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Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas
發表期刊：Nature Biotechnology
影響因子：45.117
發表時間：2020年1月
研究方向：腫瘤
文章摘要
虽然应用单细胞转录组在治疗患者肿瘤过程中已经发现了多种细胞亚群意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTSJ9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌，并突出了肿瘤微环境中细胞间的相互作用意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站long8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站，但在测序前制备单细胞悬液的组织解离导致了组织中细胞空间信息的丢失杏鑫平台|杏鑫娱乐-杏鑫登录-杏鑫官方平台beat·365(中国)-官方认证网站意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS， 从而限制了我们对肿瘤微环境中细胞的相互作用和组织的理解J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌。为了解决组织中细胞类型的空间组成long8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站，我们利用空间轉錄組測序技术去计算映射到该区域的特异性基因与由单细胞转录组数据 计算的细胞类型特异性基因之间的重叠程度beat·365(中国)-官方认证网站long8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站杏鑫平台|杏鑫娱乐-杏鑫登录-杏鑫官方平台，推断出特定细胞类型在给定组织区域的富集beat·365(中国)-官方认证网站意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐long8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站。通过对不同患者的原发性 PDAC 肿瘤的研究意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐，我们确定了特定细胞类型和亚群在组织的空间受限区 域的情况CQ9(电子中国)在线官方网站意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐beat·365(中国)-官方认证网站。应用这两种技术的结合可以去分析任何结构复杂的组织意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」，并有潜力在生物领域提供有意义的新发现long8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站beat·365(中国)-官方认证网站PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站。
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作者分别取两名 PDAC 患者的2例新鲜 PDAC-A 和 B 肿瘤组织进行研究CQ9(电子中国)在线官方网站，同时进行scRNA-seq 和空間轉錄組建庫測序分析意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS九游·会-(官网)真人游戏第一品牌EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」。最后运用多 模式相交分析（Multimodal intersection analysisEON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌，MIA）long8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站杏鑫平台|杏鑫娱乐-杏鑫登录-杏鑫官方平台，将单细胞转录组数据和空間轉錄組数据整合J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌CQ9(电子中国)在线官方网站，进行 PDAC 组织的细胞类型分析beat·365(中国)-官方认证网站，以及组织对应不同空间区域相关的细胞分布情况long8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐。
思路總結
10x空间轉錄組測序构建人妊娠早期滋养细胞发育空间图谱
Spatial multiomics map of trophoblast development in early pregnancy
發表期刊： Nature
影響因子：69.504
發表時間：2023年4月
研究方向：發育
文章摘要
通过10x空間轉錄組联合單細胞測序意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐，描述了孕早期滋养层细胞侵入的完整轨迹PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」，研究了母体巨噬细胞和EVTs之间的配体-受体相互作用以及巨噬细胞-EVT信号轴意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌，明确了妊娠早期动脉转化的潜在分子和细胞介质CQ9(电子中国)在线官方网站。
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思路總結
母胎界面滋養層細胞空間分布
參考文獻
[1]Anna Arutyunyan. et al. Spatial multiomics map of trophoblast development in early pregnancy. Nature. 2023.
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