意昂体育·(China)体育官方网站-EON SPORTS·(中国区)意昂体育·(China)体育官方网站-EON SPORTS-真核無參轉錄組測序-諾禾致源-基因結構水平分析

基因組測序>
- 建庫測序>
  - 二代建庫測序服务
  - 三代建庫測序服务
- 人类基因組測序>
- 动植物基因組測序>
- 微生物基因組測序>
轉錄調控測序>
表觀組測序>
單細胞測序>
空間轉錄組>
基因分型>
質譜分析>
- 蛋白組學分析>
- 代謝組學分析>
- 血液蛋白質組分析>
  - Olink血液蛋白質組學
多組學聯合分析>
分子育種>
基因合成>
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真核无参轉錄組測序

真核無參轉錄組-用優質轉錄本測序探秘無參物種

真核无参轉錄組測序（RNA-seq）采用Illumina测序平台EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，对真核生物特定组织或细胞在某個特定状态下转录的所有mRNA进行测序K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」，拼接出最长的转录本为unigene球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk SportsPA视讯·(中国区)官方网站 - Play，以unigene为参考序列进行后续分析球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，为研究无参考基因组物种的转录水平变化提供有力的技术手段杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛。

應用方向

無參物種基因組組裝
对于无参考基因组的物种乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站，对轉錄組測序数据进行拼接组装、功能注释等
脅迫研究
研究脅迫環境下的機體響應機制
差異性狀研究
尋找不同處理導致差異性狀或表型相關聯的主要功能基因
互作關系研究
通過轉錄水平尋找到關鍵調節的基因或者代謝通路MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk SportsK8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站，研究宿主與寄主之間相互作用關系

諾禾優勢

1. 样本起始量低
RNA 0.4 μg/建库
2. 周期快、质量好杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，稳定性高
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- ≤24
  樣本量
- 35天
  項目周期
- PE150
  測序讀長
- ≥85%
  測序質量Q30
3. 方案设计专业PA视讯·(中国区)官方网站 - Play918博天堂(中国区)-官方旗舰厅，质控严格
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材料選取

RNA樣品
≥0.4μg

文庫構建（普通轉錄組文庫/鏈特異性文庫）

PE150測序
6-12Gb

信息分析

同时諾禾致源高性能计算平台（High Performance ComputingK8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，HPC）采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合PA视讯·(中国区)官方网站 - Play，实现快速稳定的测序数据分析及交付杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站。随着公司业务的发展乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站，高性能计算平台将会持续更新并扩容意昂体育·[官方网]有限公司官网，以保证高效的数据处理和安全的数据存储澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站。
4.項目文章以及物種經驗豐富
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- 80人
  分析團隊
- 10年
  項目經驗
- 5000+
  結題項目
- 1對1
  項目服務

信息分析

諾禾致源真核无参轉錄組測序项目信息分析918博天堂(中国区)-官方旗舰厅球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，经过严格数据质控保证数据分析可靠性918博天堂(中国区)-官方旗舰厅EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」，信息分析分为表达水平分析和结构水平分析杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports。表达水平分析包括CDS預測分析、基因表达量分析、相关性分析、差异基因及其富集分析、GSEA分析、WGCNA分析等球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站，结构水平包括变异位点分析、SSR分析球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports。

有參轉錄組	分析內容	解決問題
標准分析	測序數據質量評估	過濾掉低質量數據意昂体育·[官方网]有限公司官网，保證數據質量
	轉錄本拼接	拼接獲取後續分析的參考序列
	CDS預測	預測編碼蛋白産物的序列
	基因表達水平分析	分析基本的表達量
	樣本相關性分析	分析樣本間的相關性大小
	差異基因分析	尋找不同比較組合間的差異基因
	GO/KEGG富集分析	差異基因的GOEON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，KEGG富集分析
	蛋白互作網絡分析	差異基因蛋白互作網絡的分析
	WGCNA基因共表達網絡分析	分析模塊與樣本間的相關性K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，尋找關鍵模塊和hub基因
	SNP/Indel分析	分析變異位點
	SSR分析	簡單重複序列預測

動植物多組學

疾病多組學

癌症多組學

微生物多組學

轉錄調控和蛋白多組學

表觀遺傳

送樣建議

樣本類型	普通轉錄組/真核鏈特轉錄組
新鮮植物組織幹重	叶片、花 ≥ 0.3g；根、茎、种子等其他组织 ≥ 0.5g
新鮮動物組織幹重	内脏组织、脑组织 ≥ 0.08g；脂肪、皮肤、骨头、血管等其他组织 ≥ 0.3
新鮮培養細胞	>≥5*10⁶個
新采集的全血(加入 TRIzol)	>≥5mL
新采集的全血 (液氮速冻)	>≥2mL
PAXgene 采血管	≥1 管
石蠟切片	厚度在5-10μm,含組織面積大于25mm²的切片12張MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports。
菌體/菌絲	>3*10⁶個 >0.3g
半固體細菌	≥ 0.5mL

常見問題

1.真核无参轉錄組測序（RNA-seq）CDS和ORF的区别?
- 在真核无参轉錄組測序中918博天堂(中国区)-官方旗舰厅意昂体育·[官方网]有限公司官网球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，CDS是编码蛋白质的一段序列PA视讯·(中国区)官方网站 - PlayK8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」，ORF是从起始密码子到终止密码子的一段序列918博天堂(中国区)-官方旗舰厅，不是所有的读码框都能表达出蛋白质PA视讯·(中国区)官方网站 - Play，也就是说CDS一定是ORF918博天堂(中国区)-官方旗舰厅乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站，但ORF不一定是CDSPA视讯·(中国区)官方网站 - Play918博天堂(中国区)-官方旗舰厅，一般ORF只是理论上的一個编码区EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」意昂体育·[官方网]有限公司官网杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，CDS则比较接近实际情况杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站。在预测CDS的时候是先跟数据库比对杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，比对上的直接提取CDS序列杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports，比对不上的再用软件预测K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站。

2.真核无参轉錄組測序（RNA-seq）为什么不对每一個转录本都进行注释球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站？
- 可变剪切意昂体育·[官方网]有限公司官网乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站，等位基因K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，同一個基因的不同拷贝MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports，homelogEON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」，ortholog等在RNA-seq拼接过程中918博天堂(中国区)-官方旗舰厅MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports，因为有着相同的序列来源EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」，被分配为同一基因球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，一般而言PA视讯·(中国区)官方网站 - PlayMK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，最长的转录本通常能更好的代表该基因coding信息PA视讯·(中国区)官方网站 - PlayEON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」。故诺禾从拼接结果文件TRINITY.fasta中挑选出最长的一条作为该基因的代表乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站，称为GenePA视讯·(中国区)官方网站 - Play，并以此进行后续的注释分析澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站PA视讯·(中国区)官方网站 - PlayMK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports。但是定量分析的参考序列仍为TRINITY.fastaK8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。该方法为目前RNA-seq分析中的主流方法K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，也是Trinity软件所推荐的球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站，后面的差异、富集分析都是做的基因水平918博天堂(中国区)-官方旗舰厅K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口PA视讯·(中国区)官方网站 - Play，所以注释也只需要做到基因水平的918博天堂(中国区)-官方旗舰厅MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports。

3.真核无参轉錄組測序（RNA-seq）7大数据库的注释准确性如何K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站？
- 我们用7個数据库进行了基因功能的注释澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站意昂体育·[官方网]有限公司官网，每個数据库的注释的筛选条件非常严格(比如blast Evalue<1e-5)意昂体育·[官方网]有限公司官网PA视讯·(中国区)官方网站 - Play，且注释的程序都是官方认可的软件(blast2go,KAAS等)澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站，因而每個数据库的注释 (都算比较可靠澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，但每种注释关注的侧重点不同(比如PFAM针对蛋白的结构域、KEGG针对基因参与的代谢通路等等)918博天堂(中国区)-官方旗舰厅杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports。

4.真核无参轉錄組測序（RNA-seq）项目中Corset聚类后MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，选取最长的cluster序列乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站PA视讯·(中国区)官方网站 - Play，这一步是如何操作的K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」？
- 经过Trinity拼接得到Trinity.faK8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，Trinity.fa过Corset软件澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」，根据转录本间Shared Reads将转录本聚合为许多clusterMK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports，再结合不同样本间的转录本表达水平及H-Cluster算法意昂体育·[官方网]有限公司官网PA视讯·(中国区)官方网站 - Play，将样本间有表达差异的转录本从原cluster分离PA视讯·(中国区)官方网站 - PlayMK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports918博天堂(中国区)-官方旗舰厅，建立新的clusterEON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」，最终得到cluster_all.fasta（详细参见（Corset輕松搞定無參轉錄組差異基因）杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站意昂体育·[官方网]有限公司官网乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站。在cluster_all.fasta中乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站，选取最长的转录本作为最终的unigene.fastaMK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports。

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