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基因組測序

BSA性狀定位—快速定位极端性状基因

BSA(bulked segregant analysis)分离体分组混合分析法球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌B·体育【中国官】B-sports登录入口,针对目标性状MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk SportsDB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网,选择表型极端差异的亲本构建家系B·体育【中国官】B-sports登录入口球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台,对亲 本个体及目标性状表型极端差异的子代混池进行全基因组重测序DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网。根据亲本间纯和差异的位点XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版, 在子代池中挑选差异较大的位点进行性状定位球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站。 BSA原理圖: BSA家系構建:家系群體的構建方法有很多種long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌,其中F2、BC、RIL爲常見的可做BSA的群體DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站,常規F1代由于无性状分离DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网,不可用于BSA性狀定位B·体育【中国官】B-sports登录入口。 常見家系

BSA的分析方法:

  • 1.QTL-seq

    適用于自然變異下的材料long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站,定位主效QTL位點B·体育【中国官】B-sports登录入口娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口。
    QTL-seq方法示意圖[1]
  • 2. MutMap

    適用于點突變産生的突變體且突變性狀爲質量性狀的材料XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,MutMap比較適合對EMS誘變的隱性突變基因進行分析球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来。 MutMap 方法示意图[2]
  • 3.MutMap+

    適用于隱性致死突變、不育或者人工雜交困難的物種娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站。 MutMap+方法示意圖[3]
  • 4.MutMap-Gap

    適用于研究品系中特有的但在該物種參考基因中缺失的突變位點DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports,或感興趣的位點是T-DNA外源插入位點的定位XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。
    MutMap-Gap 方法示意图[4]
  • 5.GPS-BSA

    GradedPool-Seq是一種改良的BSAHOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来,目的是快速定位複雜性狀QTL定位MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk SportsXC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台,可對于多個混池測序數據球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站,進行Ridit檢驗HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版,通過p值篩選顯著關聯的位點尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版。
    GradedPool-Seq方法示意圖[5]
  • 6.PCAMP

    PCAMP是一种 QTL-seq 的优化方法long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站,混池个数由2个扩展到N个(N≥3)B·体育【中国官】B-sports登录入口HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网,分析方法由单组混池测序成对比较分析扩展到多组混池测序成对比较分析(Pair-wise Comparison Analysis for Multiple Pool-seqXC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站,PCAMP)HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版。 PCAMP定位花青素合成相關基因 [6]

諾禾優勢

  • 1.周期短B·体育【中国官】B-sports登录入口long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports,定位准B·体育【中国官】B-sports登录入口球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台,性價比高

    基于全基因组重测序的BSA性狀定位J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,可快速准确地找到差异位点XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版, 实现目标性状基因的高效定位long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站,具有“周期短、定位准、性价比高”的优势尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台, 已广泛应用于植物、作物等有参考基因组的物种B·体育【中国官】B-sports登录入口尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版。
    • 30天

      項目周期
    • 6000元起

      項目費用
  • 2.全範圍位點挖掘

    基于全基因组重测序技术尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网,諾禾致源的BSA性狀定位HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来B·体育【中国官】B-sports登录入口,是对整个基因组进行测序分析HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口,以获得全基因组范围的所有变异信息long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌,力争不错过任何一个与性状相关的位点long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站B·体育【中国官】B-sports登录入口。
  • 3.高質量測序數據XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版B·体育【中国官】B-sports登录入口,高性能計算平台

    BSA性狀定位采用先进的高通量测序平台尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,快速、高效地读取高质量的测序数据J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。 諾禾致源高性能计算平台(High Performance Computing娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口,实现快速稳定的测序数据分析及交付long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台。随着公司业务的发展娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站, 高性能计算平台将会持续更新并扩容B·体育【中国官】B-sports登录入口,以保证高效的数据处理和安全的数据存储MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sportslong8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站。
    • PE150

      測序讀長
    • ≥85%

      測序質量Q30
    • 20,280個

      物理核數
    • 1,727 T flops

      計算峰值速度
    • 400 TB

      總內存
    • 58.6PB

      總儲存
  • 4.科學方案設計

    从材料選取HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版,建庫測序long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站,到数据分析XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版,每一步都需要科学、缜密的设计HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台B·体育【中国官】B-sports登录入口,以保障高质量研究成果球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版B·体育【中国官】B-sports登录入口。

    材料選取

    DNA樣品
    ≥0.5μg

    文庫構建
    350bp

    PE150測序
    親本:10×/個體
    子代:20×/混池

    信息分析

  • 5.出色完成每一個項目環節

    至2021年12月尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站,諾禾致源已对作物类、果蔬类、水产、普通植物类等数百种物种进行精确目标性状定位long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网。“科学的方案设 计B·体育【中国官】B-sports登录入口,严格的质控管理MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk SportsXC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌,专业的分析團隊MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk SportsXC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版B·体育【中国官】B-sports登录入口,丰富的項目經驗XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,优质的項目服務” 确保每一个环节都能出色完成尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版,助力科学研究HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来。
    • 50人

      分析團隊
    • 10年

      項目經驗
    • 600+

      結題項目
    • 1對1

      項目服務

信息分析

基于比對分析發現SNP、InDel標記J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来,隨後根據標記進行差異分析尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口,以獲取與目標性狀相關的基因娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台。
分析內容 解決問題
與參考基因組比對 比對率和覆蓋度分析
SNP、InDel檢測及注釋 開發SNP、InDel標記
子代SNP、InDel頻率差異分析 尋找有差異的SNP、InDel位點
目標性狀區域定位 找到與目標性狀關聯的區域
候選基因提取和功能注釋 獲得候選基因及基因功能

常見問題

  • 1.简化基因組測序适合做 BSA 性状定位吗?

    • 针对微效多基因控制的数量性状,与目标性状相关的位点很多,简化基因组或许有幸捕获到少数位点,但绝大部分会被遗漏,这对 后续的研究很不利尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网。针对质量性状或由少数主效基因控制的数量性状, 简化基因组BSA的方法风险更高尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口。
  • 2.候選區間如何確定尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版?

    • 例如根据计算的SNP-index和delta SNP-indexDB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌,挑选出SNP-index在两个池中差异较大B·体育【中国官】B-sports登录入口球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台,delta SNP-index在一定置信水平下的窗口即为候选区间DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口。
  • 3.候選SNP/InDel和候選基因如何確定J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌?

    • 为了不忽略微效QTL的影响long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站,在全基因组范围内挑选出SNP/InDel index在一个池中为1HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌,另一个池中为0的SNP/InDel作为原始的候选SNP/InDelHOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版,根据这些SNP/InDel的注释信息MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports,挑选中在外显子上同时 引起非同义突变或者stop gain或者stop loss的这些SNP/InDel作为候选SNP/InDelHOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,这些SNP/InDel所在的基因作为候选基因HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来。
  • 4.結果影響因素有哪些B·体育【中国官】B-sports登录入口XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版?

    • 定位效果受群體類型long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站,群體大小HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来,測序深度B·体育【中国官】B-sports登录入口J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌,群體完整度的影響球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台B·体育【中国官】B-sports登录入口MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports。
  • 5.經過候選基因篩選,得到目標基因後,如何進行驗證?

    • 常見驗證方法如下:
      (1)验证SNP:(A)将候选SNPs转化成CAPS或dCAPS等标记进行验证B·体育【中国官】B-sports登录入口球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口。即:对候选的 SNPs进行限制性内切酶识别位点分析long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站B·体育【中国官】B-sports登录入口,筛选出引起酶切识别位点改变的SNPslong8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版, 使用相应的引物扩增这些SNPs所在的片段B·体育【中国官】B-sports登录入口XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,然后对扩增产物进行酶切和电泳检测球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版,将SNPs转化为CAPS标 记;对CAPS标记进行多态性分析,以验证标记的可用性; (B)将候选SNP所在区段进行 PCR扩增B·体育【中国官】B-sports登录入口尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版,然后利用Sanger测序验证扩增产物;
      (2)利用RT-PCR驗證候選基因表達量在不同表型中是否有變化;
      (3)基于轉錄組的差異表達分析,看基因表達是否有顯著差異;
      (4)RNAi 分析:使用RNAi技术特异性剔除或关闭特定基因的表达long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站。

參考文獻:

[1] Takagi H, Abe A, Yoshida K, et al. QTL-seq: rapid mapping of quantitative trait loci in rice by whole genome resequencing of DNA from two bulked populations[J]. Plant Journal, 2013,74(1):174-183.
[2] Abe A, Kosugi S, Yoshida K, et al. Genome sequencing reveals agronomically important loci in rice using MutMap[J]. Nature Biotechnology, 2012, 30(2):174-178.
[3] Rym F, Hiroki T, Muluneh T, et al. MutMap+: Genetic Mapping and Mutant Identification without Crossing in Rice[J]. Plos One, 2013, 8(7):e68529.
[4] Takagi H,Uemura A,Yaegashi H, et al. MutMap-Gap: whole-genome resequencing of mutant F2 progeny bulk combined with de novo assembly of gap regions identifies the rice blast resistance gene Pii[J]. New Phytologist, 2013, 200(1): 276-283.
[5] Wang C,Tang S,Zhan Q, et al. Dissecting a heterotic gene through GradedPool-Seq mapping informs a rice-improvement strategy[J].Nature Communications, 2019, 10: 2982.
[6] Yang X, Xia X, Zhang Z, et al. Identification of anthocyanin biosynthesis genes in rice pericarp using PCAMP[J].Plant Biotechnol Journal,2019,;17(9):1700-1702.

拓展材料

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