kg体育(中国区)-体育官方网站入口·(中国区)kg体育(中国区)-体育官方网站入口-Hi-C測序-結果展示-諾禾致源

（互作圖譜構建、三維結構重構、調控元件開發）

數據比對過濾

Hi-C實驗會産生一定的噪聲long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」，比如再連、自連等無效數據杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版星空·体育(中国集团)官方网站，爲確保數據的可靠性和隨後結果分析的准確性球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports，需過濾測序所得數據星空·体育(中国集团)官方网站long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站。

染色體內和染色體外的互作信息

对过滤后的Hi-C read pairs进行统计球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports，可以获得顺式和反式作用的信息fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站。Cis为同一条染色体上的互作long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk SportsEON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」，Trans为不同染色体之间的互作杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站。 Cis和trans數目統計

	All Di-Tags	Unique Di-Tags
Reads Pairs	3,653,968	3,206,221
Cis-close(<10kbp)	84,752	74,431
Cis-far(>10kbp)	2,697,317	2,365,435
Trans	871,899	766,355

互作圖譜構建

1. 构建观测互作矩阵
观测互作矩阵 (observed interaction matrix)long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站，也称为原始互作矩阵（raw interaction matrix）意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88星空·体育(中国集团)官方网站，是对最终有效的contacts按照一定的分辨率进行统计后的互作矩阵；分辨率即是特定的窗口大小意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，按照该窗口大小对染色体进行等分MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports。
2. 观测互作矩阵标准化和可视化
酶切片段長度、GC含量和比對率等因素導致觀測互作矩陣並不能最佳反映染色體的真實的互作EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」，因此需要利用最大似然法對觀測互作矩陣進行標准化處理排除這些因素lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐，以確保結果真實杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。

TAD分析

TAD邊界存在基因富集

TAD（topologically associating domains）是拓扑关联域long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播，
一般指具有“特殊生物學功能”的相互作用“方塊”意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!星空·体育(中国集团)官方网站EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」，一般區域內部的互作頻率顯著高于毗鄰的兩個區域的互作頻率U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，
是基因組在空間結構中基本的組織形式fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!星空·体育(中国集团)官方网站，在不同的細胞類型間和物種間存在較高的保守性U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐。CTCF是調控基因編碼的轉錄因子的蛋白序列long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports，
與絕緣體的活性有關意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。TAD的邊界形成需要多種蛋白質的參與
（CTCF和TFIIIC能夠募集其他蛋白質參與邊界形成球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站，穩固TAD的結構）星空·体育(中国集团)官方网站。

三維結構重構

展現基因組三維空間結構

基于染色體全部的互作信息U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」，利用一定的數學模型long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，將二維的染色體互作信息轉化成三維空間結構的物理坐標EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司，構建全基因組的三維空間結構球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播，基因組範圍內的三維空間結構反映染色體間的互作情況EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」。也可以基于單條染色體內部的互作信息杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88，利用一定的數學模型fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports，將二維的染色體互作信息轉化成三維空間結構的物理距離坐標EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐，從而構建每條染色體的三維結構fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。

調控元件的開發

展現基因組三維空間結構

調控元件在Hi-C研究中具有重要作用球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司，如CTCFfun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站，CTCF是CCCTC結合因子意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司，
與基因的表達調控、絕緣子的活性和染色質構建緊密相關lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports星空·体育(中国集团)官方网站。首先進行基因組範圍內的CTCF的預測U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports，
預測得到的CTCF結合位點信息結合TAD進行分析lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司，研究TAD的邊界區域的CTCF富集情況fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」。

（構建染色體跨度單體型）

SNP檢測、注釋及過濾

開發SNP標記、注釋並SNP過濾

SNP（單核苷酸多態性）主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports，包括單個堿基的轉換、顛換等MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sportsfun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88。我們采用SAMTOOLS軟件進行樣本SNP的檢測及過濾意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」，獲得高質量的SNP球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播。 SNP檢測及注釋結果統計

Category		Number of SNPs
Total		36,721,247
Upstream		453,623
Exonic	Stop gain	189,311
	Stop loss	2,242
	Synonymous	403
	Non-synonymous	374,359
Intronic		11,644,971
Splicing		2,077
Downstream		450,284
upstream/downstream		15,970
Intergenic		23,567,936

開發InDel標記、注釋並進行InDel過濾

開發SNP標記、注釋並SNP過濾

InDel是指基因组中小片段的插入和缺失序列fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司。利用 SAMTOOLs检测长度小于50bp的小片段插入与缺失（InDel）U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐，然后用ANNOVAR软件对检测出的InDel进行注释球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站。 InDel檢測及注釋結果統計

Category		Number of Indels
Upstream		1,702
Exonic	Stop gain	9
	Stop loss	2
	Frameshift deletion	100
	Frameshift insertion	59
	Non-frameshift deletion	143
	Non-frameshift insertion	121
Intronic		5,242
Splicing		12
Downstream		1,716
Upstream/Downstream		157
Intergenic		168,379
Insertion		88,295
Deletion		90,584
Het Rate		0.563
Total		178,879

構建染色體跨度單體型

单个样本構建染色體跨度單體型

利用高通量測序技術fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88，結合生物信息學分析方法long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，
Hi-C可以捕獲很多物理位置相距很遠的互作球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88星空·体育(中国集团)官方网站，使用Hi-C文庫可以構建染色體跨度的個體單體型long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播。
基于Hi-C技術lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」，將高通量測序與生物信息學技術結合起來MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站，
根據染色體邊界的存在構建出了染色體跨度水平的單體型（Haplotype）long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站，
與傳統的單體型構建相比球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」，利用Hi-C技術構建染色體跨度的單體型圖譜long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站EON4-意昂4「强保障平台,更省心注册」MK体育(MKsports集团)股份公司 - Mk Sports，跨度更長lehu·乐虎-(88国际)官方网站有限公司U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐，完整性更高U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐星空·体育(中国集团)官方网站。單體型分析結果統計表

Chromatin	len	phased	SPAN	Completments	Resolution
2	575,694	208,658	248,945,036	99.98	36.24
3	519,155	180,762	224,276,947	100	34.82
4	291,052	108,924	119,205,433	99.96	37.42
5	246,945	86,677	107,895,613	99.99	35.1
6	282,677	103,681	117,029,835	100	36.68
7	246,733	91,009	100,055,842	99.98	36.89
8	219,082	80,846	90,628,165	99.93	36.9
9	230,243	84,388	94,724,047	100	36.65
10	212,464	80,351	86,437,293	99.99	37.82
11	142,446	45,910	62,225,380	99.96	32.23
12	192,509	69,561	78,860,884	99.7	36.13
13	198,167	70,615	83,026,631	99.94	35.63
14	152,269	55,648	62,702,512	99.97	36.55
15	192,596	66,753	80,618,853	99.62	34.66
16	174,424	64,200	71,698,574	99.97	36.81
17	170,042	58,680	72,276,376	99.99	34.51
18	159,358	57,363	68,587,399	99.97	36
19	146,232	50,478	60,358,964	99.83	34.52
20	136,658	51,191	51,142,465	99.93	37.46
21	122,173	42,849	49,975,245	99.8	35.07
22	129,382	47,559	50,773,366	99.88	36.76
23	153,708	57,461	62,327,079	99.99	37.38
24	95,584	31,457	41,862,040	99.59	32.91
25	121,871	43,762	45,356,592	99.98	35.91
26	112,554	42,028	44,075,150	99.99	37.34