意昂4体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!·(中国区)意昂4体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!-细菌基因组de novo測序（二代/三代）-經典案例-諾禾致源

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细菌基因組測序(二代)

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Large-scale genomic sequencing of extraintestinal
pathogenic Escherichia coli strains

期刊：Genome Research
影響因子：13.852
发表单位：Department of Laboratory Medicine, University of Washington, USA
發表年份：2014年11月

一、研究背景

大肠杆菌（E. coli）为埃希氏菌属（Escherichia）代表菌XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版zoty中欧·(中国有限公司)官方网站。一般多为条件致病菌杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载，某些血清型菌株的致病性强XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，严重腹泻和败血症球友会-qy球友会-（中国）千亿球友会澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站，统称致病性大肠杆菌球友会-qy球友会-（中国）千亿球友会zoty中欧·(中国有限公司)官方网站。其中意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载，致病性大肠杆菌的抗生素耐药性澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站标题，是相关医疗实践中的一个重要问题qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口。

二、方法流程

取材

建庫

測序

分析

1. 5个月时间从277个病人尿液中分离出288株尿源E.coli
2. 3年时间从47名病人血液中分离培养出92株血源E.coli

構建小片段文庫

Illumina HiSeq 2000 PE101

1. 基因组组装
2. Core-pan基因分析
3. 全基因組關聯分析

三、研究結果

1. Core-pan基因分析
通过Core-pan基因分析发现qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口，ExPEC E.coli具有高度遗传异质性K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发，并区分为不同种系标题意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站。不同致病因素及抗生素抗性表型对应人体不同部位的感染性球友会-qy球友会-（中国）千亿球友会杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口。
2. 致病性研究
高分辨率的分子流行病學研究顯示qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口，經由血液傳播的亞種比例較低意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」，僅占全部亞種的28%意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发标题。
3. 抗性基因挖掘
全基因組關聯分析发现部分抗生素抗性相关的基因球友会-qy球友会-（中国）千亿球友会杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载，并成功验证了部分已知抗性的基因澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站。

四、研究結論

本文尝试将大量高通量数据应用到医疗机构意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」qy千亿-千亿(国际)唯一官方网站登录入口，并从中寻找到菌种分类、进化及抗生素抗性等重要基因信息的获得途径zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，为后续疾病相关大规模微生物全基因組測序提供了范例zoty中欧·(中国有限公司)官方网站K8凯发就来凯发集团【官网】天生赢家一触即发意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」。