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1.目前10x單細胞VDJ支持的物種類型beat365中文官方网站[官网]-正版App Store澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站?
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默認僅支持人和小鼠的TCR或者BCRCQ9电子·(china)唯一官方网站,其他物種需要客戶自行提供對應引物序列和擴增反應條件J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长,並且需要客戶自行分析數據杏宇娱乐-杏宇注册登录平台,同時不能保證數據結果PA视讯(中国区)官网 - PlayAce。
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2.10xVDJ樣品應用類型beat365中文官方网站[官网]-正版App Store?
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3.为什么10x VDJ通常用5’捕获杏宇娱乐-杏宇注册登录平台?
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10x单细胞转录组建库有5’端和3’端建库两种方式U8国际·[股份]有限公司官网澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站K8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口。在3’端的建库中PA视讯(中国区)官网 - PlayAcebeat365中文官方网站[官网]-正版App StoreU8国际·[股份]有限公司官网,Gel beads的末端序列是poly(dT)杏宇娱乐-杏宇注册登录平台,用于和转录组3’端的polyA结构互补配对杏宇娱乐-杏宇注册登录平台CQ9电子·(china)唯一官方网站澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站。而在5’端的建库中熊猫体育Panda【官方网站】- Panda SPORTS,Gel beads的末端序列是TSO序列PA视讯(中国区)官网 - PlayAce杏宇娱乐-杏宇注册登录平台,其末端有polyG的结构beat365中文官方网站[官网]-正版App Store。转录本会在酶的作用下在其5‘端加上polyC的结构beat365中文官方网站[官网]-正版App Store,由此完成配对PA视讯(中国区)官网 - PlayAcebeat365中文官方网站[官网]-正版App StoreJ9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌。因为VDJ区域位于5’端澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站,所以获取VDJ信息需采用5’端捕获方法MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站杏宇娱乐-杏宇注册登录平台,目的是为了在保证序列长度较短的情况之下富集到位于5’端的多变VDJ区域U8国际·[股份]有限公司官网熊猫体育Panda【官方网站】- Panda SPORTSbeat365中文官方网站[官网]-正版App Store。
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4.單細胞3’轉錄組和5’轉錄組應用上的區別是什麽PA视讯(中国区)官网 - PlayAce澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站?
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1)客戶是否有著重關注的轉錄本區域澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站U8国际·[股份]有限公司官网,比如SNP的位置靠近5’端;
2)客戶是否是免疫方向J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌U8国际·[股份]有限公司官网,是否關注TCR/BCR多樣性;
若滿足上述任一點澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌,建議5端轉錄組CQ9电子·(china)唯一官方网站U8国际·[股份]有限公司官网K8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口,其余建議3’轉錄組即可beat365中文官方网站[官网]-正版App Store熊猫体育Panda【官方网站】- Panda SPORTS。
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5.做10x單細胞VDJ産品需要進行分選T/B細胞嗎U8国际·[股份]有限公司官网beat365中文官方网站[官网]-正版App Store?
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1)如果只關注T/B細胞K8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口,對其他細胞類型不感興趣J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌K8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口,建議分選;如果關注其他細胞類型K8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口PA视讯(中国区)官网 - PlayAce,例如想研究T/B和其他細胞類型間互作beat365中文官方网站[官网]-正版App Store杏宇娱乐-杏宇注册登录平台,不建議分選;
2)但是需要提醒客戶如果懸液中T/B占比很低(<20%)CQ9电子·(china)唯一官方网站,可能由于TCR或BCR风度太低杏宇娱乐-杏宇注册登录平台U8国际·[股份]有限公司官网,出现数据指标报错的情况熊猫体育Panda【官方网站】- Panda SPORTSMG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长U8国际·[股份]有限公司官网。
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6.10x單細胞VDJ兼容細胞核嗎杏宇娱乐-杏宇注册登录平台澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站?
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不能beat365中文官方网站[官网]-正版App StoreMG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长熊猫体育Panda【官方网站】- Panda SPORTS。主要原因是細胞核分離會使得部分轉錄本損失澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站杏宇娱乐-杏宇注册登录平台K8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口。即使在細胞中杏宇娱乐-杏宇注册登录平台PA视讯(中国区)官网 - PlayAceK8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口,VDJ轉錄本的表達量也往往較低澳·门人威·尼·斯·娱·乐·(中国)集团娱乐官方网站PA视讯(中国区)官网 - PlayAce。只分離細胞核意味著細胞質中含有的RNA會丟失CQ9电子·(china)唯一官方网站杏宇娱乐-杏宇注册登录平台J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌,這導致可用于捕獲和分析的轉錄本減少杏宇娱乐-杏宇注册登录平台。
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7.有些項目中組織樣本會出現scRNA-seq數據表現正常J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌熊猫体育Panda【官方网站】- Panda SPORTSU8国际·[股份]有限公司官网,但scV(D)J-seq數據clonetype很少J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌,爲什麽CQ9电子·(china)唯一官方网站?
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1)與scRNA-seq中的T或者B細胞比例有關杏宇娱乐-杏宇注册登录平台beat365中文官方网站[官网]-正版App Store,可能是組織中T/B細胞比例本身就低PA视讯(中国区)官网 - PlayAce,在實驗未經過富集就直接上機導致的;樣本中T/B細胞比例小于10%風險偏高K8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口,一般建議大于20%J9九游|会(中国)最新J.9官网网站-真人游戏第一品牌熊猫体育Panda【官方网站】- Panda SPORTS。
2)可能是T/B細胞處于naive狀態PA视讯(中国区)官网 - PlayAce,還沒有表達TCR/BCR基因熊猫体育Panda【官方网站】- Panda SPORTS,需確認客戶取樣來源MG不朽情缘·(China)追求健康,你我一起成长K8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口。