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基因組測序

基因組Survey—全面了解物種基因組特征

基因組Survey基于小片段文库的低深度测序数据K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发,通过K-mer分析星空·综合(体育中国)官方网站,从而有效的评估基因组大小、GC含量、杂合度以及重复序列含量等信息星空·综合(体育中国)官方网站沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」welcome-球速体育-直播认证官方网站,是全面了解某一物种基因组特征的有效方法U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」,为后续的全基因组 de novo 测序组装策略的制定提供理论依据K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」U8国际·[官方网]有限公司官网。

諾禾優勢

  • 1.方法優918博天堂(中国区)-官方旗舰厅人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,周期短沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,准確度高

    基于K-mer分析星空·综合(体育中国)官方网站918博天堂(中国区)-官方旗舰厅welcome-球速体育-直播认证官方网站,可快速確定基因組特征U8国际·[官方网]有限公司官网星空·综合(体育中国)官方网站,該方法已廣泛應用于評估基因組基本特征welcome-球速体育-直播认证官方网站。
    • 30

      項目周期
    • K-mer

      分析方法
    • 99%

      准確率
  • 2.科學方案設計

    从材料選取U8国际·[官方网]有限公司官网welcome-球速体育-直播认证官方网站,建庫測序U8国际·[官方网]有限公司官网熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发,到数据分析welcome-球速体育-直播认证官方网站人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网, 每一步都需要科学、缜密的设计U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台星空·综合(体育中国)官方网站,以保障高质量研究成果星空·综合(体育中国)官方网站熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台。

    材料選取

    DNA樣品
    10μg

    文庫構建
    350bp

    PE150測序

    信息分析

  • 3.分析全面

    测序深度为50×U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」,基于小片段数据K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐U8国际·[官方网]有限公司官网,通过K-mer分析星空·综合(体育中国)官方网站沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」U8国际·[官方网]有限公司官网,预估物种基因组大小熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」,并对物种基因组918博天堂(中国区)-官方旗舰厅welcome-球速体育-直播认证官方网站沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」, 重复序列情况进行分析918博天堂(中国区)-官方旗舰厅人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐。对基因组进行初步組裝welcome-球速体育-直播认证官方网站U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」,进行GC含量和外源污染分析welcome-球速体育-直播认证官方网站U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐。
    基因組Survey 分析內容
    標准分析 基因組大小評估
    雜合度評估
    重複率評估
    初步組裝
    GC含量評估
  • 4.悅讀高質量測序數據U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」918博天堂(中国区)-官方旗舰厅人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,盡享HPC澎湃動力

    基因組Survey采用先进的Illumina测序平台welcome-球速体育-直播认证官方网站918博天堂(中国区)-官方旗舰厅K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发,快速、高效地读取高质量的测序数据U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」。 諾禾致源高性能计算平台(High Performance Computing沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合星空·综合(体育中国)官方网站沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」welcome-球速体育-直播认证官方网站,实现快速稳定的测序数据分析及交付U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」。随着公司业务的发展U8国际·[官方网]有限公司官网人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,高性能计算平台将会持续更新并扩容U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」, 以保证高效的数据处理和安全的数据存储U8国际·[官方网]有限公司官网welcome-球速体育-直播认证官方网站人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网。
    • 20,280個

      物理核數
    • 1,727 T flops

      計算峰值速度
    • 400 TB

      總內存
    • 58.6PB

      總儲存
  • 5. 出色完成每一个项目环节

    諾禾致源已经成功对经济作物、粮食作物、园艺植物、无脊椎动物、海洋动物等多种物种进行基因组特征评估welcome-球速体育-直播认证官方网站,结合丰富的項目經驗918博天堂(中国区)-官方旗舰厅U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,专业的项目方案指导和分析流程U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐, 保证快速、准确的评估基因组特征
    • 50人

      分析團隊
    • 8年

      項目經驗
    • 500+

      結題項目
    • 1對1

      項目服務

常見問題

  • 1.怎樣評估研究物種的基因組大蠻8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」。

    • (1)網站查詢
      查詢植物基因組大小的網站:http://data.kew.org/cvalues
      查詢動物基因組大小的網站:http://www.genomesize.com
      (2)流式细胞仪方法br 流式细胞仪是目前比较常用的估计基因组大小的实验方法熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台918博天堂(中国区)-官方旗舰厅星空·综合(体育中国)官方网站。可以老师自己做流式评估人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台,也可以我们帮助老师联系相关公司去做人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发。
      (3)Survey 评估
      Survey分析U8国际·[官方网]有限公司官网welcome-球速体育-直播认证官方网站,即将测序得到的 reads 打断成 K-mer星空·综合(体育中国)官方网站沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,通过 K-mer 分析918博天堂(中国区)-官方旗舰厅,从数学的角度评估基因组的大小U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐welcome-球速体育-直播认证官方网站人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,杂合以及重复等信息welcome-球速体育-直播认证官方网站人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网。并进行初步組裝U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台welcome-球速体育-直播认证官方网站,从初步組裝的 Contig 的 GC 分布图上welcome-球速体育-直播认证官方网站,判断该物种是否有污染等信息K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,从而为后续组装策略的制定提供可靠的依据星空·综合(体育中国)官方网站U8国际·[官方网]有限公司官网。为什么一定要做Surveywelcome-球速体育-直播认证官方网站?
  • 2.Survey是评估基因组的有效手段U8国际·[官方网]有限公司官网沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」,对于没有参考基因组的物种U8国际·[官方网]有限公司官网918博天堂(中国区)-官方旗舰厅,在启动de novo 项目之前沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」,对基因组特征评估是十分必要的U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,基因组大小及复杂状况直接影响到项目价格U8国际·[官方网]有限公司官网,周期以及后续的组装策略等K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」星空·综合(体育中国)官方网站。 Survey评估和流式细胞仪评估有什么区别沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网星空·综合(体育中国)官方网站?

    • 两者都可以对基因组的大小进行评估熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台918博天堂(中国区)-官方旗舰厅,Survey评估中的K-mer分析是从数学角度上进行分析的K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发,得到的信息更为全面和准确U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐。而流式则是通过实验的手段人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」,主要通过已知内参物种基因组大小来 评估被测物种的基因组大小U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐。由于内参选择不同welcome-球速体育-直播认证官方网站,实验预估基因组大小与实际会有一些偏差U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发。
  • 3.做了基因組Survey是否就一定不用做流式了呢U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐?

    • 不是U8国际·[官方网]有限公司官网U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐。我们一般建议老师在做Survey之前先做一下流式对基因组大小有个初步的预估星空·综合(体育中国)官方网站U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」。原因如下:K-mer分析中沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」,我们把K-mer分布最多的峰为主峰沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台,主峰前的1/2的峰称为杂合峰918博天堂(中国区)-官方旗舰厅人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,把主峰后2倍的位置 的峰称为重复峰welcome-球速体育-直播认证官方网站沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」。若出现主峰判断不清的时候U8国际·[官方网]有限公司官网沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」,一般可以结合流式的结果来对我们的判断进行验证星空·综合(体育中国)官方网站。
  • 4.K-mer分析時welcome-球速体育-直播认证官方网站K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台,爲何選的K-mer長度不一樣熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网?

    • 一般来说U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台,用来预估基因组大小的k-mer我们选取17-mer沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」welcome-球速体育-直播认证官方网站U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐,其原因是ATCG四种不同的碱基若组成长度为17的核苷酸片段U8国际·[官方网]有限公司官网welcome-球速体育-直播认证官方网站,在经过不同的排列组合可出现417种可能性沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发,也就是17G足以覆盖一般的正常基因组;如果选择15的话沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台,则只有415沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」星空·综合(体育中国)官方网站,只有1G的可能人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,对于正常的基因组可能覆盖度不够人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」。导致估计不准确熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台,当然对于较大的基因组(>15G)熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台,我们会尝试采用19-mer进行评估星空·综合(体育中国)官方网站沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台。 由于Reads上存在错误碱基星空·综合(体育中国)官方网站U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐,K-mer并非越大越好人生就是博·AG尊时凯龙(中国区)集团官网,若K-mer选择的越大沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」,则包含这个错误位点的K-mer的个数就会越多welcome-球速体育-直播认证官方网站。 另外为了避免回文序列K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发,K-mer分析选择K长度均为奇数沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」918博天堂(中国区)-官方旗舰厅U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐。而对于高重复的重复沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」,我们通常会选择一些长度较长的K-merwelcome-球速体育-直播认证官方网站U8国际·[官方网]有限公司官网熊猫体育app官方入口(中国官方)认证体育赛事直播平台,这是因为较大的K-mer能够跨过一些高重复区域U8国际·[官方网]有限公司官网,对于组装具有较好的结果U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐welcome-球速体育-直播认证官方网站U8国际·[官方网]有限公司官网。

拓展材料

更多內容沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」918博天堂(中国区)-官方旗舰厅星空·综合(体育中国)官方网站,可掃描側邊欄"一對一業務咨詢"二維碼添加科研服務經理咨詢星空·综合(体育中国)官方网站U8国际·[官方网]有限公司官网。

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