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基因組測序>
- 建庫測序>
  - 二代建庫測序服务
  - 三代建庫測序服务
- 人类基因組測序>
- 动植物基因組測序>
- 微生物基因組測序>
轉錄調控測序>
表觀組測序>
單細胞測序>
空間轉錄組>
基因分型>
質譜分析>
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  - Olink血液蛋白質組學
多組學聯合分析>
分子育種>
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基因组De novo測序

基因组De novo測序—开启物种真正探索之路

基因組從頭測序（De novo sequencing）在不依赖参考基因组的情况下对某物种进行基因組測序及拼接組裝MK(体育科技有限公司)体育·官方网站beat·365(中文)-唯一官方认证网站PA视讯(中国区)官网 - PlayAce，从而绘制该物种的全基因组 序列圖譜PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台HOME_U8国际_U8共创美好未来。基因組測序不仅可以获得该物种的全基因组序列圖譜beat·365(中文)-唯一官方认证网站kg体育·(中国区)官方网站 - Play，同时也为后续物种起源进化及特定环境适应性的研究奠定了基础K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口beat·365(中文)-唯一官方认证网站。根据基因组的复杂程度K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，基因组可分为 簡單基因組和 複雜基因組beat·365(中文)-唯一官方认证网站kg体育·(中国区)官方网站 - Play。

	簡單基因組	複雜基因組	超複雜基因組
重複序列比例	＜50%	50%~65%	>65%
雜合率	＜0.5%	0.5%~1%	>1%

諾禾優勢

1.高質量測序數據
基因组De novo 測序采用先进的PacBio Revio、Nanopore PromethION測序平台乐天堂fun中心(fun88) 官方网站，快速、高效地获取长读长（10Kb～Mb）、高质量（>Q20）的測序数据kg体育·(中国区)官方网站 - Play乐天堂fun中心(fun88) 官方网站。諾禾致源高性能计算平台（High Performance ComputingPG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，HPC）采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合HOME_U8国际_U8共创美好未来kg体育·(中国区)官方网站 - PlayK8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，实现快速稳定的測序数据分析及交付kg体育·(中国区)官方网站 - Play。随着公司业务的发展乐天堂fun中心(fun88) 官方网站，高性能计算平台将会持续更新并扩容K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口HOME_U8国际_U8共创美好未来，以保证高效的数据处理和安全的数据存储MK(体育科技有限公司)体育·官方网站。
- 10K起
  測序讀長
- ≥90%
  測序質量Q30
- 20,280個
  物理核數
- 1,727 ^{T flops}
  計算峰值速度
- 400 ^TB
  總內存
- 58.6PB
  總儲存

2.科學方案設計

从材料选取PA视讯(中国区)官网 - PlayAce，建庫測序HOME_U8国际_U8共创美好未来K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口PA视讯(中国区)官网 - PlayAce，到数据分析PA视讯(中国区)官网 - PlayAceK8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，每一步都需要科学、缜密的设计PA视讯(中国区)官网 - PlayAceHOME_U8国际_U8共创美好未来，以保障高质量研究成果

	常規測序	近完成圖策略	T2T	<500M昆蟲
構建Contig	>30× PacBio CCS （HiFi）	>30× PacBio CCS （HiFi） + >30× Ultra-long ONT	>60× PacBio CCS （HiFi） + >100× Ultra-long ONT	1個cell超微量CCS建庫（HiFi）
構建染色體	>100× Hi-C
基因組survey （評估）	>50× Illumina/T7-350bp
樣本要求	DNA总量>10 ug 送樣指南鏈接>>

3.高質量組裝結果
采用Hifiasm、Falcon、Canu、Wtdbg2、Nextdenovo等基因组組裝软件及Racon、Quiver（Arrow）、Pilon、Nextpolish等纠错软件星空·体育(中国集团)官方网站HOME_U8国际_U8共创美好未来PA视讯(中国区)官网 - PlayAce，从纯三代到与新技术混合拼接kg体育·(中国区)官方网站 - PlayPA视讯(中国区)官网 - PlayAceMK(体育科技有限公司)体育·官方网站。针对不同的基因组特征乐天堂fun中心(fun88) 官方网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，采取不同的策略星空·体育(中国集团)官方网站MK(体育科技有限公司)体育·官方网站，致力于得到高质量的組裝结果K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口kg体育·(中国区)官方网站 - Play。
- 4⁺月
  項目周期
- 1593.57
  影響因子
- ALL
  分析內容
4.項目經驗豐富
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- 50人
  分析團隊
- 8年
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  結題項目
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信息分析

基因组序列是研究物种分子生物学的基础星空·体育(中国集团)官方网站MK(体育科技有限公司)体育·官方网站，通过全基因组De novo測序beat·365(中文)-唯一官方认证网站，可得到物种全基因组序列圖譜PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台HOME_U8国际_U8共创美好未来乐天堂fun中心(fun88) 官方网站，通过比較基因組學分析可对物种进行基因家族分析HOME_U8国际_U8共创美好未来，系統進化分析杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载MK(体育科技有限公司)体育·官方网站PA视讯(中国区)官网 - PlayAce，正選擇分析和共線性分析HOME_U8国际_U8共创美好未来beat·365(中文)-唯一官方认证网站。

De novo 測序	分析內容
組裝	組裝策略組裝结果评估
注釋	重复序列注釋基因结构注釋基因功能注釋非编码RNA注釋
生物學分析	比較基因組學	基因家族分析
		系統進化分析
		正選擇分析
		共線性分析
	個性化分析	針對物種自身特點制定分析方案

常見問題

1. 如何保证組裝结果的可靠性乐天堂fun中心(fun88) 官方网站PA视讯(中国区)官网 - PlayAceMK(体育科技有限公司)体育·官方网站？組裝完整性和准确性的评估方法主要有哪些kg体育·(中国区)官方网站 - Play？

对于組裝的结果乐天堂fun中心(fun88) 官方网站PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台，除了保证 Contig N50 和 Scaffold N50 两项指标外杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载，还需要对組裝质量进行评估PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载HOME_U8国际_U8共创美好未来。如BUSCO评估、LAI評估、Merqury評估、CEGMA评估、EST序列评估、RNA序列评估、一致性評估、BAC克隆序列評估；其中BUSCO评估使用单拷贝直系同源基因库对基因组进行评估PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台kg体育·(中国区)官方网站 - Play，LAI評估使用长末端重复序列来评估基因组完整度PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台beat·365(中文)-唯一官方认证网站杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载，Merqury对基因组的QV进行评估MK(体育科技有限公司)体育·官方网站，目前这三种评估方式较为常用PA视讯(中国区)官网 - PlayAce乐天堂fun中心(fun88) 官方网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。組裝完整性和准确性的评估方法主要有以下几种：

組裝完整性及准确性评估方法	數據需求
組裝结果统计	基因組文件
一致性評估	基因組文件 / 二代短读长数据
BUSCO 评估	基因組文件
LAI評估	基因組文件
Merqury評估	基因組文件
CEGMA 评估	基因組文件
BAC克隆序列評估	基因組文件/BAC数据
EST 序列評估	基因組文件 / EST 数据
RNA 序列评估	基因組文件 / RNA-Seq 数据

2.De novo 組裝的推荐策略是什么MK(体育科技有限公司)体育·官方网站乐天堂fun中心(fun88) 官方网站PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台？
- 一般情况下 De novo 项目必须具备 50-100X 的三代測序数据和 100X 的 illumina 二代短读长数据用来做組裝和纠错星空·体育(中国集团)官方网站。同时可以增加100X Bionano乐天堂fun中心(fun88) 官方网站杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载PA视讯(中国区)官网 - PlayAce，100X Hi-C 数据来辅助組裝增加組裝连续性kg体育·(中国区)官方网站 - PlayK8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，提高組裝准确性PA视讯(中国区)官网 - PlayAceK8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。目前较为推荐的組裝策略是：（1）高质量基因组：30× PacBio HiFi + 100× Hi-C + 50X illumina （2）近完成图基因组：30× PacBio HiFi + 30× Ultra long ONT + 100× Hi-C + 50X illumina （3）T2T基因组：60× PacBio HiFi + 100× Ultra long ONT（N50≥100K）+ 100× Hi-C + 50X illumina

3.Hi-C 辅助組裝如何送样乐天堂fun中心(fun88) 官方网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口？
- Hi-C 项目建议送新鲜的活体样本星空·体育(中国集团)官方网站，如果非活体要冻存寄送乐天堂fun中心(fun88) 官方网站，非经验物种类别生产都会判风险建库MK(体育科技有限公司)体育·官方网站乐天堂fun中心(fun88) 官方网站。一般会先试测1 Gbbeat·365(中文)-唯一官方认证网站PA视讯(中国区)官网 - PlayAce星空·体育(中国集团)官方网站，评估数据有效率合格才安排加测杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载。 Hi-C项目建议送新鲜的活体样本K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台星空·体育(中国集团)官方网站，如果是酒精浸泡或胶块包埋会影响建库的质量PA视讯(中国区)官网 - PlayAcebeat·365(中文)-唯一官方认证网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，还有如果是一些特殊物种HOME_U8国际_U8共创美好未来乐天堂fun中心(fun88) 官方网站MK(体育科技有限公司)体育·官方网站，类似虾蟹、昆虫、次生代谢物、寄生物等样本可能会被判定为风险建库杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载星空·体育(中国集团)官方网站beat·365(中文)-唯一官方认证网站，会对结果造成一定影响PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台HOME_U8国际_U8共创美好未来，所以MK(体育科技有限公司)体育·官方网站星空·体育(中国集团)官方网站，一般情况下会先试测1 Gb的数据HOME_U8国际_U8共创美好未来，评估数据有效率合格后再安排加测星空·体育(中国集团)官方网站HOME_U8国际_U8共创美好未来MK(体育科技有限公司)体育·官方网站。

4. Survey 和基因组 De novo 所用 DNA 是否需要一样的MK(体育科技有限公司)体育·官方网站beat·365(中文)-唯一官方认证网站？
- 原则上进行 Survey 和De novo 的DNA是需要使用来自同一个个体的HOME_U8国际_U8共创美好未来。如果DNA量不足以满足整个De novo项目PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台，则建议小片段文库的DNA必须来自同一个体HOME_U8国际_U8共创美好未来MK(体育科技有限公司)体育·官方网站，三代大片段甚至超长片段的DNA文库使用同一群体的另一个个体HOME_U8国际_U8共创美好未来MK(体育科技有限公司)体育·官方网站beat·365(中文)-唯一官方认证网站。

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育种专题 | 单体型基因组組裝完整方案
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基于三代測序的基因组組裝优势/流程/常用软件

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