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單細胞測序

1.免疫組庫序列組成分析

根據每個樣本的分析結果Z6尊龙旗舰厅官网入口·凯时(中国区)官方网站九游·会(J.9)集团官网 - 真人游戏第一品牌(首页),對免疫組庫序列的組成信息進行統計描述球友会-qy球友会-(中国)千亿球友会杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站,包括V(D)J基因的使用頻率、組合頻率、CDR3序列長度分布杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站球友会-qy球友会-(中国)千亿球友会。
克隆亞型豐度示例圖(橫坐標爲clonotypeU8国际·[股份]有限公司官网杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站,縱坐標可根據需求選擇細胞支持數進行展示) V/J基因usage丰度示例图(横坐标可根据需求选择V、J、V/J paired球友直播-足球篮球体育直播平台,纵坐标为基因丰度占比)[1] V-J基因對熱圖(橫坐標爲V基因Z6尊龙旗舰厅官网入口·凯时(中国区)官方网站,縱坐標爲J基因;V-J基因組合頻率:主要展示了TCR序列中V-J基因組合情況)

2.CDR3的長度分布圖

兼容傳統免疫組庫信息MG不朽情缘·(中国版区)官方网站球友会-qy球友会-(中国)千亿球友会U8国际·[股份]有限公司官网,從CDR3長度的角度對免疫組庫多樣性和V-J基因使用率做統計分析[2]

3.Clonotypes 展示

比較不同樣本間免疫組庫克隆擴增情況

4.細胞間Clonotype分析

通过不同cluster/cell type间比较MG不朽情缘·(中国版区)官方网站球友直播-足球篮球体育直播平台,统计clonotype是否存在overlap杏宇娱乐-杏宇注册登录平台Z6尊龙旗舰厅官网入口·凯时(中国区)官方网站,来判断这两个cluster/cell type间是否会存在状态的演变welcome-球速体育-直播认证官方网站。

5. 转录组结合免疫组tSNE分群展示

根據轉錄組信息MG不朽情缘·(中国版区)官方网站球友会-qy球友会-(中国)千亿球友会U8国际·[股份]有限公司官网,對細胞總體和免疫組庫聚類分群注釋杏宇娱乐-杏宇注册登录平台澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站。

參考文獻


[1] Neal J, Li X, Zhu J, et al. Organoid Modeling of the Tumor Immune Microenvironment[J]. Cell, 2018, 175(7):1972-1988.e16.
[2] Guo X , Zhang Y , Zheng L , et al. Global characterization of T cells in non-small-cell lung cancer by single-cell sequencing[J]. Nature medicine, 2018, 24(7).

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