login_杏宇·(中国官方)代理招商直营平台·(中国区)login_杏宇·(中国官方)代理招商直营平台-10x Visium FFPE 空间轉錄組測序

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10x Visium CytAssist空间轉錄組測序

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10x Visium CytAssist空间轉錄組測序——无偏检测组织切片基因表达熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网，还原表达基因位置信息

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技術路線

切片

質控

染色成像

探針雜交

建庫測序

數據分析

探針雜交
针对人（＞18000基因）和小鼠（＞20000基因）mRNA设计特异性探针MG不朽情缘·官方app网站有限公司官网K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，每个探针分为左侧探针（LHS）和右侧探针（RHS）两部分：LHS包含read 2 测序引物结合序列和特异性序列K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，RHS 包含特异性序列和polyA序列K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。LHS与RHS的特异性序列与mRNA结合后杏宇注册登录-平台官网，连接形成完整的探针序列MG不朽情缘·官方app网站有限公司官网K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。再经过透化等过程DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发MG不朽情缘·官方app网站有限公司官网，将探针释放与玻片的Oligo序列结合和延伸杏宇注册登录-平台官网beat365中文官方网站[官网]-正版App StoreMG不朽情缘·官方app网站有限公司官网，最终构建成完整的文库K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站MG不朽情缘·官方app网站有限公司官网。

10x Visium 玻片

10x Visium载玻片包含2或4个捕获区域（对应2或4张切片）K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发MG不朽情缘·官方app网站有限公司官网，可制备2或4个转录组文库；

信息分析

数据经过严格質控K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发，采用10x Visium官方分析流程和自主开发分析流程K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口杏宇注册登录-平台官网DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网，将染色图像与表达数据相结合beat365中文官方网站[官网]-正版App Storebsports(中国区)B—sports体育登录入口K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发，获取空间位置表达信息MG不朽情缘·官方app网站有限公司官网K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，确保數據分析准确性和可靠性DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网。

10x Visium FFPE 空間轉錄組	分析內容
數據處理
	数据質控
	數據比對
	表達定量
Space ranger /Seurat 分析
	PCA降維
	聚類/降維分析
差異表達分析
	小提琴圖
	聚類熱圖
	t-SNE/UMAP展示
	空間位置展示
富集分析
	Reactome 富集分析
	聚类GO 富集分析热图
	KEGG 富集分析
高級分析
	Spot 定义
	軌迹分析
	拷貝數分析
	WGCNA共表達
	腫瘤特征分析

應用方向

腫瘤學：腫瘤微環境、腫瘤異質性、疾病進展、癌症形態、三級淋巴結構
免疫學：免疫細胞浸潤、免疫細胞基因表達特征、免疫細胞傳播
發育生物學：人類發育過程中空間位置表達、發現組織中與形態相關的基因
神經科學：繪制腦部細胞層、解析正常和病變區域表達特征
病理學：增加表達維度的形態學結論、基因表達驗證病理准確性

常見問題

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  （2）肿瘤的发生DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网杏宇注册登录-平台官网，生长K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网MG不朽情缘·官方app网站有限公司官网，转移及演化与肿瘤所处的微环境有着密切的关系MG不朽情缘·官方app网站有限公司官网K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发，肿瘤细胞DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，肿瘤相关的基质细胞（stromal cell）及周围的血管DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，组织免疫细胞等共同形成了“肿瘤微环境”杏宇注册登录-平台官网，肿瘤与环境之间既可以相互促进又可以相互拮抗K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网，因此利用空間轉錄組对肿瘤微环境的研究对于认识肿瘤的发生bsports(中国区)B—sports体育登录入口K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，发展K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，转移和治疗有着重要的意义beat365中文官方网站[官网]-正版App StoreK8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发bsports(中国区)B—sports体育登录入口。每个细胞处于不同的微环境中K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，会出现不同的基因表达模式和功能差异K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站。只有结合它们的空间位置信息K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发杏宇注册登录-平台官网，才能更好的诠释该类细胞在特定环境下的生物学功能beat365中文官方网站[官网]-正版App StoreDB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发。

2.10x Visium FFPE 空間轉錄組产品可以适用于哪些樣本類型beat365中文官方网站[官网]-正版App StoreMG不朽情缘·官方app网站有限公司官网杏宇注册登录-平台官网？
- 10x Visium FFPE 空間轉錄組空间测序杏宇注册登录-平台官网K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口bsports(中国区)B—sports体育登录入口，采用探針雜交后bsports(中国区)B—sports体育登录入口MG不朽情缘·官方app网站有限公司官网DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网，再捕获建库熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站。目前K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发，10x Visium探针仅限于人和小鼠两个物种熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网。

3.FFPE組織尺寸標准熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站beat365中文官方网站[官网]-正版App Store杏宇注册登录-平台官网，及尺寸不符的處理辦法K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发？
- 样本截面大小应不超过6.5 mm × 6.5 mmK8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发bsports(中国区)B—sports体育登录入口K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。稍大的组织样本DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站MG不朽情缘·官方app网站有限公司官网，比如长条状的DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网，长度在1 cm左右K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发，可在组织切片时通过组织划分的方法获得合适大小的切片bsports(中国区)B—sports体育登录入口。

4.樣本質檢的內容及方法熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站？
- FFPE切片质检合格后DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网beat365中文官方网站[官网]-正版App Store，才能进行空間轉錄組试验DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网，质检的内容主要包括：（1）组织形态学检测： FFPE H&E 染色观察组织形态上是否完整熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发bsports(中国区)B—sports体育登录入口，比如是否有大的裂痕、褶皱等状态熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站。
  （2）RNA 完整性检测：收集10~20片FFPE切片提取 RNAbeat365中文官方网站[官网]-正版App Store，利用安捷伦2100检测RNA片段长度分布bsports(中国区)B—sports体育登录入口MG不朽情缘·官方app网站有限公司官网熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站。长度大于200 bp的RNA片段占比超过50%DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网MG不朽情缘·官方app网站有限公司官网K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，说明质检合格K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发。
  （3）粘附性测试：每个样本取4张FFPE 切片K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发bsports(中国区)B—sports体育登录入口，在与10x Visium 玻片相同材质的玻片上进行贴片、脱蜡和染色等试验后DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口杏宇注册登录-平台官网，观察组织脱片程度K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发。没有脱片或轻微脱片则可继续空間轉錄組捕获建库K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发。

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如何利用 FFPE 样本开展空間轉錄組新技术
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