在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅·(中国区)在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅-全基因组的e novo測序（二代／三代）-經典案例-諾禾致源

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sequencing of allotetraploid cotton (Gossypium hirsutum L. acc. TM-1)
provides a resource for fiber improvement)

期刊：Nature Biotechnology
影響因子：41.514
发表单位：南京农业大学、諾禾致源
發表年份：2015年5月

一、研究背景

陸地棉（Gossypium hirsutum L.）隸屬錦葵目（Malvales）J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌球友直播-足球篮球体育直播平台，錦葵科（Malvaceae）XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，棉屬（Gossypium）MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，因最早在美洲大陆种植而得名K8凯发就来凯发集团【中国】天生赢家一触即发，是世界上最重要的棉花栽培品种杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，占全球棉花种植面积的90%以上J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来K8凯发就来凯发集团【中国】天生赢家一触即发。尽管陆地棉在棉花产业中占据核心地位bsports(中国区)B—sports体育登录入口U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」，但由于其为异源四倍体U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来，相关的全基因組測序工作一直难以开展杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方bsports(中国区)B—sports体育登录入口MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长。来自南京农业大学、北京諾禾致源、美国德克斯大学的国际團隊球友直播-足球篮球体育直播平台杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，利用最新測序技术J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌，成功构建了高质量的陆地棉全基因组图谱zoty中欧·(中国有限公司)官方网站K8凯发就来凯发集团【中国】天生赢家一触即发XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，为进一步改良棉花的农艺性状提供了基础球友直播-足球篮球体育直播平台U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」，同时也为多倍体植物的形成和演化机制提供了新的启示HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来。

二、研究方法及思路

取材

建庫

測序

分析

1. 基因組測序：陆地棉遗传标准系TM-1
2. 转录组：160个组织

1. 小片段库： 180, 300, 500 bp
2. 大片段库：2, 5, 10, 20 Kb

Illumina HiSeq 2000
Sanger測序 BAC-end

1. 陆地棉基因图谱绘制；
2. A亚组和D亚组非對称进化；
3. A亚组和D亚组對陆地棉性状的互补性贡献；
4. 棉纤维关键基因的表达及进化分析bsports(中国区)B—sports体育登录入口。

三、研究結果

1. 陆地棉基因图谱绘制
陆地棉基因组大小为2.5 GbU8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，组装结果 contig N50 达到34 KbK8凯发就来凯发集团【中国】天生赢家一触即发，scaffold N50 达到1.6 MbMG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长bsports(中国区)B—sports体育登录入口杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，其中92%的scaffold可定位到染色体上K8凯发就来凯发集团【中国】天生赢家一触即发J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌。组装结果优于目前已測序的多倍体植物油菜（N50=764 Kb）、烟草（N50=345-386 Kb）等球友直播-足球篮球体育直播平台K8凯发就来凯发集团【中国】天生赢家一触即发U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」。
2. A亚组和D亚组非對称进化
通过比较陸地棉（AADD）、雷蒙德氏棉（DD）和亚洲棉（AA）的基因组序列J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，估算出陆地棉形成于一百万至一百五十万年前zoty中欧·(中国有限公司)官方网站。在陆地棉形成后的一百多万年内球友直播-足球篮球体育直播平台，A亚组不仅有更高的蛋白质进化速率球友直播-足球篮球体育直播平台XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，其染色体重排发生频率以及基因丢失和失活的频率均显著高于D亚组U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长bsports(中国区)B—sports体育登录入口。
3. A亚组和D亚组對陆地棉性状的互补性贡献
分析發現811個正選擇基因（470個在A亞組K8凯发就来凯发集团【中国】天生赢家一触即发U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，341個在D亞組）zoty中欧·(中国有限公司)官方网站，在A亞組中XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，正選擇基因與纖維長度的發育有重要關系；而在D亞組中HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来，正選擇基因多與抗性有關球友直播-足球篮球体育直播平台。該結果表明陸地棉繼承了兩個祖先種中各自的優良性狀球友直播-足球篮球体育直播平台MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来，因此具有良好的纖維品質及廣泛的適應性HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」bsports(中国区)B—sports体育登录入口。
4. 棉纤维关键基因的表达及进化分析
對MYB、CESA等纖維發育相關的重要基因開展了表達及進化分析zoty中欧·(中国有限公司)官方网站J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来。MYB基因家族中的一個分支在纖維發育中起重要的作用；陸地棉中多個CESA基因在馴化過程中受到了顯著的正選擇作用XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」，可能與棉纖維品質的改良有直接關系（下圖）J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。

四、研究結論

本研究通过比较陸地棉（AADD）、雷蒙德氏棉（DD）和亚洲棉（AA）的基因组序列球友直播-足球篮球体育直播平台，估算出陆地棉形成于一百万至一百五十万年前zoty中欧·(中国有限公司)官方网站。进一步研究发现K8凯发就来凯发集团【中国】天生赢家一触即发，MYB基因和CESA基因決定了陸地棉良好的纖維品質和適用性zoty中欧·(中国有限公司)官方网站bsports(中国区)B—sports体育登录入口。