二、研究結論

• 2.1 急性IAV感染诱导持久的肺部特异性抗肿瘤免疫DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网，且依赖于肺泡巨噬细胞（AM）

  为探究呼吸道病毒感染是否对肺部抗肿瘤免疫产生长期影响澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，作者构建了甲型流感病毒（IAV）感染后30天的小鼠黑色素瘤或乳腺癌肺转移模型XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版OG视讯·(中国区)有限公司官网网站必一·运动(B - Sports)体育官方网站。与未感染的小鼠(PBS)相比澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版必一·运动(B - Sports)体育官方网站，IAV感染小鼠的肺部肿瘤负荷减少OG视讯·(中国区)有限公司官网网站，生存期延长澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，且抗肿瘤免疫在IAV感染4个月后仍能抑制癌细胞的肺转移OG视讯·(中国区)有限公司官网网站，表明IAV感染诱导抗肿瘤免疫的持久性PA视讯·(中国区)官方网站 - Play澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版HOME_U8国际_U8共创美好未来。进一步通过体内选择性AM清除和AM过继回输等实验发现918博天堂(中国区)-官方网站， IAV感染后的AM而非T细胞在肺部抗肿瘤免疫中发挥关键作用HOME_U8国际_U8共创美好未来，其抗肿瘤作用具有肺脏组织特异性HOME_U8国际_U8共创美好未来DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网。

• 2.2 IAV感染诱导AM训练免疫

  對未感染（PBS）小鼠（對照組）和IAV感染小鼠（處理組）的AM進行測序多組學分析（每組設置3個生物學重複）PA视讯·(中国区)官方网站 - Play。
  1）RNA-seq表明兩組AM基因表達間存在巨大差異；
  2）ATAC-seq染色質可及性分析发现IAV AM中的免疫激活/应答功能相关的基因的染色質可及性增加；
  3）轉錄組GSEA結果表明IAV AM中富集到与训练免疫密切相关的通路必一·运动(B - Sports)体育官方网站PA视讯·(中国区)官方网站 - Play。
  图1 RNA-seq差异表达火山图
  
  图2 ATAC-seq染色質可及性热图
  多組學數據分析表明IAV感染的AM形成訓練免疫/天然免疫記憶意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网PA视讯·(中国区)官方网站 - Play。從機制上講意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，IAV感染誘導的訓練型AM能夠浸潤到肺部腫瘤病竈發揮抗腫瘤作用XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版OG视讯·(中国区)有限公司官网网站意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，其吞噬能力和腫瘤細胞毒性增強；這種抗腫瘤作用並不依賴于T細胞意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。

• 2.3 记忆性的AM可抵抗肿瘤诱导的免疫抑制微环境

  利用ATAC-seq和RNA-seq多组学分析记忆性AM的功能表征澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版星空·体育(中国集团)官方网站DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网。比较IAV-B16和PBS-B16 AM的ATAC-seq结果发现：
  1）ATAC-seq差異分析：PBS-B16 AM中染色质可及性增强的相关基因中部分与免疫功能负调节相关必一·运动(B - Sports)体育官方网站OG视讯·(中国区)有限公司官网网站澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，而染色质可及性降低的相关基因中部分与免疫激活途径相关；
  2）ATAC-seq的KEGG功能富集分析表明HOME_U8国际_U8共创美好未来，IAV-B16 AM与免疫激活和训练免疫相关的基因的染色質可及性增加；
  3）ATAC-seq信號變化基因的轉錄組GSEA結果显示：IAV-B16 AM中富集到与抗肿瘤免疫功能密切相关的通路必一·运动(B - Sports)体育官方网站澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，表明在肺肿瘤微环境中DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网PA视讯·(中国区)官方网站 - Play918博天堂(中国区)-官方网站，IAV AM的抗肿瘤功能比PBS AM强意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。整合多组学分析结果XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，研究认为记忆性AM在表观遗传学和转录组水平上可抵抗肿瘤诱导的免疫抑制微环境澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。
  图3 IAV-B16与PBS-B16小鼠的AM中的染色质可及性变化
  图4 与免疫激活和训练免疫相关的基因的染色质可及性增加
  此外PA视讯·(中国区)官方网站 - PlayHOME_U8国际_U8共创美好未来意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!，研究團隊通过分析人非小细胞肺癌患者肿瘤组织單細胞測序数据發現澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版PA视讯·(中国区)官方网站 - Play，人類肺癌組織中也存在具有訓練免疫特征的AM918博天堂(中国区)-官方网站OG视讯·(中国区)有限公司官网网站DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网，且與腫瘤微環境中的免疫激活相關意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。這意味著在模式小鼠體內發現的機制必一·运动(B - Sports)体育官方网站星空·体育(中国集团)官方网站HOME_U8国际_U8共创美好未来，在人體內可能也存在918博天堂(中国区)-官方网站OG视讯·(中国区)有限公司官网网站。

二、研究結論

• 2.1 确定关键分子XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，构建高效快速的FCR系统
  

  研究人員利用大規模的化學篩選方法確定了一系列有效分子必一·运动(B - Sports)体育官方网站，通過調整有效小分子的濃度和處理時間OG视讯·(中国区)有限公司官网网站星空·体育(中国集团)官方网站918博天堂(中国区)-官方网站，建立了快速化學重編程（FCR）系統PA视讯·(中国区)官方网站 - Play。其中918博天堂(中国区)-官方网站必一·运动(B - Sports)体育官方网站，關鍵多能性基因Oct4在重編程第7天就已經被激活星空·体育(中国集团)官方网站，進一步說明了FCR的快速性OG视讯·(中国区)有限公司官网网站918博天堂(中国区)-官方网站。通過細胞、分子和功能實驗證明經過12天FCR産生的iPSC細胞在形態、分子和功能上與小鼠胚胎幹細胞相似星空·体育(中国集团)官方网站，表明FCR平台成功重編程XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。

• 2.2 ATAC-seq预测胚外内胚层相关的TFs
  

  間充質向上皮轉化(MET)和胚外內胚層(XEN)狀態已被證明是CR過程中的關鍵狀態918博天堂(中国区)-官方网站星空·体育(中国集团)官方网站意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。研究人員發現FCR與轉錄因子重編程（TFR）都會經曆這兩種狀態必一·运动(B - Sports)体育官方网站DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，但在重編程路徑上有明顯差別必一·运动(B - Sports)体育官方网站XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，ATAC-seq組學預測胚外內胚層相關的TFs(Sox17、Gata4、Gata6和Foxa2)導致了兩個重編程體系的路徑差異918博天堂(中国区)-官方网站。

• 2.3 RNA-seq显示FCR会经历一个独特的滞育类状态
  

  选取了8个关键时间点的样本：0天、2天、4天、6天、8天、10天、12天、产生的iPSC cellPA视讯·(中国区)官方网站 - Play必一·运动(B - Sports)体育官方网站XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。研究人员对比不同时间点不同重编程系统的转录组数据发现：FCR后期显著下调了核糖体、剪切体、DNA复制相关基因PA视讯·(中国区)官方网站 - Play澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，但在TFR过程中并无此现象必一·运动(B - Sports)体育官方网站。这一结果揭示了FCR重编程后期会经历一个独特的滞育类状态HOME_U8国际_U8共创美好未来DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网。

• 2.4 滞育类状态是FCR过程中一个重要的中间态
  

  考虑到细胞异质性918博天堂(中国区)-官方网站XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，研究人员选取5个时间点样本：0天、4天、8天、12天、iPSC cell进行scRNA-seq分析HOME_U8国际_U8共创美好未来XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，FCR依次会经历成纤维细胞、上皮样细胞、中间态细胞、新生iPSC和iPSC阶段PA视讯·(中国区)官方网站 - Play澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，且scRNA-seq功能通路数据与RNA-seq结果一致星空·体育(中国集团)官方网站，滞育相关基因在FCR后期细胞呈现明显下调DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网星空·体育(中国集团)官方网站。敲低促进细胞进入滞育状态的关键基因Larp1、Slc17a5、Prkaa1发现抑制滞育类状态会导致FCR效率降低澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版918博天堂(中国区)-官方网站，说明滞育类状态是FCR过程中一个重要的中间态必一·运动(B - Sports)体育官方网站。

• 2.5 ATAC+CUT&Tag证明H3K9me3通过抑制iPSC相关的ERVs影响FCR进程

  选取了8个关键时间点的样本：0天、2天、4天、6天、8天、10天、12天、产生的iPSC cell918博天堂(中国区)-官方网站OG视讯·(中国区)有限公司官网网站，通过ATAC-seq & CUT&Tag多组学分析显示：染色质可及性区域大部分在FCR过程中呈现高度动态PA视讯·(中国区)官方网站 - Play，即使在FCR后期的滞育类状态XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，且伴随着不同组蛋白修饰的动态变化意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!PA视讯·(中国区)官方网站 - Play。 H3K9me3作为异染色质区域的标志性沉默修饰XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版必一·运动(B - Sports)体育官方网站，此前多次被证实在干细胞中可以调控ERVs澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版918博天堂(中国区)-官方网站OG视讯·(中国区)有限公司官网网站。而在FCR过程中澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版星空·体育(中国集团)官方网站DB真人旗舰·(中国官方)集团有限公司官网，ERVs的表达模式也呈现从MEF向iPSC的动态变化必一·运动(B - Sports)体育官方网站星空·体育(中国集团)官方网站HOME_U8国际_U8共创美好未来，说明了ERVs可能也会参与并影响重编程过程918博天堂(中国区)-官方网站HOME_U8国际_U8共创美好未来。该研究筛选了24个受H3K9me3调控的iPSC相关的ERVs（经典Oct4-Sox2-Tcf-Nanog TF基序）HOME_U8国际_U8共创美好未来PA视讯·(中国区)官方网站 - Play必一·运动(B - Sports)体育官方网站。敲低和小分子抑制实验证明H3K9me3甲基转移酶的抑制可以促进FCR进程；而敲低iPSC相关ERVs相关靶蛋白会导致FCR效率降低PA视讯·(中国区)官方网站 - Play必一·运动(B - Sports)体育官方网站。这些结果说明H3K9me3通过抑制iPSC相关的ERVs从而作为FCR的障碍星空·体育(中国集团)官方网站。