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基因組測序

遺傳圖譜—精确构建连锁遗传图

遗传连锁图谱(Genetic linkage map):又叫连锁图谱(Linkage map)熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台PA视讯(中国区)官网 - PlayAce,指分子标记在染色体上的相对位置kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站MK(体育科技有限公司)体育·官方网站,用遗传距离来衡量距离熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台。遗传距离单位是厘摩(cM)沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!MK(体育科技有限公司)体育·官方网站意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台, 表示分子标记在染色体交换过程中的重组频率熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台。
遺傳圖譜家系构建:連鎖圖譜最佳群體選擇F1代、F2代、BC回交群體、RILs系意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」,DH系意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台。
图1 常见家系

遺傳圖譜分析方法:

  • 1. 高密度遺傳圖譜

    以連鎖遺傳中染色體的交換和重組爲基礎lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」,通過連續多次兩點或三點測驗等方法計算出交換值lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司,確定位于同一染色體基因的相對位置的距離意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台,繪成連鎖遺傳圖MK(体育科技有限公司)体育·官方网站。
    图2 高密度连锁图谱
  • 2. 多倍体遺傳圖譜

    多倍化是植物的进化驱动力之一意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台,基于多倍体物种在生长活力、生物量积累和抗逆适应性等方面的优势MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长kg体育·(中国China)官方网站,一直较难破译的多倍体物种意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」MK(体育科技有限公司)体育·官方网站,其遺傳圖譜的构建相比于二倍体要复杂得多kg体育·(中国China)官方网站意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台。諾禾致源针对多倍体物种开发的图谱构建流程已助力科研论文成功发表MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长。 图3 多倍体遺傳圖譜

應用方向

  • 1. QTL定位与功能挖掘

    通過表型性狀與標記間的連鎖分析來確定QTL在染色體上的位置、效應lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台,進而實現性狀相關基因的挖掘MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台。
  • 2. 辅助基因组组装

    意昂体育app下载安装官网
  • 3. 比较基因组学分析

    通過表型性狀與標記間的連鎖分析來確定QTL在染色體上的位置、效應lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司kg体育·(中国China)官方网站PA视讯(中国区)官网 - PlayAce,進而實現性狀相關基因的挖掘MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长。
  • 4. 分子标记辅助育种

    通過表型性狀與標記間的連鎖分析來確定QTL在染色體上的位置、效應意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」kg体育·(中国China)官方网站意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台,進而實現性狀相關基因的挖掘MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长MK(体育科技有限公司)体育·官方网站。

諾禾優勢

  • 1.高速度 高密度 高质量

    基于全基因组重测序或简化基因組測序的检测方法沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!,可一次性快速开发大量的分子标记熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司MK(体育科技有限公司)体育·官方网站, 测序数据和上图标记质量高MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!,可获得高饱和或者超密度遺傳圖譜PA视讯(中国区)官网 - PlayAceMK(体育科技有限公司)体育·官方网站,已广泛应用于各种模式和非模式生物遺傳圖譜构建熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台。
    項目周期:50
    區間性狀定位
  • 2.高質量測序數據熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台MK(体育科技有限公司)体育·官方网站MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长,高性能計算平台

    BSA性狀定位采用先进的高通量测序平台熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站,快速、高效地读取高质量的测序数据MK(体育科技有限公司)体育·官方网站意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台。 諾禾致源高性能计算平台(High Performance Computingkg体育·(中国China)官方网站,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司PA视讯(中国区)官网 - PlayAce意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台,实现快速稳定的 测序数据分析及交付kg体育·(中国China)官方网站沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!。随着公司业务的发展沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!,高性能计算平台将会持续 更新并扩容lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!,以保证高效的数据处理和安全的数据存储kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台。
    • PE150

      測序讀長
    • ≥85%

      測序質量Q30
    • 20,280個

      物理核數
    • 1,727 T flops

      計算峰值速度
    • 400 TB

      總內存
    • 58.6PB

      總儲存
  • 3.出色完成每一個項目環節

    至2021年12月kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长,諾禾致源已对畜牧、作物、果蔬、花卉、普通植物、水产等上百个物种进行了遺傳圖譜构建MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」。“科学 的方案设计MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长MK(体育科技有限公司)体育·官方网站,严格的质控管理lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」,专业的分析團隊MK(体育科技有限公司)体育·官方网站lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台,丰富的項目經驗MK(体育科技有限公司)体育·官方网站,优质的項目服務” 确保每一个环节都能出色完成lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司,助力科学研究MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长kg体育·(中国China)官方网站PA视讯(中国区)官网 - PlayAce。
    • 50人

      分析團隊
    • 10年

      項目經驗
    • 300+

      結題項目
    • 1對1

      項目服務
  • 4.科學方案設計

    从材料選取lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」,建庫測序lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司,到数据分析lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司,每一步都需要科学、缜密的设计意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」,以保障高质量研究成果kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站。

    材料選取

    群體類型
    F1、F2、BC、
    RILs等

    群體大小
    ≥150

    WGS(350bp文庫)
    親本:10-30×/個
    子代:≥5×/個

    子代GBS
    Tag≥10萬/RAD
    測序≥1×/個

    信息分析

信息分析

利用全基因组或简化基因組測序技术kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台,开发SNP标记MK(体育科技有限公司)体育·官方网站MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长,基于SNP标记进行连锁分析意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台,构建高密度遺傳圖譜MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长。除SNP标记外lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司,还可加入InDel等标记进行构图MK(体育科技有限公司)体育·官方网站沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长。
全基因組重測序(WGS) 简化基因組測序(GBS)
測序數據質量評估 測序數據質量評估
與參考基因組比對 與參考基因組比對(有参)
與擬參考基因組比對(無參)
群體SNP檢測及注釋 群體SNP檢測及注釋
遺傳標記開發及過濾 遺傳標記開發及過濾
遺傳圖譜构建及质量评估 遺傳圖譜构建及质量评估

常見問題

  • 1. 亲本如何选择lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台?

    • 親本的選擇直接影響到構建圖譜的難易程度及所建圖譜的適用範圍MK(体育科技有限公司)体育·官方网站,需要符合以下要求:
      (1)親本間的DNA多態性意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站。
      (2)考慮後代的可育性沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司,防止偏分離産生MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司。
      (3)盡量選擇純度高的親本材料(F 1代除外)kg体育·(中国China)官方网站PA视讯(中国区)官网 - PlayAceMG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长。
  • 2. 构建图谱的軟件有哪些意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台?各有什么区别与联系PA视讯(中国区)官网 - PlayAceMG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台?

    • JoinMap軟件是Widows系统下的軟件意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!,目前应用最为广泛沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台kg体育·(中国China)官方网站,几乎适用于所有群體類型PA视讯(中国区)官网 - PlayAcekg体育·(中国China)官方网站MK(体育科技有限公司)体育·官方网站。其余还有R/qtl、Lepmap、Highmap、Onemap、Mstmap、Carthagen等lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」。
  • 3. 不同群体如何选择上图标记意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司PA视讯(中国区)官网 - PlayAce?

    • 對于F1群体沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!,理论上一般选择lm x ll、nn x np、hk x hk熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」。除了F1群體kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站,其他群體F2群体MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!,BC群体等都使用aa x bb标记PA视讯(中国区)官网 - PlayAceMK(体育科技有限公司)体育·官方网站。
  • 4. 图谱质量判定标准有哪些MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司?

    • 图谱质量判定标准主要有上图指标统计、遺傳圖譜物理图谱共线性分析、相邻标记重组热图分析PA视讯(中国区)官网 - PlayAce。
  • 5. 常用的QTL作图軟件有哪些沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台?各有什么不同kg体育·(中国China)官方网站?

    • 常用的QTL 作图軟件有MapQTL、WinQTL cartographer、IciMapping、QTLNetwork沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!,R\qtl等kg体育·(中国China)官方网站意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台。其中R\qtl是比较老的軟件意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长,近年文章里应用比较少意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」。
      軟件 WinQTL MapQTL IciMapping QTLNetwork
      適用群體 BC、DH、RIL、F2 F1、F2、RIL、BC、DH BC、DH、RIL、F2 F2、RIL、BC、DH
      標記限制 每條染色體不高于1000 總數不高于7000 10000以內 無限制
      定位方法 IM、CIM、MIM IM、MQM IM、ICIM MCIM
      定位結果 LOD、貢獻率、加性效應、顯性效應 LOD、貢獻率、加性效應顯性效應 LOD、貢獻率、加性效應、顯性效應、上位性效应 LOD、貢獻率、加性效應、顯性效應、上位效應
    • 注:加性效應:影響數量性狀的多個微效基因的基因型值的累加熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站意昂凯捷4凯捷(中国)官网「强保障平台,更省心娱乐」,也稱性狀的育種值熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台kg体育·(中国China)官方网站PA视讯(中国区)官网 - PlayAce。可遺傳且相對穩定意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司。
      (正負值分別表示遺傳效應來自于哪個親本)
      顯性效應:基因位點內等位基因之間的互作效應kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站PA视讯(中国区)官网 - PlayAceMG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长,是可以遺傳但不能固定的遺傳因素意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台,是産生雜種優勢的主要部分意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长。可遺傳但不穩定MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长PA视讯(中国区)官网 - PlayAce沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!。
      上位效應:是指不同基因位點的非等位基因之間相互作用所産生的效應MK(体育科技有限公司)体育·官方网站沐鸣2体育-科技赋能场景,让娱乐更有趣!kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站。

參考文獻

[1] Gu Q , Ke H , Liu Z , et al. A high-density genetic map and multiple environmental tests reveal novel quantitative trait loci and candidate genes for fibre quality and yield in cotton[J]. Theoretical and Applied Genetics, 2020.
[2] Yang Q , Yang Z , Tang H , et al. High-density genetic map construction and mapping of the homologous transformation sterility gene (hts) in wheat using GBS markers[J]. BMC Plant Biology, 2018.
[3] Rumi S , Hiroaki T , Kenta S , et al. Development of molecular markers associated with resistance to Meloidogyne incognita by performing quantitative trait locus analysis and genome-wide association study in sweetpotato[J]. DNA Research 2019.
[4] Peter M Bourke, Geert van Geest, Roeland E Voorrips, Johannes Jansen, Twan Kranenburg, Arwa Shahin, Richard G F Visser, Paul Arens, Marinus J M Smulders, Chris Maliepaard. polymapR-linkage analysis and genetic map construction from F1 populations of outcrossing polyploids[J]. Bioinformatics 2018.
[5] Pariya B , Wit E C . De novo construction of polyploid linkage maps using discrete graphical models[J]. Bioinformatics 2018.
[6] Zhou, C.,Olukolu, B., Gemenet, D.C. et al. Assembly of whole-chromosome pseudomoleculesfor polyploid plant genomes using outbred mapping populations. Nature Genetics 2020.

拓展材料

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