諾禾致源

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科技服務

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表觀組測序

Hi-C—前沿技術帶你走進DNA的三維空間

  • Hi-C技术是染色体构象捕获(Chromosome conformation capture意昂体育·(China)体育官方网站-EON SPORTS,简称为3C)的一种衍生技术U8国际·[官方网]有限公司官网,是指基于高通量进行染色体构象的捕获意昂体育·(China)体育官方网站-EON SPORTSzoty中欧·(中国集团公司)官方网站官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心,它能够在全基因组范围内捕捉不同基因座位之间的高分辨率空间交互信息PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心HOME_U8国际_U8共创美好未来,研究三维空间中调控基因的DNA元件beat·365(中国)-官方认证网站。与WGS、RNA-seq、ATAC-seq、 CUT&Tag等多組學聯合分析意昂体育·(China)体育官方网站-EON SPORTS意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」,研究不同物种基因组空间结构(compartment、TAD、loop结构)beat·365(中国)-官方认证网站PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce,从而揭示基因组三维结构U8国际·[官方网]有限公司官网zoty中欧·(中国集团公司)官方网站,解析肿瘤/疾病/物种进化的发生发展机制娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口HOME_U8国际_U8共创美好未来官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心。 全基因組範圍: 全基因組範圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心。 熱點技術: 三維基因組信息作爲更高層次的生物學問題解釋系統熊猫体育【China】官方网站- Panda SPORTS意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」意昂体育·(China)体育官方网站-EON SPORTS。

技術應用

  • 1、解析染色質三維層級結構PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAceHOME_U8国际_U8共创美好未来zoty中欧·(中国集团公司)官方网站,研究空間構象與基因轉錄調控的關系;

    舉例:乳腺癌發生與轉移不同時期官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心HOME_U8国际_U8共创美好未来,A/B區室/TAD/loop環空間結構變化如何遠距離調控癌症基因表達
  • 2、揭示染色質互作模式U8国际·[官方网]有限公司官网意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」,描繪3D重構圖譜;

    舉例:不同近緣物種不同發育時期甚至于不同部位進化特征研究
  • 3、染色质结构變異檢測;

    舉例:豬在增重與減重過程中不同脂肪組織中基因組結構變異與轉錄調控的關系研究
  • 4、個體單倍型研究;

    举例:人类健康、动植物分子育種等SNP位点检测

諾禾優勢

  • 1. 物种经验:

    諾禾致源已经成功完成对人、小鼠、大鼠、禽类、哺乳动物、鱼类、贝类、爬行类、拟南芥、水稻、玉米、大豆、棉花、小麦、油菜、花生、果树、林木、蔬菜等多种动植物实验意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce意昂体育·(China)体育官方网站-EON SPORTS,累计100+物种熊猫体育【China】官方网站- Panda SPORTSbeat·365(中国)-官方认证网站U8国际·[官方网]有限公司官网,上千种部位PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口。
  • 2. 文章经验:

    項目文章多發表于Nature、Cell等高分期刊HOME_U8国际_U8共创美好未来熊猫体育【China】官方网站- Panda SPORTS官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心,累積影響因子500+
  • 3. 分析服务:

    提供单组学与多组学联合的科研服务体系意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」,分析条目丰富;单组学:Compartment A/B、TAD、loop层级分析、3D图谱分析、单倍型分析等;多组学:泛三维基因组、表观多组学联合、定制化分析等等熊猫体育【China】官方网站- Panda SPORTS意昂体育·(China)体育官方网站-EON SPORTS。
  • 4. 一站式服务:

    专业技术團隊出具多样化科研方案官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心zoty中欧·(中国集团公司)官方网站娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口,实现售前-售中-售后便捷式高效服务体系意昂体育·(China)体育官方网站-EON SPORTS。
  • 5. 周期快、质量好、稳定性高

    諾禾致源基于全面的物种实验库以及优质的測序平台U8国际·[官方网]有限公司官网意昂体育·(China)体育官方网站-EON SPORTS熊猫体育【China】官方网站- Panda SPORTS,实现快速、稳定的测序数据分析及交付beat·365(中国)-官方认证网站官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心。
    • <6

      樣本量
    • 40D

      建庫測序周期.
    • NovaSeq
      X plus

      測序平台

信息分析

基于全基因組的互作信息U8国际·[官方网]有限公司官网,獲得高分辨率的染色質三維結構信息HOME_U8国际_U8共创美好未来,並能開發調控基因的DNA元件意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」。
構建染色體跨度單體型 三維結構重構以及調控元件開發
測序質量評估
Hi-C數據質控比對統計
NT庫比對
比對參考基因組 比對及過濾
SNP檢測與注釋 互作圖譜構建
InDel檢測與注釋 TAD分析
基因組雜合度統計 三維結構重構
染色體跨度單體型構建 調控元件的開發

關聯分析

基于多组学文章中的应用场景和经验PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAcezoty中欧·(中国集团公司)官方网站HOME_U8国际_U8共创美好未来,諾禾致源搭建了内容丰富的Hi-C与RNA-seq關聯分析流程熊猫体育【China】官方网站- Panda SPORTSzoty中欧·(中国集团公司)官方网站官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心,以助力科研者们发表高分文章熊猫体育【China】官方网站- Panda SPORTS。
Hi-C与RNA-seq關聯分析 1. Compartment转换与转录组的关联
1.1 Compartment A/B与表达变化
1.2 Compartment A/B与差异表达基因的交集基因的GO富集分析
1.3 Compartment A/B与差异表达基因的交集基因的KEGG富集分析
2. 差异互作区域对应的差异表达基因表达情况
2.1 差异互作区域对应的差异表达基因的表达水平情况
3. 保守TAD区域对应的基因表达情况
3.1 保守TAD的鉴定
3.2 保守TAD的分类
3.3 各类TAD中表达水平上调的基因的比例
3.4 各类TAD中基因表达水平变化分布

送樣建議

樣本類型 這樣建議(單文庫量)
新鮮動物組織 >500 mg
新鮮植物組織 >1 g
新鮮培養細胞數量(需要客戶固定) >2×106

常見問題

  • 1. 测序深度为多少意昂体育·(China)体育官方网站-EON SPORTSPA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce?

      一般推薦100×beat·365(中国)-官方认证网站,因爲測序深度越高PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce,分辨率越高PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口。根據物種人、小鼠等項目經驗beat·365(中国)-官方认证网站熊猫体育【China】官方网站- Panda SPORTS娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口,深度達到150X時意昂体育·(China)体育官方网站-EON SPORTS,分辨率能達到10KbU8国际·[官方网]有限公司官网官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心。

  • 2. 3C、4C、5C、ChIA-PET与Hi-C技术有什么不同官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心U8国际·[官方网]有限公司官网?

      3C捕獲點對點的染色體信息;4C可以捕獲點對多的染色體信息;5C和ChIA-PET可以捕獲多對多的染色體信息;Hi-C可以捕捉全基因組範圍內的互作信息熊猫体育【China】官方网站- Panda SPORTSU8国际·[官方网]有限公司官网官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心,包括染色體內和染色體外的相互作用意昂体育·(China)体育官方网站-EON SPORTS。

  • 3. Hi-C的三维结构怎么验证zoty中欧·(中国集团公司)官方网站意昂体育·(China)体育官方网站-EON SPORTS?

      一般是根据FISH的数据来验证3D结构的准确性beat·365(中国)-官方认证网站HOME_U8国际_U8共创美好未来,因为FISH数据是在显微镜成像所观察到的真实的染色体之间的三维结构;目前熊猫体育【China】官方网站- Panda SPORTS,局限于FISH数据的获得U8国际·[官方网]有限公司官网娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口, 我们验证3D结构正确性的方法是先获得人的染色体的三维结构意昂体育·(China)体育官方网站-EON SPORTSPA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口。若该三维结构经过FISH数据验证为准确的PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce官网- 杏鑫平台 | 帐号ID注册 - 会员登陆中心beat·365(中国)-官方认证网站,则将构建人的染色体三维结构的方法移植到其他物种上PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAcezoty中欧·(中国集团公司)官方网站意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」,以构建其他物种的三维结构HOME_U8国际_U8共创美好未来。

拓展材料

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