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真核无参轉錄組測序

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Leaf transcriptome analysis of a subtropical evergreen broadleaf plant, wild oil-tea camellia (Camellia oleifera),
revealing candidate genes for cold acclimation

期刊：BMC Genomics
影響因子：3.729
發表單位：南昌大學
發表年份：2017年2月

一、研究背景

耐寒性是植物物种和作物生产地理分布范围的关键决定因素MK(体育科技有限公司)体育·官方网站意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS意昂4体育(中国)数字娱乐技术创新平台。冷驯化可以通过暴露于低温非冻结温度来提高植物物种的耐寒性PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台MK(体育科技有限公司)体育·官方网站。作为亚热带常绿阔叶植物PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台Z6尊龙旗舰厅官网入口·凯时(中国区)官方网站球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播，油茶表现出相对较强的耐寒性杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方意昂4体育(中国)数字娱乐技术创新平台。此外杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播，野生油茶是世界四大木本油料作物之一杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站MK(体育科技有限公司)体育·官方网站意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，也是栽培油茶山茶的重要遗传资源球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播意昂4体育(中国)数字娱乐技术创新平台。我们研究的目的是确定不同纬度和海拔的野生油茶茶叶转录组的变异MK(体育科技有限公司)体育·官方网站，并发现冷驯化的候选基因K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口意昂4体育(中国)数字娱乐技术创新平台。

二、方法流程

取材

建庫

測序

分析

选择江西庐山（2013 年 11 月 29 日采摘）和井冈山（2013 年 12 月 6 日）两个地点不同海拔处的油茶茶叶球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播。每株植物上取 2 个叶片的 RNA 混为一个样品MK(体育科技有限公司)体育·官方网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，一共 8 个样品用于轉錄組測序PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台MK(体育科技有限公司)体育·官方网站。一共有5个温度处理组：T2、T5、T10、T14 和 T18PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方。

普通轉錄組文庫

利用 Illumina HiSeq 进行双端測序PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台MK(体育科技有限公司)体育·官方网站球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播。

功能基因组学研究；遗传差异分析；基因表达模式分析球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播。

三、研究結果

1. 转录本拼接及功能注释
借助二代轉錄組測序技术Z6尊龙旗舰厅官网入口·凯时(中国区)官方网站，对高剂量CO₂和正矯Q9(电子中国)在线官方网站意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS？掌屡嘌男∏蛟褰修D錄組測序杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站CQ9(电子中国)在线官方网站，通过转录本拼接共得到22,432个unigeneK8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，N50为1,680 bp意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，对unigene功能注释鉴定出很多与糖代谢和脂质合成途径相关的基因杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口Z6尊龙旗舰厅官网入口·凯时(中国区)官方网站。
2.遺傳結構的分析
从 103,442 个 SNP 位点中随机选择 90,000 个 SNP 位点进行系统发育分析K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播，构建的系统发育树如图所示球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播。结果表明除了 JG01和 LS02 外K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口意昂4体育(中国)数字娱乐技术创新平台，卢山和井冈山的野生油茶样本在进化树上发生了分离球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，并且两山之间的高海拔处样本在遗传上差异更明显CQ9(电子中国)在线官方网站球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播。
3.差異基因表達
温度在2~5℃的T2和T5组的基因表达水平明显高于温度在10~18℃的T10、T14和T18组杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，但T2 组基因表达的响应模式与 T5 组处理不同PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台MK(体育科技有限公司)体育·官方网站意昂4体育(中国)数字娱乐技术创新平台，这可能与 T2 组中有低温胁迫的增加有关杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方。T5 组的差异表达基因参与膜或者膜部分的细胞成分PG(中国电子)股份有限公司-PG智能科技智慧平台，与糖转运途径相关；而T2组中差异表达基因除了参与膜的组分和构成意昂4体育(中国)数字娱乐技术创新平台杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，还参与代谢相关的生物学过程和催化活性的分子功能中Z6尊龙旗舰厅官网入口·凯时(中国区)官方网站意昂4体育(中国)数字娱乐技术创新平台意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，这可能与冷驯化的环境适应性有关Z6尊龙旗舰厅官网入口·凯时(中国区)官方网站意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。

四、研究結論

本研究提供了山茶属中最大的转录组数据集之一意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，确定了大量的简单序列重复序列（SSR）、单核苷酸多态性（SNP）和插入/缺失（InDels）Z6尊龙旗舰厅官网入口·凯时(中国区)官方网站意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，基于 SNP 进行系统发育分析以检测遗传结构杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方Z6尊龙旗舰厅官网入口·凯时(中国区)官方网站。野生油茶山茶样品主要分布在不同纬度和海拔之间意昂4体育(中国)数字娱乐技术创新平台K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，比较不同空气温度下野生油茶山茶样品的基因表达模式K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，发现差异表达基因球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTSZ6尊龙旗舰厅官网入口·凯时(中国区)官方网站。结果表明野生油茶山茶种群在纬度之间具有遗传差异杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站。当空气温度低于 10℃ 时杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方MK(体育科技有限公司)体育·官方网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，可能会进行冷驯化杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方意昂4体育(中国)数字娱乐技术创新平台MK(体育科技有限公司)体育·官方网站。用于冷驯化的候选基因可能主要参与跨膜转运蛋白活性Z6尊龙旗舰厅官网入口·凯时(中国区)官方网站。