常見問題

• 1.檢測新菌株的變異K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，通過比較基因組或重測序均可以實現kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录，應該如何選擇kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站？

  • 比较基因组和重测序的手段都可以检测获得新菌株的变异信息K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站Zoty中欧·(中国)体育官方网站，不过两种方法在应用场合上还是有一定区别的尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网zoty中欧·(中国有限公司)官方网站fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88。一般重测序手段K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口，由于序列读长限制K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录， 为保证比对准确率Zoty中欧·(中国)体育官方网站zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，一般仅保留相似度95%以上的比对结果杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，对于变异较大的区域DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网，往往检测效果不理想kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88。由于细菌进化速率较快zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，除了个别诱变获得 的菌株外MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站，都存在不同含量变异较大的区域kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站，一般来说比较基因组的變異檢測效果会更加全面一些杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口Zoty中欧·(中国)体育官方网站尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录。考虑到基于細菌框架圖的比较基因组Zoty中欧·(中国)体育官方网站zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，分析费用 与细菌重测序相比增加不多DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口，通常情况下我们都会推荐比较基因组的分析策略kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站Zoty中欧·(中国)体育官方网站。

• 2.为何完成图选择三代測序平台杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口Zoty中欧·(中国)体育官方网站MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长？

  • 受测序片段长度的限制zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，细菌基因组序列通常需要利用软件算法将大量测序片段拼接起来MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长，而细菌基因组中重复序列的存在Zoty中欧·(中国)体育官方网站kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，则会大大增加拼接的复杂度K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口。 细菌重复序列的大小从几百bp到7 Kb不等K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口，細菌框架圖的插入片段fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网，只能解决少量的重复片段问题fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网，因此组装结果更加碎片化杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口，而三代测序采用了10 Kb文 库杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，平均读长也达到10 Kb以上MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长，由于序列够长尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网，避免了细菌基因组中重复序列的影响kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站，因此能够获得0 gap的完整组装结果尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网。

• 3.对于细菌基因組測序Zoty中欧·(中国)体育官方网站kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站，三代和二代测序相比有何优势zoty中欧·(中国有限公司)官方网站fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88？

  • 三代测序相比二代测序而言杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长，其优势在于读长长DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站，GC含量影响小zoty中欧·(中国有限公司)官方网站kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88，而劣势是测序成本偏高尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录zoty中欧·(中国有限公司)官方网站。对于细菌基因組測序来说Zoty中欧·(中国)体育官方网站尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录，三代测序的长读长可以解决细菌中的重复序列 问题杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口zoty中欧·(中国有限公司)官方网站kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站，也避免了异常GC菌株的测序不均匀问题fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录。由于细菌基因组较小fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口，需要的测序量不大Zoty中欧·(中国)体育官方网站fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，对于较为精细的細菌完成圖来说Zoty中欧·(中国)体育官方网站，三代成本甚至低于二代结合一代的策略MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长。 目前为止尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录，在需要组装完整性较低的細菌框架圖层面Zoty中欧·(中国)体育官方网站，二代测序仍能保持一定成本优势杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口。随着三代测序通量提升和成本降低zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，未来三代测序有望在细菌基因组领域获 得更广泛的应用DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网。

• 4.群體進化分析zoty中欧·(中国有限公司)官方网站尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长，对于参考基因组选择有什么要求zoty中欧·(中国有限公司)官方网站杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网？

  • 为研究多个菌株之间的进化顺序和起源关系杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，可以选择这些菌株之间的单拷贝核心基因作为遗传标记Zoty中欧·(中国)体育官方网站，构建进化树fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88，并以此为基础进行地域传播、分歧时间、选择压力等 相关研究MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口。一般来说K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口，选择的基因组间亲缘关系越远zoty中欧·(中国有限公司)官方网站Zoty中欧·(中国)体育官方网站，单拷贝核心基因的数目也就越少DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录。如果单拷贝核心基因的数目低于一定限度尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网zoty中欧·(中国有限公司)官方网站尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录，如数百个基因以下Zoty中欧·(中国)体育官方网站，则进化树的精度 会受到影响MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长zoty中欧·(中国有限公司)官方网站kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站。以典型的应用场合为例杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，可以选择5株左右同一属的菌株杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录Zoty中欧·(中国)体育官方网站，再额外选择2株左右临近属的菌株作为外群杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网，总共5~8株菌株用于构建进化树杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口zoty中欧·(中国有限公司)官方网站Zoty中欧·(中国)体育官方网站。

• 5.細菌基因組中如何預測核糖體rDNA基因Zoty中欧·(中国)体育官方网站MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长？

  • 预测细菌基因组中的核糖体rDNA基因fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网Zoty中欧·(中国)体育官方网站，通常有两种方法：一是通过rDNA序列结构特征进行de novo 预测Zoty中欧·(中国)体育官方网站，二是利用近缘rDNA序列进行同源预测Zoty中欧·(中国)体育官方网站杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口。其中前者预测更准确zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，但 是需要组装结果中具备完整的rDNA结构MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长。在框架图结果中zoty中欧·(中国有限公司)官方网站MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88，可能有rDNA区域组装不完整Zoty中欧·(中国)体育官方网站DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网，分布于多条scaffold中的情况kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，会导致de novo 方法rDNA预测不到的情况MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长zoty中欧·(中国有限公司)官方网站。如果 想要获得更完整的预测结果杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录，可以预先提供近缘rDNA序列杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，使用同源预测方法kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长，以改善预测效果zoty中欧·(中国有限公司)官方网站。

• 6.基于共線性分析檢測得到菌株變異Zoty中欧·(中国)体育官方网站zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，應該如何解讀fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88？

  • 基于共线性分析检测kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录，可以得到目标菌株不同类型的变异fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录，一般按照变异对蛋白序列的影响严重程度DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网，优先关注影响较大的基因尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口。一般可参考如下顺序：基因插入缺失>导致 移码突变的InDel>非移码InDel≈非同义SNP>同义SNPZoty中欧·(中国)体育官方网站。其中基因插入缺失尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，特别是新基因的插入尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网zoty中欧·(中国有限公司)官方网站K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口，通过重测序手段往往难以检测到DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口。这也是为什么我们更推荐基于组装结合比 较基因组手段检测变异的原因之一fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长Zoty中欧·(中国)体育官方网站。