微生物組與腸道紊亂、代謝綜合征和多種免疫疾病密切相關db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网，研究人體內微生物組對疾病研究至關重要K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，受到研究者的廣泛關注MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅乐天堂fun中心(fun88) 官方网站。2022年4月918博天堂(中国区)-官方网站杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，荷兰格罗宁根大学医学中心傅静远教授團隊在国际顶刊 Nature 雜志上發表了題爲“Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population”的研究论文MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长乐天堂fun中心(fun88) 官方网站，该研究选用近万荷兰人样本官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心918博天堂(中国区)-官方网站MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长，将宏基因組測序结果与多种宿主和环境因素进行关联分析杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅，全面概述了肠道微生物组乐天堂fun中心(fun88) 官方网站官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站，揭示了遗传、同居等多种因素对肠道微生物组的影响db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网，這项研究将有利于微生物组靶向治疗的未来发展官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，其中諾禾致源为该研究提供了宏基因組測序服务在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅。

文章介紹

Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population

環境因素塑造荷蘭人的腸道微生物組

發表雜志：Nature

影響因子：69.504

發表時間：2022.4

發表單位：荷蘭格羅甯根大學醫學中心

DOI:10.1038/s41586-022-04567-7

研究方法

試驗材料：8208名荷蘭人及其糞便樣本

测序方法：宏基因組測序

測序平台：HiSeq 2000

研究背景

腸道微生物與人類多種疾病相關澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版乐天堂fun中心(fun88) 官方网站，但目前健康簣D膊∥⑸�物組的普遍特征尚未確定K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，有必要了解遺傳、生存環境、生活方式和飲食等因素如何影響健康簣D膊≈械奈⑸�物組MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网918博天堂(中国区)-官方网站。該研究分析了8208個荷蘭人腸道微生物組的細菌組成、功能、抗生素耐藥性和毒力因素澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站918博天堂(中国区)-官方网站db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网，並將這些數據與241個宿主及環境因素相關聯918博天堂(中国区)-官方网站在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅，包括身心健康、藥物使用、飲食、社會經濟因素以及童年和目前的生活環境等澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站。

研究結果

01荷蘭微生物組項目

該研究對8208名荷蘭人（一個來自荷蘭北部具有明確表型的三代人口隊列和生物庫）的腸道微生物區系組成和功能進行了廣泛研究K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，數據集(由Metaphlan2和HUMAnN2處理)包含1253個分類群(4個界918博天堂(中国区)-官方网站杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方乐天堂fun中心(fun88) 官方网站，21個門K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心，35個綱在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，62個目K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口乐天堂fun中心(fun88) 官方网站杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，128個科杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，270個屬db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，733個種)和564條代謝通路在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，包括257個古細菌簣D毦�分類群以及277條相對豐度高于0.01且存在于5%以上個體中的代謝通路MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。

圖1 荷蘭微生物組計劃概述

02 核心及關鍵物種

在該研究中K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口乐天堂fun中心(fun88) 官方网站官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心，將超過95%的个体中都存在的微生物类群命名为“核心微生物”MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长，在微生物共丰度网络中形成中心节点的分类群命名为“关键特征”官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心。共确定9个核心物种(Subdoligranulum sp., Alistipes onderdonkii, Alistipes putredinis, Alistipes shahii, Bacteroides uniformis, Bacteroides vulgatus, Eubacterium rectale, Faecalibacterium prausnitzii and Oscillibacter sp)K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，這与在英国、美国、歐洲和非西方人群中的结果高度一致在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅。這9种已确定的核心微生物中有5种(A. putredinis、A. shahii、F. prausnitzii、Oscillibacter sp.和Subdoligranulum sp.)也是关键物种MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心，這意味着它们在荷兰人的肠道微生物系统中具有核心作用K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。

03普雷沃氏菌屬決定微生物集群

使用主坐標分析(PCoA)对本研究队列中的微生物组数据进行聚类分析澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心，发现第一个主坐标是由普雷沃氏菌属（Prevotella copri）决定的（Spearman r = 0.68, P value = 3.6 × 10^-180;圖1c）在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅。与前人研究結果一致K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，高丰度的P. copri与较低的肠易激综合征(IBS)风险相关官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心乐天堂fun中心(fun88) 官方网站，另外db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网，P. copri与一般健康状况呈正相关關系澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。

04 同居勝過遺傳力

該研究確定了17个可遗传类群(仅占测试类群的6.6%)(圖2a）在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站，但在257个分类群中有125个(48.6%)受到同居的显著影响乐天堂fun中心(fun88) 官方网站MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，同居史解释了22个类群(8.6%)的显著差异；且无论参与者的亲缘关系如何db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网，同居參與者的微生物組比分開生活的參與者更相似MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅，父母子女組、兄弟姐妹組和無親緣關系伴侶組的微生物組比非同居參與者的微生物組更相似(圖2c-e)db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。這表明同居對微生物組的影響顯著高于遺傳MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长乐天堂fun中心(fun88) 官方网站。

圖2 同居对肠道微生物群落的遗传力和影响

05關聯分析概述

探索了微生物特征與241项测量指标的相关性MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，包括技术因素、人体测量学、早期和当前生活环境、饮食、自我报告的疾病和药物使用、医学测量和社会经济学db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。這些表型解释了12.9%的微生物組組成和16.3%的微生物組功能差異杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，其中最大的貢獻來自技術因素、糞便特征、疾病、藥物使用和人體測量學(圖3b）澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版918博天堂(中国区)-官方网站在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅。

在β多樣性個體間差異分析中澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，年齡、性別和BMI是最主要的表型澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，分別解釋了0.6%、0.53%和0.32%的個體變異杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅。Bristol糞便量表解釋了最大比例的β多樣性(R2=0.77%官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅，FDR=0.012)澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长，采樣季節也解釋了很大比例的變異(R2=0.36%在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅，FDR=0.012)杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，共同強調了在微生物組研究中評估糞便一致性和收集時間框架效應的重要性918博天堂(中国区)-官方网站。

圖3 微生物组-表型关联

06健康和不健康微生物組的定義

在大多數疾病中觀察到一致的微生物組-疾病模式(圖4a)杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心，能够确定不相关疾病之间共享的微生物组特征以及定义健康（即没有疾舶摹っ湃送�·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。┪⑸�物组的特征乐天堂fun中心(fun88) 官方网站918博天堂(中国区)-官方网站db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网。疾病共享的微生物组特征主要包括Anaerotruncus、Ruminococcus、Bacteroides、Holdemania、Flavonifractor、Eggerthella和Clostridium物种的增加以及Faecalibacterium、Bifidobacterium、Butyrivibrio、Subdoligranulum、Oxalobacter、Eubacterium和Roseburia的减少乐天堂fun中心(fun88) 官方网站。在不相关的疾病中共享的肠道微生物通路主要包括l-鸟氨酸、泛醌簣D纵刘�、肠杆菌共同抗原、Kdo-2-脂质-A和钼辅助因子的生物合成增加918博天堂(中国区)-官方网站杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，以及氨基酸、脱氧核苷和核苷酸、厌氧能量代谢和发酵为短链脂肪酸（主要是丁酸）的生物合成减少在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网。

圖4 健康簣D膊〉奈⑸�物特征

07微生物組反映疾病和用藥

觀察到常見非傳染性疾病的微生物組效應和用于治療它們的藥物具有高度的一致性乐天堂fun中心(fun88) 官方网站。其中在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅，質子泵抑制劑（PPIs）、抗生素、双胍类抗糖尿病药物、渗透性泻药和肠道抗炎药物的作用最强（在FDR <为0.05时澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版乐天堂fun中心(fun88) 官方网站，与微生物类群的关联分别为84、56、47和32）澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版乐天堂fun中心(fun88) 官方网站官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心。疾病和相应药物的影响与微生物组有很高的一致性澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，表明不健康的腸道微生物組特征反映了疾病和相關藥物使用在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网乐天堂fun中心(fun88) 官方网站。

08 童年與成人微生物組有關

研究了生命早期(小于4歲)因素對成人微生物組的影響在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅。確定了106個與分類群的關聯官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，30個與通路的關聯澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长，22個與抗生素耐藥基因的關聯918博天堂(中国区)-官方网站在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心，2個與毒性因子的關聯(FDR<0.05)db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长，表明童年生活環境與成人微生物組顯著相關乐天堂fun中心(fun88) 官方网站MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站。農村的童年環境與各種細菌的增加有關db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网，包括P. copri、F. prausnitzii、Rothia mucilaginosa以及Bifidobacterium和Mitsuokella澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版918博天堂(中国区)-官方网站MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长，這些细菌丰度也与一般健康状况增加有关MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长。相比之下澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，城市生存的儿童中澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，Bacteroides、Alistipes和Biophila属的多个物种丰度降低杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅。

父母吸煙與他們孩子的微生物組有關（在FDR<0.05时918博天堂(中国区)-官方网站db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网，与分类群、代谢通路和CARDs分别有15、9和4个关联）乐天堂fun中心(fun88) 官方网站在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅。童年是否养宠物与成年后的微生物组有关（在FDR<0.05时有7个关联）K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口乐天堂fun中心(fun88) 官方网站，在童年养宠物的参与者中在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅，Alistipes finegoldii、Lactobacillus delbrueckii、Dialister和Bilophila物种减少官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网。 

09 環境暴露與腸道微生物組有關

該研究發現主動吸煙與41个物种和84种通路有关（圖3b）官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心918博天堂(中国区)-官方网站乐天堂fun中心(fun88) 官方网站，其中60%与吸烟史有关db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网，表明吸煙具有長期影響澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长。其中15种也与被动吸烟有关在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网，這强调了在疾病风险模型中考虑被动吸烟的必要性杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站。社会经济因素与肠道微生物组之间有220个关联MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长，較高的收入與健康的微生物組特征相關官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。

童年时期接触吸烟、宠物和农村环境与成人微生物组有关在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅。尽管這些关联的影响低于当前生存环境的影响db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版918博天堂(中国区)-官方网站，但影响方向和模式是一致的官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站，這表明環境暴露可以産生長期影響官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网。

文章亮點

該研究亮點在于樣本隊列大、年齡跨度大、數據收集標准化且全面澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长，尤其是不光收集了當前環境數據918博天堂(中国区)-官方网站，還收集了早期的暴露環境數據杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，追溯了童年環境因子對後期成年菌群的影響db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网。全面闡述了荷蘭人腸道微生物組特征MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长，並得出：①微生物组是由环境和同居关系塑造的杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，且同居的影响大于遗传；②童年时期接触吸烟、宠物和农村环境与成人微生物组有关；③粪便类型、样本收集时间及DNA浓度和批次都与微生物组有关；④不同疾病具有共同微生物组特征且与共存病无关杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，不健康肠道菌群同时反映疾病和用药情况等多个研究結果乐天堂fun中心(fun88) 官方网站MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长，爲未來微生物組定向幹預提供了豐富資源K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口db娱乐体育官网下载(中国)有限公司官网乐天堂fun中心(fun88) 官方网站。

參考文獻：

[1] Gacesa R , Kurilshikov A , Vila A V , et al. Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population[J]. Nature, 2022(Apr.28 TN.7907):604.