kg体育·(中国区)官方网站 - Play·(中国区)kg体育·(中国区)官方网站 - Play-原核轉錄組測序-諾禾致源-mRNA基因結構水平分析

基因組測序>
- 建庫測序>
  - 二代建庫測序服务
  - 三代建庫測序服务
- 人类基因組測序>
- 动植物基因組測序>
- 微生物基因組測序>
轉錄調控測序>
表觀組測序>
單細胞測序>
空間轉錄組>
基因分型>
質譜分析>
- 蛋白組學分析>
- 代謝組學分析>
- 血液蛋白質組分析>
  - Olink血液蛋白質組學
多組學聯合分析>
分子育種>
基因合成>
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原核轉錄組測序

原核轉錄組-高質量測序准確分析mRNA信息

原核轉錄組測序是基于Illumina测序平台U8国际·[官方网]有限公司官网，构建链特異性文庫熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站，研究原核生物在某個时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNAU8国际·[官方网]有限公司官网熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站zoty中欧·(中国有限公司)官方网站。

應用方向

環境影響
分析環境變化對微生物的生物學功能
脅迫研究
研究脅迫環境下微生物的機體響應機制
差異性狀研究
尋找不同處理導致差異性狀或表型相關聯的主要功能基因

諾禾優勢

1. 样本起始量低
RNA 1 ug/建库（原核链特建库）
2.周期快熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，質量好U8国际·[官方网]有限公司官网，穩定性高
诺禾原核轉錄組測序基于高通量测序HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站，分析物种在特定条件下转录所得所有mRNA信息U8国际·[股份]有限公司官网zoty中欧·(中国有限公司)官方网站K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，系统全面的分析mRNA在结构和表达水平的变化U8国际·[官方网]有限公司官网熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐，为原核生物的深入研究奠定基础U8国际·[官方网]有限公司官网。
- ≤24
  樣本量
- 30天
  項目周期
- PE150
  測序讀長
- ≥85%
  測序質量Q30
3.方案設計專業kg体育·(中国China)官方网站，質控嚴格
诺禾原核轉錄組測序采用去rRNA原核链特异性的建库方式；严格要求测序数据质量：Q20＞90％zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，Q30＞85％kg体育·(中国China)官方网站U8国际·[股份]有限公司官网HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来。从材料選取kg体育·(中国China)官方网站，建庫測序熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐U8国际·[官方网]有限公司官网，到数据分析意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐星空·体育(中国集团)官方网站，每一步都经过科学、缜密的设计U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发kg体育·(中国China)官方网站，以保障高质量研究成果K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐。

材料選取

RNA樣品
≥1μg

文庫構建
去除rRNA鏈
特異性文庫

PE150測序
1-2Gb

信息分析

同时諾禾致源高性能计算平台（High Performance ComputingU8国际·科技赋能场景,更省心娱乐，HPC）采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站，实现快速稳定的测序数据分析及交付星空·体育(中国集团)官方网站。随着公司业务的发展U8国际·[股份]有限公司官网，高性能计算平台将会持续更新并扩容zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，以保证高效的数据处理和安全的数据存储U8国际·[股份]有限公司官网HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来kg体育·(中国China)官方网站。
4.項目文章以及物種經驗豐富
諾禾致源已经成功对大肠杆菌、鲍曼不动杆菌、副溶血弧菌、荧光假单胞菌、牙龈卟啉单胞菌、水稻黄单胞杆菌、水稻条斑病菌、乳酸菌、链霉菌、发状念珠藻、小球藻、拟柱胞藻、嗜盐古菌等几百個物种进行原核轉錄組測序分析熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐星空·体育(中国集团)官方网站，并在该领域研究的权威期刊Advanced science等杂志发表高水平文章多篇U8国际·[股份]有限公司官网U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐。
- 80人
  分析團隊
- 10年
  項目經驗
- 5000+
  結題項目
- 1對1
  項目服務

信息分析

諾禾致源原核轉錄組測序项目U8国际·[官方网]有限公司官网，除了基因表达以及差异基因之外熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，还包括多项基因结构水平的分析U8国际·[股份]有限公司官网。表达水平分析包括基因表达量分析、相关性分析、差异基因及其富集分析、WGCNA分析等星空·体育(中国集团)官方网站U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐，结构水平包括UTR分析、变异位点分析、新轉錄本預測等等熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐。

原核轉錄組	分析內容	解決問題
標准分析	測序數據質量評估	過濾掉低質量數據U8国际·[官方网]有限公司官网HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来，保證數據質量
	與參考基因組比對	比對率分析
	基因表達水平分析	分析基本的表達量
	樣本相關性分析	分析樣本間的相關性大小
	差異基因分析	尋找不同比較組合間的差異基因
	GO/KEGG富集分析	差異基因的GOU8国际·科技赋能场景,更省心娱乐U8国际·[官方网]有限公司官网，KEGG富集分析
	GSEA分析	基因集富集分析
	蛋白互作網絡分析	差異基因蛋白互作網絡的分析
	WGCNA基因共表達網絡分析	分析模塊與樣本間的相關性熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站U8国际·[股份]有限公司官网zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，尋找關鍵模塊和hub基因
高級分析	SNP/Indel分析	分析變異位點
	新轉錄本預測	挖掘該物種新的基因或轉錄本
	基因結構分析	對操縱子、轉錄起始位點和轉錄終止位點進行預測意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站，然後進行啓動子預測U8国际·[股份]有限公司官网U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐。
	UTR注釋和相關分析	5’UTR SD序列预测和3’UTR 终止子预测
	反義轉錄本預測	鑒定其反義轉錄本在基因組上的位置、種類以及數量等kg体育·(中国China)官方网站。
	sRNA分析	對候選的sRNA分別進行二級結構預測和靶基因預測

動植物多組學

疾病多組學

癌症多組學

微生物多組學

轉錄調控和蛋白多組學

表觀遺傳

送樣建議

組織類型	送樣建議
total RN	浓度：≥ 50ng/μL 体积：20μL ≤ V ≤ 120μL 总量：≥ 1μg
菌體/菌絲	≥ 1*10⁷個 ≥ 0.5g

常見問題

1.物种没有参考基因组意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐zoty中欧·(中国有限公司)官方网站星空·体育(中国集团)官方网站，可以做原核轉錄組測序吗?
- 不可以U8国际·[官方网]有限公司官网U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐。原核轉錄組測序要求有参考基因组星空·体育(中国集团)官方网站K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发U8国际·[股份]有限公司官网，因为原核生物的mRNA一般为多顺反子U8国际·[股份]有限公司官网，直接拼接效果较差熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站。

2.原核轉錄組測序的深度和覆盖度是多少熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来？
- 一般组装基因組測序的项目才会涉及到测序深度和覆盖度zoty中欧·(中国有限公司)官方网站K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发kg体育·(中国China)官方网站，基因組測序项目中测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发zoty中欧·(中国有限公司)官方网站。假设一個基因大小为2MHOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来星空·体育(中国集团)官方网站kg体育·(中国China)官方网站，测序深度为10XU8国际·[官方网]有限公司官网kg体育·(中国China)官方网站，那么获得的总数据量为20MU8国际·[股份]有限公司官网。覆盖度是指测序获得的序列占整個基因组的比例U8国际·[股份]有限公司官网zoty中欧·(中国有限公司)官方网站意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在zoty中欧·(中国有限公司)官方网站K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发kg体育·(中国China)官方网站，测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，这部分没有获得的区域就称为GapU8国际·[官方网]有限公司官网U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐。
  轉錄組測序（RNA-seq）一般不涉及深度和覆盖度两個概念星空·体育(中国集团)官方网站kg体育·(中国China)官方网站，大多考虑的是样本测序数据量熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站kg体育·(中国China)官方网站，和mapping率指标熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站zoty中欧·(中国有限公司)官方网站kg体育·(中国China)官方网站。一般使用以下的计算方式计算：深度= 数据量大小 / 参考基因组大蠻8国际·[股份]有限公司官网K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发zoty中欧·(中国有限公司)官方网站。� 覆盖度的计算可参考该链接：https：//github.com/shiquan/bamdst zoty中欧·(中国有限公司)官方网站U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站。原核轉錄組測序通常建议测序数据量1-2G即可K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发星空·体育(中国集团)官方网站。

3.能否提取部分基因來做差異分析?
- 不能HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来。差异分析是基于整体来做的HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来。差异分析软件的作者推荐用全部readcount进行差异分析星空·体育(中国集团)官方网站，若使用部分基因做分析U8国际·[官方网]有限公司官网，会毁坏掉数据整体的特点U8国际·[官方网]有限公司官网，如测序深度、reads分布特征U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。所以不推荐老师抽取部分来做差异分析K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发zoty中欧·(中国有限公司)官方网站意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐。其实这個问题不只是针对原核轉錄組測序zoty中欧·(中国有限公司)官方网站U8国际·[官方网]有限公司官网，其他产品中的差异分析也是同样的回答U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站。

4.如果想從轉錄水平研究牛的瘤胃微生物K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，該怎麽做?
- 可以做宏转录组分析星空·体育(中国集团)官方网站。像瘤胃微生物（或肠道微生物）种类比较多U8国际·[官方网]有限公司官网zoty中欧·(中国有限公司)官方网站熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站，且难以分离培养U8国际·[官方网]有限公司官网，甚至有的微生物很难在体外培养意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐，不建议做单個物种的原核轉錄組測序U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐，可以直接对整個“环境” 中的微生物进行RNA-seq熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站。宏转录组项目可以从整体水平研究某一特定环境熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐，特定时期群体生命全部基因组转录情况以及转录调控规律zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，可以很好地避开微生物分离培养困难的问题kg体育·(中国China)官方网站。

拓展材料

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