諾禾致源

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轉錄調控測序

比較轉錄組-借轉錄組研究之力解秘物種進化

比较轉錄組測序(RNA-seq)是基于Illumina測序平台B体育(China)中国官方网站-B SPORTS熊猫体育「ChinaPanda」App下载官方网站,通过RNA-seq技术手段研究物種進化尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网B体育(China)中国官方网站-B SPORTSkg体育官网视讯(中文站) - 官方网站,通过不同物种或亚种间mRNA序列差异进而分析近源物种间的亲缘关系沐鸣娱乐II(中国)官方平台资讯站_沐鸣娱乐2尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版,挖掘明显受到正向选择或负向选择的基因B体育(China)中国官方网站-B SPORTS熊猫体育「ChinaPanda」App下载官方网站。

應用方向

  • 物種進化

    通过轉錄組測序技术研究物種進化
  • 親緣關系研究

    分析不同物種或亞種間mRNA序列差異進而探索近源物種間的親緣關系
  • 基因挖掘

    通過比較轉錄組挖掘明顯受到正向選擇或負向選擇的基因

諾禾優勢

  • 1. 样本起始量低

    RNA 0.4 μg/建库
  • 2. 周期快、质量好意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版,稳定性高

    诺禾比较轉錄組測序是一种快速、全面解析不同品系、不同亚种进化关系及特定组织表达情况的生物学方法kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站,以期从序列水平和基因表达水平发掘物種進化历程B体育(China)中国官方网站-B SPORTSkg体育官网视讯(中文站) - 官方网站。 具有“高效、基因定位准”的优势尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版,并实现快速、稳定的测序数据分析及交付B体育(China)中国官方网站-B SPORTS熊猫体育「ChinaPanda」App下载官方网站沐鸣娱乐II(中国)官方平台资讯站_沐鸣娱乐2。
    • ≤24

      樣本量
    • 40天

      項目周期
    • NovaSeq 6000

      測序平台
    • PE150

      測序讀長
    • ≥85%

      測序質量Q30
  • 3. 方案设计专业B体育(China)中国官方网站-B SPORTS杏宇娱乐-杏宇注册登录平台娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口,质控严格

    诺禾比较轉錄組測序针对不同的物种和组织部位尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网,采用合适的提取方法;根据不同的需求可提供不同的建库方式;严格要求测序数据质量:Q20>90%熊猫体育「ChinaPanda」App下载官方网站,Q30>85%沐鸣娱乐II(中国)官方平台资讯站_沐鸣娱乐2。从材料選取尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版U8国际·[中国区]有限公司官网, 建庫測序娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口,到数据分析kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站,每一步都经过科学、缜密的设计U8国际·[中国区]有限公司官网杏宇娱乐-杏宇注册登录平台尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版,以保障高质量研究成果尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版。

    材料選取

    RNA樣品
    ≥0.4μg

    文庫構建

    PE150測序
    12Gb

    信息分析

    同时諾禾致源高性能计算平台(High Performance Computing熊猫体育「ChinaPanda」App下载官方网站,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口,实现快速稳定的测序数据分析及交付杏宇娱乐-杏宇注册登录平台娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口。随着公司业务的发展意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口, 高性能计算平台将会持续更新并扩容U8国际·[中国区]有限公司官网杏宇娱乐-杏宇注册登录平台沐鸣娱乐II(中国)官方平台资讯站_沐鸣娱乐2,以保证高效的数据处理和安全的数据存储B体育(China)中国官方网站-B SPORTS娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口。
  • 4. 项目文章以及物种经验丰富

    諾禾致源已经成功对番茄、苎麻、裂腹鱼、蛙、沙拐枣、枸杞、核桃、黄岑等近百个物种进行比較轉錄組分析B体育(China)中国官方网站-B SPORTS,已在Plant Molecular Biology等权威期刊发表多篇研究成果尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网沐鸣娱乐II(中国)官方平台资讯站_沐鸣娱乐2杏宇娱乐-杏宇注册登录平台。
    • 80人

      分析團隊
    • 10年

      項目經驗
    • 1000+

      結題項目
    • 1對1

      項目服務

信息分析

諾禾致源比较轉錄組測序意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!U8国际·[中国区]有限公司官网,通过对样本的转录本进行单独拼接B体育(China)中国官方网站-B SPORTS,筛选直系同源基因沐鸣娱乐II(中国)官方平台资讯站_沐鸣娱乐2娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!,研究进化关系熊猫体育「ChinaPanda」App下载官方网站,挖掘主效基因集尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版。表达水平分析包括CDS預測分析、基因表达量分析等娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口,结构水平包括直系 同源基因分析、直系同源基因ka/ks分析、divergent和conserved直系同源基因富集分析、SSR分析等尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版杏宇娱乐-杏宇注册登录平台尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网。
比較轉錄組 分析內容 解決問題
標准分析 測序數據質量評估 過濾掉低質量數據意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站,保證數據質量
轉錄本拼接 拼接獲取後續分析的參考序列
基因功能注釋 對拼接序列進行功能注釋
CDS預測 預測編碼蛋白産物的序列
基因表達水平分析 分析基本的表達量
直系同源基因分析 分析篩選直系同源基因
非同義突變/同義突變(ka/ks)分析 篩選divergent和conserved直系同源基因
GO/KEGG富集分析 篩選得到直系同源基因的GO娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站,KEGG富集分析
SSR分析 簡單重複序列預測

送樣建議

組織類型 送樣建議
新鮮動物組織 ≥200 mg
新鮮植物組織 ≥300 mg

常見問題

  • 1.比较轉錄組測序和无参轉錄組測序有什么区别?

    • 无参转录组更关注的是样本之间基因表达量的差异沐鸣娱乐II(中国)官方平台资讯站_沐鸣娱乐2,所以可以采用混合拼接得到参考序列尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版杏宇娱乐-杏宇注册登录平台沐鸣娱乐II(中国)官方平台资讯站_沐鸣娱乐2,再将各个样本的reads分别与ref进行mapping获得各个样本的基因表达量熊猫体育「ChinaPanda」App下载官方网站尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网。 比较轉錄組測序关注的一个重点是物种间直系同源基因分析,直系同源基因是通过CDS預測得到的熊猫体育「ChinaPanda」App下载官方网站U8国际·[中国区]有限公司官网意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!,需要对不同样本进行单独拼接预测CDS尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版熊猫体育「ChinaPanda」App下载官方网站,然后比较各样本直系同源基因杏宇娱乐-杏宇注册登录平台kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版。
  • 2.比较轉錄組測序中内参和外参作用是什么熊猫体育「ChinaPanda」App下载官方网站?

    • 内参和外参是比较轉錄組測序在直系同源基因分析过程用到的参考序列娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口,内参相比于项目物种亲缘关系较近意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!,可以选择同属不同种的;外参则要求亲缘关系较远熊猫体育「ChinaPanda」App下载官方网站U8国际·[中国区]有限公司官网,可以是同科不同属的B体育(China)中国官方网站-B SPORTS。 内参和外参可以用于校对样本间的进化关系U8国际·[中国区]有限公司官网娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网。具体选择内、外参时也要依据项目物种之间的亲缘关系远近B体育(China)中国官方网站-B SPORTS。

拓展材料

更多內容kg体育官网视讯(中文站) - 官方网站尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网,可掃描側邊欄"一對一業務咨詢"二維碼添加科研服務經理咨詢尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版。

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