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單細胞測序

樣本tSNE/UMAP分型分析

tSNE降維聚類圖 UMAP降維聚類圖
聚類分析用于識別細胞亞型PA视讯(中国区)官网 - PlayAce意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录,根據聚類結果B·体育-运动(B - Sports)体育官方网站意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTSbeat·365(中国)-官方认证网站,采用t-SNE/UMAP降維算法球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台,在二維空間上展示細胞的分布情況熊猫体育-【中国区】官方平台网站,同一cluster的細胞用相同顔色表示意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录星空·综合(体育中国)官方网站。

差異基因展示

差異基因violin圖形展示 挑選每個cluster高表達基因觀察其在不同cluster中的表達情況意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTSPA视讯(中国区)官网 - PlayAce,繪制小提琴圖意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTSB·体育-运动(B - Sports)体育官方网站。
差異基因tSN圖形展示 挑選每個cluster的高表達基因進行特異標注B·体育-运动(B - Sports)体育官方网站,可獲得每個差異基因在各cluster中的表達情況beat·365(中国)-官方认证网站。 差異基因聚類熱圖展示 將各個cluster鑒定到的top差異基因進行整體熱圖展示B·体育-运动(B - Sports)体育官方网站尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce,同一個cluster內的差異基因表達量會高于其他組B·体育-运动(B - Sports)体育官方网站beat·365(中国)-官方认证网站尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录,熱圖中黃色表示高表達PA视讯(中国区)官网 - PlayAce星空·综合(体育中国)官方网站,紫色表示低表達PA视讯(中国区)官网 - PlayAce。

功能富集分析

GO功能富集 GO(Gene Ontology)是描述基因功能的综合性数据库PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台,可分为分子功能(Molecular Function)熊猫体育-【中国区】官方平台网站尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce,生物过程(biological process)和细胞组成(cellular component)三个部分B·体育-运动(B - Sports)体育官方网站。从GO富集分析结果中PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce,选取最显著的Term绘制柱状图/散点图进行展示PA视讯(中国区)官网 - PlayAcemk体育(mksport集团)股份公司。
KEGG通路富集 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是整合了基因组、化学和系统功能信息的综合性数据库beat·365(中国)-官方认证网站PA视讯(中国区)官网 - PlayAce。从KEGG富集结果中PA视讯(中国区)官网 - PlayAcebeat·365(中国)-官方认证网站,选取最显著的通路绘制柱状图/散点图进行展示意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS星空·综合(体育中国)官方网站。
Reactome富集分析 Reactome數據庫彙集了人類各項反應及生物學通路意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。從Reactome富集分析結果中球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTSmk体育(mksport集团)股份公司,選取最顯著的Term繪制柱狀圖/散點圖進行展示B·体育-运动(B - Sports)体育官方网站。

輔助細胞定義

基于marker gene应用诺禾自主开发novoalgor进行自动化的细胞定义beat·365(中国)-官方认证网站星空·综合(体育中国)官方网站,交付marker基因的UMAP图、小提琴图球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台。

細胞通訊分析

細胞通訊 采用cellphoneDB进行細胞通訊分析B·体育-运动(B - Sports)体育官方网站,可以推断不种细胞类型之间丰富的配体-受体相互作用意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。

軌迹推斷

軌迹推斷 采用monocle2进行细胞軌迹推斷分析PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce,基于关键基因的表达模式B·体育-运动(B - Sports)体育官方网站PA视讯(中国区)官网 - PlayAce尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录,在拟时间中对单个细胞进行排序球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台,模拟出细胞随拟时间发展发育过程的动态变化星空·综合(体育中国)官方网站。将CytoTRACE和monocole2联合mk体育(mksport集团)股份公司,自动通过CytoTRACE确定根节点球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录,并将根节点参数传入monocole2进行分析意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。

SCENIC轉錄因子分析

SCENIC轉錄因子分析 采用pySCENIC可以推斷不同細胞特有的調節子球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台,並評估調節子在單個細胞中的活性PA视讯(中国区)官网 - PlayAce熊猫体育-【中国区】官方平台网站,根據調節子的AUCell進行推斷細胞狀態;計算不同cluster的調節子特異性得分(RSS)B·体育-运动(B - Sports)体育官方网站,找到cluster特異的調節子mk体育(mksport集团)股份公司尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录熊猫体育-【中国区】官方平台网站。

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