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全基因組關聯分析

SNP檢測、注釋及過濾

SNP（单核苷酸多态性) 主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性XC·sports-官网下载官方版(中国)官方网站澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站，包括单个碱基的转换、颠换等XC·sports-官网下载官方版(中国)官方网站。我们采用SAMTOOLS软件进行样本SNP的检测及过滤kg体育(中国区)-体育官方网站入口澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站，获得高质量的SNP澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站XC·sports-官网下载官方版(中国)官方网站。有效的高质量SNP通过以下过滤标准进行过滤：
1. 测序深度过滤；
2. MAF(Minor allele frequency)>0.01（0.05）；
3. Call rate>90%（80%）熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站。 SNP檢測及注釋結果統計

Category		Number of SNPs
Upstream		203,062
Exonic	Stop gain	2,142
	Stop loss	564
	Synonymous	247,194
	Non-synonymous	167,809
Intronic		321,306
Splicing		1,471
Downstream		189,867
upstream/downstream		51,199
Intergenic		986,703
ts		1,256,052
tv		915,265
ts/tv		1.372
Total		2,171,317

群體分層分析

獲取群體分群信息澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站，降低結果假陽性

1. 系统进化树
系统进化树（phylogenetic tree熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台，又称evolutionary treekg体育(中国区)-体育官方网站入口，进化树）是描述群体间进化顺序的分支图或树kg体育(中国区)-体育官方网站入口澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站，用来表示群体间的进化关系熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站。根据群体的物理或遗传学特征等方面的共同点或差异可以推断出它们的亲缘关系远近熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，即群体个体间由于共同祖先而产生的相互关系熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台kg体育(中国区)-体育官方网站入口。
2. 群体主成分分析
主成分分析（PCA）是一種純數學的運算方法熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站XC·sports-官网下载官方版(中国)官方网站，可將多個相關變量經過線形轉換選出較少個數的重要變量澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站。PCA方法被廣泛運用于多學科澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，在遺傳學中熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，主要用于聚類分析熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站，它是基于個體基因組SNP差異程度熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站kg体育(中国区)-体育官方网站入口澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站，按照不同性狀特征將個體按主成分聚類成不同亞群XC·sports-官网下载官方版(中国)官方网站熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台，同時用于和其它方法做相互驗證澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站。

連鎖不平衡分析

決定關聯分析的精度和所標記的數目

连锁不平衡（linkage disequilibrium熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站，LD）澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站，指群体内不同基因座位上等位基因间的非随机组合XC·sports-官网下载官方版(中国)官方网站澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站。通常所说的LD多是指染色体内的LD熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，它是关联分析的基础熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站。LD的水平可以决定关联分析的精度、所选标记的数目熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站XC·sports-官网下载官方版(中国)官方网站澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站。

全基因組關聯分析

找到與目標性狀關聯的區域

全基因組關聯分析（Genome-wide association study澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站XC·sports-官网下载官方版(中国)官方网站熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站，GWAS）是一种对全基因组范围内的
常見遺傳變異（單核苷酸多態性和拷貝數）基因總體關聯分析的方法PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站。
采用GWAS技術在全基因組範圍內進行研究熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站，能夠一次性對多個性狀進行定位熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站，
適用于定位性狀關聯區間、功能基因研究、開發性狀選育標記等方面的研究熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站。

1. 性状关联分析
GWAS分析過程中XC·sports-官网下载官方版(中国)官方网站熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台，個體親緣關系和群體分層是造成假陽性關聯的主要因素kg体育(中国区)-体育官方网站入口熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站。因此熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站XC·sports-官网下载官方版(中国)官方网站熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台，采用混合線性模型進行性狀關聯分析澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站，群體遺傳結構作爲固定效應熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站kg体育(中国区)-体育官方网站入口，個體親緣關系作爲隨機效應澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站，以校正群體結構和個體親緣關系的影響熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站。
2. 多重假设检验矫正
多重假設檢驗會導致I型錯誤擴大和假陽性關聯PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰，這是影響GWAS分析可靠性的重要因素熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)官方网站kg体育(中国区)-体育官方网站入口。多重假設檢驗的次數取決于基因組包含SNPs的數量XC·sports-官网下载官方版(中国)官方网站熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站，我們采用Bonferroni校正法來校正GWAS分析中多重假設檢驗後的P值以降低假陽性的概率XC·sports-官网下载官方版(中国)官方网站熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台kg体育(中国区)-体育官方网站入口。
3. 目标性状相关区域基因功能注释
根据连锁不平衡衰减距离分析结果熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台kg体育(中国区)-体育官方网站入口，对显著SNP位点所在物理位置上下游一定区域内（如50 Kb）的相关基因进行功能注释（连锁不平衡衰减距离具有物种特异性熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台，一般自花授粉植物会较大XC·sports-官网下载官方版(中国)官方网站熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台熊猫体育【体育中国】官方直播平台认证网站，也与样品群体有关kg体育(中国区)-体育官方网站入口澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站，一般野生群体会较小kg体育(中国区)-体育官方网站入口熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台，栽培品系或选育品系会较大）熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台。

構建單體型圖譜

利用全基因組範圍內高密度的SNPs構建單倍型圖譜PA视讯(亚洲区)官方网站-PlayAce AG旗舰熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，可以將關聯位點定位到相對應的單倍型上熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台，有利于在關聯分析中尋找和定位功能位點XC·sports-官网下载官方版(中国)官方网站。通過圖譜可以直接觀測顯著關聯SNP位點之間的LD關系以及候選基因內各SNP位點之間的LD關系熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站，從而更准確地鑒定性狀功能位點熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台。