装沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME。与全局组装相比杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS球盟会·qmh(中国区)-官方网站，该策略可以有效地避免在组装过程中构建string graph时意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!U8国际·[中国区]有限公司官网，由于基因组远距离重复序列引起的错误重叠关系球盟会·qmh(中国区)-官方网站沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」。然后K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发球盟会·qmh(中国区)-官方网站杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，评估每个连锁群局部组装的适当组装参数意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTSU8国际·[中国区]有限公司官网PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME，随后进行基因组组装和校正意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，方法与步骤（1）中提到的类似K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。最后K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME，获得了第二个基因组序列 Contig v2意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTSPA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME。

（4）将Contigs锚定到染色体上：利用ALLHiC软件计算Contig v2中序列之间的互作频率挂载基因组的染色体序列K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。随后意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，将Hi-C互作频率信息输入到Juicebox软件中进行可视化意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，再通过手动调整互作频率表现出明显离散的Contig之间的错误位置和方向球盟会·qmh(中国区)-官方网站。

圖2 改良的基因組組裝策略

應用上述的四步法改良基因組組裝策略（圖2）K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，完成了一個近乎完整的染色體級別的狐蝠科（舊大陸果蝠）犬蝠屬犬蝠基因組序列圖譜球盟会·qmh(中国区)-官方网站沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」。相比于傳統的兩步法U8国际·[中国区]有限公司官网，在基因組的連續性、完整性和准確性都表現出了優秀的性能沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTSPA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME。特別是意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME，應用本文中的四步法組裝策略沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!，完成了4條T2T級別的染色體序列球盟会·qmh(中国区)-官方网站意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTSK8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。該方法還具有改良現有基因組組裝質量的潛力沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，比如意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，在本文中杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，應用四步法組裝策略意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTSPA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，重新將已發表的庫氏伏翼蝠K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，（P . kuhli沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，論文比較基因組研究物種之一）的不完整X染色體組裝完全K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。

狐蝠科蝙蝠基因組進化

对11种蝙蝠（其中包括6种狐蝠科蝙蝠）和7种模式哺乳动物进行进化树分析K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，发现蝙蝠阴翼手亚目和阳翼手亚目分化于65.5 MYA（圖3A）意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。之後分析了17個哺乳動物基因組與C . sphinx基因組的共線性意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，發現隨著與C . sphinx 進化距離的增加意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，共線性比率降低球盟会·qmh(中国区)-官方网站，並且狐蝠科內的物種之間具有更高水平的共線性杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口球盟会·qmh(中国区)-官方网站K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。比較基因組分析發現C . sphinx与其他蝙蝠之间的大型染色体间重排事件（长度 ≥ 1Mb）主要发生在C . sphinx中最長的前12條染色體上杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，除了LG10（圖3B）意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。進一步分析發現C . sphinx LG10染色体序列与非蝙蝠哺乳动物的X染色体序列唯一匹配U8国际·[中国区]有限公司官网杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，平均共线性率为67.12 % （从小鼠的51.84 %到马的74.05 %）意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，因此推测LG10为C . sphinx的X染色體意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。值得注意的是意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTSU8国际·[中国区]有限公司官网，在所有蝙蝠的基因組中PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME，除了P . kuhli外意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME，都有一條染色體與C . sphinx的X染色體具有良好的共線性（從M. molossus的69.76 %到R . aegyptiacus的87.41 %）意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。推测已发表的P . kuhli X染色體序列被組裝成了多個獨立的Scaffold序列意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，因此球盟会·qmh(中国区)-官方网站意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，應用本論文中提出四步法組裝策略重新組裝了一條完整的P . kuhlii X染色体序列沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口。总之K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发球盟会·qmh(中国区)-官方网站，研究結果表明了蝙蝠的X染色体与其他哺乳动物一样杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，是高度保守的（圖3）杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口。

圖3 进化树和基因组共线性分析

論文中還以狐蝠科染色體級別的基因組C . sphinx和R . aegyptiacus为代表K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，进行了特异性序列鉴定和分析PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!，结果发现狐蝠科基因组中携带内源性逆转录病毒元件片段K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。这些内源性逆转录病毒大多数属于γ逆转录病毒沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，其次是β逆转录病毒意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口。对每个逆转录病毒基因的5 ?和3 ?长末端重复序列（long terminal repeat沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，LTR）进行预测并估计它们在逆转录病毒感染时的分歧率意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。结果发现这两个狐蝠科都经历了两个古老的逆转录病毒整合爆发事件沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，一个在1 - 3 Mya左右沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，另一个在10 - 12 Mya左右意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。由于蝙蝠比大多数其他哺乳动物更耐受病毒感染沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，因此推测更频繁的病毒基因整合到宿主基因组中可能是狐蝠科基因组多样性的重要因素之一沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」。

狐蝠科基因家族進化

基因组片段复制（Segmental duplications意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，SDs）是基因组大片段（> 1 kb）和高一致性（> 90 %序列一致性）区域拷贝数倍增事件K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，对基因组中的基因创新具有重要意义沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!。因为SD序列具有高重复性沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，往往对于基因组组装带来高难度挑战沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。因此球盟会·qmh(中国区)-官方网站杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，该研究只对于7种染色体级别的蝙蝠基因组进行了SD分析K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，平均鉴定了34.38 Mb的SDs意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，含有611个基因K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。论文在两只狐蝠科蝙蝠（C. sphinx和R . aegyptiacus）的特有SD区域鉴定到24个人类同源基因沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!，其中20个至少在一个狐蝠科基因组中发生了基因复制球盟会·qmh(中国区)-官方网站。其中包括一个肽聚糖识别蛋白（peptidoglycan recognition protein球盟会·qmh(中国区)-官方网站，PGRP）家族成员PGLYRP1杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!，該位點在哺乳動物中一般是單拷貝形式PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME，其蛋白産物由活化的中性粒細胞釋放球盟会·qmh(中国区)-官方网站意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!U8国际·[中国区]有限公司官网，通過與肽聚糖結合識別感染的微生物K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，發揮抑菌和殺菌活性U8国际·[中国区]有限公司官网PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光。因此K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发球盟会·qmh(中国区)-官方网站，推測狐蝠科蝙蝠中該基因拷貝數變異有助于減輕其炎症反應意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口球盟会·qmh(中国区)-官方网站。

爲進一步解析狐蝠科中基因家族的進化關系意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，將鑒定到的基因家族分爲核心（跨所有物種共享）的基因家族（67.68%）沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!，部分共享的基因家族（25.58%）和物種特異性的基因家族（6.75%）（圖4A）杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光。對狐蝠科擴張和收縮的基因家族進行分析沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」U8国际·[中国区]有限公司官网意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，共鑒定到14個擴張的基因家族和11個收縮的基因家族意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。有趣的是意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，大多數擴張的基因家族中至少有一個位于C . sphinx和R . aegyptiacus基因組的SD區域內球盟会·qmh(中国区)-官方网站PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，再次表明SDs可能與基因組中的基因創新有關K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME。

论文在狐蝠科收缩的基因集中沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，发现NLR基因（nucleotide-binding domain leucine-rich repeat）家族中的关键炎症小体NLRP1基因在所有狐蝠科蝙蝠中缺失（圖4B）意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。NLRP1是第一个被证明可形成炎症小体的蛋白球盟会·qmh(中国区)-官方网站U8国际·[中国区]有限公司官网。通过比较蝙蝠中NLRP1（或其推断的删除位点）上下游同源的重复序列类型LINE - 1（L1）插入情况沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，发现狐蝠科中L1插入数量和累积长度均较低沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME。因此意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，推测L1插入介导NLRP1基因序列的缺失U8国际·[中国区]有限公司官网杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，從而導致相關炎症反應的減弱球盟会·qmh(中国区)-官方网站U8国际·[中国区]有限公司官网。在狐蝠科蝙蝠擴張的基因家族中沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，發現了C5AR2基因序列的串聯重複（圖4C）意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光球盟会·qmh(中国区)-官方网站。C5AR2是补体过敏毒素C5a的受体球盟会·qmh(中国区)-官方网站，具有调节TLR4介导的NLRP3炎症小体活化和巨噬细胞IL1 β释放的抗炎功能球盟会·qmh(中国区)-官方网站意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。与5个非狐蝠科蝙蝠中发现的C5AR2單拷貝不同沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME，在狐蝠科中發現了2個拷貝意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，並且位于基因組SD區域意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光。論文推測C5AR2基因的串联重复可能增强了狐蝠科巨噬细胞IL1 β释放的能力沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，从而抑制病毒感染后的炎症反应球盟会·qmh(中国区)-官方网站U8国际·[中国区]有限公司官网意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光。

圖4 基因家族進化分析

狐蝠科蝙蝠免疫基因進化

通过对狐蝠科的祖先分支应用PAML中的分支测试和分支位点测试U8国际·[中国区]有限公司官网，分别鉴定到316个快速进化基因（REGs）和241个正选择基因（PSGs）意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光U8国际·[中国区]有限公司官网杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口。在这些基因中沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，分别有35个REGs （11 %）和46个PSGs （19 %）在免疫和/或抗病毒反应中发挥作用K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!球盟会·qmh(中国区)-官方网站。而对REGs和PSGs富集分析发现狐蝠科进化出了不同的适应机制来对抗病毒感染意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTSPA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAMEK8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，包括模式识别和干扰素（IFN）介导病毒复制（圖5A）沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!球盟会·qmh(中国区)-官方网站意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。研究還發現了狐蝠科正選擇基因IGF2F（胰島素樣生長因子2受體）在宿主防禦的第一道防線中發揮作用；狐蝠科正選擇基因MEFV作爲自噬受體降解多個炎性小體成分（如NLRP3）K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，爲之前證明的蝙蝠NLRP3炎性小體活化水平低提供了新的證據；狐蝠科正選擇基因環狀GMP-AMP合成酶基因cGAS的N端和C端序列的特異性分子改變分別表現出增強對病毒DNA感知和減弱病毒炎症反應的不同免疫功能K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。

论文还通过同源比对搜索了KOBAS 3.0数据库中与免疫系统过程和病毒过程相关的直系同源基因意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，一共鉴定了2,162个免疫相关的直系同源基因集U8国际·[中国区]有限公司官网球盟会·qmh(中国区)-官方网站。利用PAML软件包的one-ratio模型（model 0）证明了狐蝠科蝙蝠的平均ω值显著地高于其它蝙蝠和非蝙蝠哺乳动物（圖5B）意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。还通过比较模型M8a（ω = 1）与模型M8（ω > 1）对每个免疫基因进行正选择位点模型测试K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，发现狐蝠科蝙蝠的正选择基因数目也极显著多于其它蝙蝠和非蝙蝠哺乳动物（圖5C）PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS球盟会·qmh(中国区)-官方网站。因此意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME，論文得出了狐蝠科蝙蝠在免疫相關基因中表現出比其它蝙蝠和非蝙蝠哺乳動物更高的分子適應率意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。

圖5 狐蝠科特異性的免疫基因分子適應機制

MyD88突變抑制狐蝠科蝙蝠中TLR2依賴的炎症反應

盡管越來越多的研究報道了蝙蝠潛在的免疫分子適應機制杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，但很少有實驗驗證蝙蝠特異性變異對表型的影響意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。論文對上述2,162個直系同源基因進行分析沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，鑒定出628個基因蛋白中至少有1個氨基酸在狐蝠科蝙蝠和其他蝙蝠之間存在理化性質差異U8国际·[中国区]有限公司官网，並發現這些基因的平均ω值顯著高于其他1,534個免疫基因球盟会·qmh(中国区)-官方网站沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」。進一步的從中篩選受到正選擇/快速進化的基因意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!U8国际·[中国区]有限公司官网，並鑒定到了快速進化基因TLR2和MyD88沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!。它們是TLR-MyD88信號傳導通路中的重要分子PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME球盟会·qmh(中国区)-官方网站。特別是PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!，研究發現了狐蝠科蝙蝠相對于人類的4個特異性氨基酸突變殘基屬于TLR2-MyD88複合物中MyD88蛋白與TLR2蛋白的關鍵分子接口（P169、S170、A208和Q237）意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，並且這4個氨基酸突變都導致MyD88蛋白的理化性質改變U8国际·[中国区]有限公司官网。

最後意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，論文針對狐蝠科MyD88的4個特異性突變設計了細胞分子實驗（圖6）PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」。首先球盟会·qmh(中国区)-官方网站，通過在狐蝠Paki細胞進行免疫共沈澱（Co-IP）實驗U8国际·[中国区]有限公司官网，證實了MyD88蛋白的特異性突變降低了其與Toll樣受體TLR2的結合親和力意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。接著意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，還分別在黑妖狐蝠Paki細胞和人類PEAKrapid細胞中進行了過表達實驗U8国际·[中国区]有限公司官网意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，證明了MyD88蛋白的特異性突變減弱其對TLR2依賴性炎症因子的誘導K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。總之意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，這些結果揭示了蝙蝠在應對病毒感染時沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，具有系統性的免疫反應下調PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。

圖6 狐蝠科蝙蝠MyD88特异性突变抑制炎症反应的分子实验证据

该研究由国内外多家单位研究人员共同协作完成意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。北京諾禾致源科技股份有限公司首席科学家、武汉大学田仕林博士和武汉大学曾嘉鸣为该论文的共同第一作者沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!球盟会·qmh(中国区)-官方网站。武汉大学赵华斌教授为论文的通讯作者沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。