MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长·(中国区)MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长-完美基因組

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完美基因組（T2T基因組）

完美基因組—抵達探索生物奧秘的終點

T2T（Telomere-to-telomere）基因組：是指組裝的無gap的端粒到端粒的基因組（在rDNA區域、性染色體、著絲粒中可能允許少量gaps）；具有非常高的Q值（准確性）和BUSCO值（完整性）；在原始數據與組裝之間具有最小的結構性錯誤沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台。

1.策略推薦
60X HiFi + 100X Ultra-long ONT（N50 > 100K）+ 50X 二代 + 100X Hic
（1）60X HiFi数据使用Hifiasm进行组装熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站，得到HiFi contigkg体育·(中国区)官方网站 - PlayJ9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌，较常规组装（30X）深度更高EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」，可得到完整性、连续性更高的contig骨架基因组HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台login_杏宇·(中国官方)代理招商直营平台，同时还可为单体型-T2T提供深度支持HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台，进行单体型-T2T组装；
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（3）100X Hic数据经Hicup质控尊龙官方网站官网入口-人生搏中国官网入口HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」，对Hifi contig及ONT contig两版基因组进行Allhic挂载得到基因组染色体版本；
以HiFi 染色体级别基因组作为Reference熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站，将Ultra-long ONT染色体级别基因组与其进行相互Mergelogin_杏宇·(中国官方)代理招商直营平台沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站，最终得到T2T级别基因组尊龙官方网站官网入口-人生搏中国官网入口。
2.T2T基因組質量評估
T2T基因組組裝完成後J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!，需要進行以下評估內容：
1）基因組評估：包含BUSCO評估（>95%）、序列一致性評估(>98%)、QV評估（>45）等J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌。
2）與該物種發表最佳版本基因組進行共線性評估：MummerHOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台。
3）著絲粒、端粒鑒定：對著絲粒、端粒進行預測EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」尊龙官方网站官网入口-人生搏中国官网入口熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站，若研究較成熟物種（序列已知）kg体育·(中国区)官方网站 - Playlogin_杏宇·(中国官方)代理招商直营平台尊龙官方网站官网入口-人生搏中国官网入口，將其與基因組直接比對查驗尊龙官方网站官网入口-人生搏中国官网入口沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站。例如：人類端粒（TTAGGG）、擬南芥端粒（TTTAGGG）J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌。
4）著絲粒也可使用Chip-seq、FISH等實驗進行驗證kg体育·(中国区)官方网站 - PlayEON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰。
5）填補Gap區域可使用PCR實驗進行驗證熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌kg体育·(中国区)官方网站 - Play。
諾禾致源端粒、着丝粒鉴定及已发表基因组比对
3.適用物種推薦
動物：哺乳動物、淡水魚類（詳細評估）尊龙官方网站官网入口-人生搏中国官网入口EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌。
植物：3G以內常規物種熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站kg体育·(中国区)官方网站 - PlayJ9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌，如玉米、大豆、棉花等PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!。
特殊物種：部分異源多倍體可承諾（僅限棉花、油菜等）沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰。
4.應用方向

案例展示

Two telomere-to-telomere gapless genomes reveal insights into?Capsicum?evolution and capsaicinoid biosynthesis

两个辣椒T2T基因组揭示辣椒进化和辣椒素生物合成的簡介^[1]

研究對象：辣椒
期刊：Nature Communications
影響因子：16.6
合作單位：北京大學現代農學院
發表時間：2024年5月20日

研究思路：

研究結果：

（1）T2T無缺口辣椒基因組組裝
得到了两个辣椒的T2T无缺口基因组PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!login_杏宇·(中国官方)代理招商直营平台。C. annuum（CaT2T）包含12条染色体尊龙官方网站官网入口-人生搏中国官网入口沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，基因组大小为3.1 Gb熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站login_杏宇·(中国官方)代理招商直营平台HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台，contig N50为262.6 Mb； C. rhomboideum（CrT2T）包含13条染色体login_杏宇·(中国官方)代理招商直营平台kg体育·(中国区)官方网站 - Play，基因组大小为1.7 Gb kg体育·(中国区)官方网站 - PlayPA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰尊龙官方网站官网入口-人生搏中国官网入口，contig N50为146.0 Mb熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站。
（2）基因組驗證和注釋
CaT2T和CrT2T的质量值（QV）分别为56.60和77.18J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!，BUSCO分别为98.62%和97.12%EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台，这表明两个基因组具有很高的准确度和完整度熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站kg体育·(中国区)官方网站 - Play。重复注释显示J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」kg体育·(中国区)官方网站 - Play，C. annuum和C. rhomboideum基因组中79.5%（2.45 Gb）和74.6%（1.28 Gb）是重复序列沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!。通过整合abinitio预测、同源蛋白和转录组数据等证据EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台，在CaT2T和CrT2T中分别预测了34,428和33,512个蛋白编码基因J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!。CaT2T填补的Ca59的Gap区域中共编码614个基因PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰尊龙官方网站官网入口-人生搏中国官网入口，其中110个是CaT2T中新注释出来的PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰。
（3）辣椒的著絲粒廣泛受到CRM逆轉錄轉座子的侵入
本文首先通过C. annuum的CENH3 ChIP-seq数据确定CaT2T的着丝粒沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站，该数据清楚地划定了CaT2T中12个着丝粒的位置和边界login_杏宇·(中国官方)代理招商直营平台EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」。该研究还发现HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌kg体育·(中国区)官方网站 - Play，着丝粒中的LTR插入爆发比整个基因组中的爆发要晚熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，这表明最近的着丝粒进化是由LTR入侵造成的HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」。此外HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台kg体育·(中国区)官方网站 - Play熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站，共线性分析显示C. baccatum、C. pubescens和C. rhomboideum基因组中CRM反转座子富集的区域对应C. annuum中确定的着丝粒位置尊龙官方网站官网入口-人生搏中国官网入口EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」login_杏宇·(中国官方)代理招商直营平台，这表明CRM是辣椒着丝粒的一种特征元件EON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」，可用于预测或识别辣椒着丝粒的位置熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站。
（4）著絲粒和端粒具有轉錄和表觀遺傳活性
基因組注釋顯示尊龙官方网站官网入口-人生搏中国官网入口login_杏宇·(中国官方)代理招商直营平台，CaT2T著絲粒中的60個基因在冷凍反應、DNA拓撲變化和減數分裂染色體分離等功能方面具有重要作用HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌。相比之下J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站kg体育·(中国区)官方网站 - Play，CrT2T著絲粒上編碼了94個基因HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站，富含對UV-B的響應、光合作用和晝夜節律調節kg体育·(中国区)官方网站 - PlayEON5-意昂5Kgame「强保障平台,更省心注册」PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰。
（5）辣椒素生物合成途徑的進化史
辣椒素生物合成仅限于辣椒属作物熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站kg体育·(中国区)官方网站 - Play，C. baccatum在约5百万年前与C. annuum和C. chinense分离沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台尊龙官方网站官网入口-人生搏中国官网入口，后者与不能产生辣椒素的C. rhomboideum在约13.4百万年前分化kg体育·(中国区)官方网站 - Play，这表明辣椒素生物合成途径可能是在约5-13.40万年前起源的PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰。转录组分析显示CBG基因在辣椒果实中高度表达熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站login_杏宇·(中国官方)代理招商直营平台，而在不辣的植物如番茄、马铃薯、酸浆和野生辣椒中CS基因几乎不表达PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站。
（6）染色質可及性調控組織特異性的辣椒素生物合成
RNA-seq分析顯示沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!kg体育·(中国区)官方网站 - Play，CS及其轉錄調控因子MYB31和MYB48在胎座中特異性表達HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台。提取了ATAC-seq鑒定到在多個CBG基因周圍的OCR中發現了MYB等轉錄因子結合位點HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台，表明轉錄因子（如MYB31）可能特異識別這些OCR區域內的順式元件熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，實現在果實組織中協同調控CBG表達kg体育·(中国区)官方网站 - Play。

參考文獻

[1]Chen, W., Wang, X., Sun, J. et al. Two telomere-to-telomere gapless genomes reveal insights into Capsicum evolution and capsaicinoid biosynthesis. Nat Commun 15, 4295 (2024).

拓展材料

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