空間轉錄組（sST）技術繼單細胞轉錄組技術之後被Nature Methods評爲2020年的年度技术意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，近些年基于测序的空間轉錄組新技术不段涌现熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站，不同平台在技术实现、分辨率、捕获效率和分子扩散等方面存在显著差异娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcome，作为发现发育和疾病演进规律娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcomePA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，病理诊断的强有效工具娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户，选择合适的空間轉錄組学平台对于各位专家学者是一项复杂且重要的决策OG视讯·(中国区)有限公司官网网站熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站。

2024年7月4日PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，西湖大学研究團隊、广州实验室联合墨尔本大学杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，哈佛大学研究者等人在Nature Methods期刊上發表了一篇題爲“Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods”的研究文章熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站，该实验建立了一套具有明确定义的组织和区域的参考样本娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcome熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台，包括小鼠胚胎眼、小鼠脑海马区和小鼠嗅球意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTSPA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰OG视讯·(中国区)有限公司官网网站，生成了跨平台的11种sST方法数据PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，以评估每种技术在空间分辨率、捕获效率和分子扩散等方面的性能PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站。此外分析发现空間轉錄組数据展示出独特的特性娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcome娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，不仅仅是在单细胞数据中添加了一个空间轴PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台，在捕获稀有细胞状态和特定标记物方面具有独特优势娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户，本研究还展示了不同的sST技术在聚类、区域注释和细胞间通信等下游应用中具有不同的能力意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站，成果数据建立了一个用于未来基准测试的框架意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，可作为空間轉錄組学分析的计算工具开发和基准测试的黄金标准娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcome意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，有助于生物学家选择合适的sST平台PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰。本研究中西湖大學10x visium空间轉錄組測序服务由諾禾致源提供熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站。

1.實驗基准參考組織和實驗設計

研究人員選擇了11种不同的sST方法杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，包括微阵列（基于探针和基于polyA的10X Genomics Visium、DynaSpatial）、珠子法（HDST、BMKMANU S1000、Slide-seq V2、Curio Seeker（Curio Bioscience的商业化版本）、Slide-tag）、纳米球法（Stereo-seq、PIXEL-seq、Salus）和微流控法（DBiT-seq）PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户，在基准测试流程中意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，研究人员还标记了点中心之间的距离意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTSPA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台，以代表平台的物理分辨率娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcome。他们发现Stereo-seq、Visium、BMKMANU S1000和Salus能够几乎完整地捕获右脑和整个E12.5胚胎意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台，而Slide-seq V2的捕获能力有限娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户。DBiT-seq的捕获尺寸则取决于微流控通道的宽度娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcomePA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，后面将不同方法规范化相同的测序reads总数杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，生成了计数矩阵来进行了敏感性和扩散计算、细胞状态注释、标记基因检测和细胞间通信分析意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光。

2.分子捕獲效率

選定成年小鼠大腦和E12.5小鼠胚胎中的海马区和眼睛组织为分析区域PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，基于降采样（使不同样本具有相同数量的测序reads）结果PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，发现不同的sST数据未达到饱和PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcome，需要更多的reads才能实现最佳性能PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，具有潜在的增加灵敏度的可能性杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站，不同统计法比较下各平台有不同的表现PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户，Stereo-seq和Slide-tag在使用所有测序数据时显示出更好的捕获效率意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光OG视讯·(中国区)有限公司官网网站意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，而Slide-seq V2、基于探针的Visium和DynaSpatial在相同的测序深度下表现出更好的捕获效率PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰。此外在基于poly-A的Visium平台上观察到了一种意外的基因捕获偏差意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcome，能被其他技术一致检测到的高表达标志基因在Visium数据中未被找到PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站。

3.分子橫向擴散

通過小鼠嗅球（Pixel-seqOG视讯·(中国区)有限公司官网网站娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcome娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户，Stereo-seq娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户，Slide-seqV2）,小鼠脑海马（BMKMANU S1000意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，Slide-seqV2PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站，SalusPG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站，Stereo-seq）杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcome，小鼠胚胎眼球（BMKMANU S1000杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站，Stero-seq意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTSPG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户，Slide-seqV2）经典marker（Slc17a7、Ptgds及Pmel）的数据统计分析上来评估分子的横向逸散问题发现Stereo-seq在嗅球和大脑组织的侧向扩散控制方面存在不足PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站，在小鼠眼睛中结果确截然相反意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，这表明对于分子横向扩散的影响娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，相比于技術平台熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台OG视讯·(中国区)有限公司官网网站，组织类型对扩散过程产生了相当大的影响意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站。另一个因素是渗透时间熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台，结果显示出渗透时间对扩散模式和mRNA捕获有很大影响意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站。

4.聚類結果和區域注釋

E12.5小鼠胚胎眼球内部结构复杂意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站，基于对眼部区域内的一般细胞状态有一定的了解意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台，通过比较细胞亚群发现熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站，Slide-seqV2,Stereo-seq表现出了预期结果意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，BMKMANU S1000在检测细胞状态意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，特别是识别黑色素细胞时数据表现较差OG视讯·(中国区)有限公司官网网站杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，分析原因可能与数据中的侧向扩散问题有关OG视讯·(中国区)有限公司官网网站意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光。而Visium技术则因其较低的物理分辨率和有限的捕获位点数量OG视讯·(中国区)有限公司官网网站意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，在检测预期细胞亚群时受到限制OG视讯·(中国区)有限公司官网网站。此外熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站，在注释过程中发现娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcomePA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户，单纯使用单细胞数据作为参考来标注空间组学数据的分析模式可能存在缺陷PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcome娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户，但它作为一个有用的参考数据集可以用于注释sST数据娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcomePG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户。

5.血液汙染敏感性

另一個值得提及的問題是sST技术对血液污染的敏感性PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcome，这通常在组织制备和切片过程中引入很难避免意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户。研究以Hba-a1基因作为示例杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，评估了这些sST方法中血液污染的影响娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户。研究结果发现娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户，Visium、DynaSpatial以及BMKMANU S1000明显受到血液污染的影响娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcomePG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站，所有Visium和DynaSpatial斑点以及70%的BMKMANU S1000斑点表达Hba-a1PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰。相比之下意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站，Stereo-seq数据与snRNA-seq相比意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，血液污染的程度相对较低娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcome，而Slide-seq V2的血液污染程度最低熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站OG视讯·(中国区)有限公司官网网站熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台。

6.跨技術的標記基因檢測

研究人員發現每個平台都有比其他平台更多的獨特標記基因娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcome杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站。這表明每個平台都有其獨特的優勢和特點PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcome，研究人員嘗試應用細胞間通信分析方法PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站，包括CellChat、CellPhoneDB v.4和sST方法意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户，但未能找到一致的结果娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcome。这可能是因为不同方法之间的差异以及数据集的特点导致了不一致的结果娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户，总的来说熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站，这些结果强调了不同技术选择和抽样对于标记基因的识别和细胞亚群的分离的影响熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站。这些发现对于理解细胞状态的复杂性以及选择合适的分析方法具有重要意义熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台OG视讯·(中国区)有限公司官网网站娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcome。

7.文章總結

總的來說意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，該研究生成了第一個系統的sST方法基准评估方案娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户。尽管努力展示了所有技术的最佳表现意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，但其中一些实验并没有完全优化娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，例如DBiT-seq和Curio Bio熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，这意味着它们的数据可能并不代表它们的最佳性能熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台。sST实验通常需要更多的实验技巧熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站，而操作效果也不能忽视娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcomePG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站OG视讯·(中国区)有限公司官网网站。sST领域正在快速发展熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户OG视讯·(中国区)有限公司官网网站，随着进一步的优化PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站，每种技术的性能可能会随时间而变化熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，需要持续评估以跟上这个快速发展的领域熊猫体育【体育中国】直播平台官方网站。