意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐·(中国区)意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐-10x Visium FFPE 空间轉錄組測序-結果展示

10x Visium FFPE 空间轉錄組測序

1. 聚类分析（单样本/多样本）

利用Space Ranger和 Seruat 软件分别对spot 聚类分析HOME-沐鸣娱乐「强保障平台,更省心注册」，将spot聚类为不同clustervsport-(中国区)官方网站球速体育(中文)官网-我的账户。

2. 筛选高变基因

Seurat 采用sctransform（SCT）算法对数据标准化处理welcome-球速体育-直播认证官方网站B·体育【中国官】B-sports登录入口，再通过vst 算法筛选出在整数据中表达变化最大的基因集mk体育(mksport集团)股份公司，作为高度变异基因（high-variance genesmk体育(mksport集团)股份公司，HVGs）

3. 差异表达分析

4. 差异基因空间位置分布

5. 差异基因富集

对差异表达基因进行GO富集分析、KEGG 通路富集分析和Reactome富集分析HOME-沐鸣娱乐「强保障平台,更省心注册」。展示cluster富集热图、柱状图、散点图和网络连接图等结果mk体育(mksport集团)股份公司。

6. spot 定义

Spot分群定义采用SingleR 和clustermole软件球速体育(中文)官网-我的账户。SingleR 基于已知细胞类型的参考数据集mk体育(mksport集团)股份公司，计算每个spot 与参考数据的相关系数（Spearman）球速体育(中文)官网-我的账户DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网，选取评分较高的细胞类型的参考数据集B·体育【中国官】B-sports登录入口B体育(China)中国官方网站-B SPORTS杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，不断重复上述过程对细胞类型标签微调（fine-tuning）welcome-球速体育-直播认证官方网站，直到只有一种细胞类型为止意昂凯捷4（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」B体育(China)中国官方网站-B SPORTS。 Clustermole采用了GSVA 算法杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方mk体育(mksport集团)股份公司DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网，计算细胞类型标记基因（markers）的GSVA 分值B·体育【中国官】B-sports登录入口，选择分值较高的标签作为该spot 的细胞类型B·体育【中国官】B-sports登录入口B体育(China)中国官方网站-B SPORTS。

7. 轨迹分析

轨迹（trajectory）分析又叫拟时序（pseudotime）分析意昂凯捷4（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」，在细胞重编程、组织发育及肿瘤进化等方面有广泛的应用球速体育(中文)官网-我的账户意昂凯捷4（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」。根据spot之间基因表达模式的相似性杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方mk体育(mksport集团)股份公司B体育(China)中国官方网站-B SPORTS，沿着轨迹对spot排序B·体育【中国官】B-sports登录入口HOME-沐鸣娱乐「强保障平台,更省心注册」杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方，模拟spot内细胞动态变化的过程B体育(China)中国官方网站-B SPORTSmk体育(mksport集团)股份公司球速体育(中文)官网-我的账户。諾禾致源采用monocle2 进行轨迹分析vsport-(中国区)官方网站。

8. 受配体分析

生物体中杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方vsport-(中国区)官方网站，细胞与细胞之间不是独立存在的welcome-球速体育-直播认证官方网站杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网，通过 “信号”传输来进行“沟通”HOME-沐鸣娱乐「强保障平台,更省心注册」B体育(China)中国官方网站-B SPORTSmk体育(mksport集团)股份公司。细胞之间沟通的一种重要方式就是配体和受体的相互作用球速体育(中文)官网-我的账户vsport-(中国区)官方网站，因此通过已知的配受体对在spot间的表达来评估细胞间的交流DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网，即细胞通讯杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方。諾禾致源采用Cellphonedb 进行细胞通讯分析球速体育(中文)官网-我的账户意昂凯捷4（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网。

9. 拷贝数分析

拷贝数变异（copy number variation）是肿瘤细胞的重要的特征HOME-沐鸣娱乐「强保障平台,更省心注册」B·体育【中国官】B-sports登录入口。諾禾致源采用inferCNV软件分析spot的拷贝数杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方B·体育【中国官】B-sports登录入口，发现发生大片段的拷贝数变异的基因的spot意昂凯捷4（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」welcome-球速体育-直播认证官方网站B体育(China)中国官方网站-B SPORTS。

10. 肿瘤特征分析

肿瘤在其发生发展中表现为不同的增殖、侵袭和转移能力球速体育(中文)官网-我的账户welcome-球速体育-直播认证官方网站，展现了肿瘤的异质性vsport-(中国区)官方网站。对MSigDB 数据库收录的肿瘤特征富集分析mk体育(mksport集团)股份公司，评估该特征或通路活性球速体育(中文)官网-我的账户welcome-球速体育-直播认证官方网站杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方。利用GSVA 算法计算每个spot 的肿瘤特征（或通路）的分值杏鑫|杏鑫登录|杏鑫注册|杏鑫平台|杏鑫官方DB娱乐官网入口(中国大陆)有限公司官网球速体育(中文)官网-我的账户，分析肿瘤特征分布的异质性和免疫微环境welcome-球速体育-直播认证官方网站。

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