全基因組關聯分析—实现多个目标性状基因高效定位

關聯分析方法

• 1.SNP based GWAS

  基于单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）与表型数据关联分析beat·365(中国)-官方认证网站EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」。 图2 SNP-GWAS分析示意图

• 2.Haplotype based GWAS

  单倍型块( haplotype block )指染色体上存在着的连续的、稳定的、几乎不被重组所打断的单倍型区域MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长。一个单倍型块有几个常见 的单倍型意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站beat·365(中国)-官方认证网站。以单倍型块为基础熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站，进行性状与基因的关联分析B体育(China)中国官方网站-B SPORTS。
  
  图3 Hap-GWAS分析示意图

• 3.SV based GWAS

  结构变异(Structural Variation ,sv)包括缺失、插入、重复和反转EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」，是基因组变异的主要来源PA视讯(中国区)官网 - PlayAce熊猫体育「中国Panda」直播官方网站XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，大量研究已证实SV广泛存在于物 种基因组内EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」，且对表型影响广泛意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。 图4 SV-GWAS分析示意图

• 4.K-mer based GWAS

  常规GWAS分析方法是利用测序数据比对参考基因组来完成遗传变异的检测,在基因组组装效果不理想的情况下XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，可以通过相互比较 来自不同样本的恒定长度k的序列（称为k-mers）集EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」beat·365(中国)-官方认证网站，来识别更广泛的遗传变异类型XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!B体育(China)中国官方网站-B SPORTS，如SVs等B体育(China)中国官方网站-B SPORTS熊猫体育「中国Panda」直播官方网站beat·365(中国)-官方认证网站。 图5 K-mer-GWAS分析示意图

諾禾優勢

• 1.一次實驗實現多性狀定位

  • 40天

    項目周期

  • GENE

    性狀定位

  • 2000

    樣品並行分析

• 2.三代測序提升SV-關聯分析

  三代關聯分析是利用三代重測序技術獲得群體的結構變異信息PA视讯(中国区)官网 - PlayAce，篩選與目標性狀相關的結構變異MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」。並與二代GWAS分析結果相結合beat·365(中国)-官方认证网站B体育(China)中国官方网站-B SPORTS熊猫体育「中国Panda」直播官方网站，從而達到更精確的性狀關聯基因定位效果熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」beat·365(中国)-官方认证网站。

  • 120天＋

    項目周期

  • 10 kb起

    測序讀長

  • SV-GWAS

    分析內容

• 3.快速、穩定、高質量測序數據

  全基因組關聯分析采用先进的Illumina测序平台MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长，快速、高效地读取高质量的测序数据XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。 諾禾致源高性能计算平台（High Performance ComputingB体育(China)中国官方网站-B SPORTS，HPC）采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站，实现快速稳定的测序数 据分析及交付EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长。随着公司业务的发展PA视讯(中国区)官网 - PlayAceB体育(China)中国官方网站-B SPORTSXC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，高性能计算平台将会持续更新并扩容MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长B体育(China)中国官方网站-B SPORTS，以保证高效的数据处理和安全的数据存储XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。

  • PE150

    測序讀長

  • ≥80%

    測序質量Q30

  • 20,280個

    物理核數

  • 1,727T flops

    計算峰值速度

  • 400TB

    總內存

  • 58.6PB

    總存儲

• 4.科學方案設計

  从材料選取PA视讯(中国区)官网 - PlayAceMG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长，建庫測序beat·365(中国)-官方认证网站意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，到数据分析熊猫体育「中国Panda」直播官方网站PA视讯(中国区)官网 - PlayAceEON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」，每一步都需要科学、缜密的设计意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!beat·365(中国)-官方认证网站，以保障高质量研究成果PA视讯(中国区)官网 - PlayAce。

  材料選取

  

  DNA樣品
  二代≥1.0μg
  三代≥10μg

  

  群體大小
  ≥200個

  

  二代PE150
  三代Pacbio或Nanopore
  

  

  信息分析

• 5.出色完成每一個項目環節

  至2021年12月熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站，諾禾致源已对畜牧、作物、果蔬、花卉、普通植物、水产等上百个物种进行了关联分析EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」PA视讯(中国区)官网 - PlayAce意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。“科学的方案设计XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」，严格的质控管理熊猫体育「中国Panda」直播官方网站熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」，专业的分析團隊PA视讯(中国区)官网 - PlayAceMG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长，丰富的項目經驗MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长，优质的項目服務”确保每一个环节都能出色完成B体育(China)中国官方网站-B SPORTS熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站，助力科学研究熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方直播平台网站。

  • 50人

    分析團隊

  • 10年

    項目經驗

  • 800+

    結題項目

  • 1對1

    項目服務