群體SNP檢測及注釋

• 对下机数据进行质控得到clean data（过滤后数据）意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，与参考基因组比对后意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」，采用进行群体 SNP 的检测K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。对检测位点进行筛选和注释球客岛-足球篮球赛事直播平台，获得高质量SNP及其注释信息球客岛-足球篮球赛事直播平台。

群體結構分析

• 根據得到的高質量位點PA视讯(中文站) - 官方网站PlayAceOG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站球客岛-足球篮球赛事直播平台，構建系統進化樹並進行主成分分析OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口，揭示不同品種間的遺傳結構以及基因交流情況星空·综合(体育中国)官方网站。
  系统进化树（phylogenetic tree）是描述群体间分化顺序的分支图或树OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」星空·综合(体育中国)官方网站，用来表示群体间的进化关系星空·综合(体育中国)官方网站。根据群体的物理或遗传学特征等方面的共同点或差异 可以推断出它们的亲缘关系远近意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS星空·综合(体育中国)官方网站。
  
• 主成分分析（PCA）是一種純數學的運算方法球客岛-足球篮球赛事直播平台，可以將多個相關變量經過線形轉換選出較少個數的重要變量K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。PCA在遺傳學當中主要用于聚類分析意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」，它是基于個體基因組SNP差異程度K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口球客岛-足球篮球赛事直播平台OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站，按照不同性狀特征將個體按主成分聚類成不同的亞群星空·综合(体育中国)官方网站意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」，同時用于和其它方法做相互驗證星空·综合(体育中国)官方网站球客岛-足球篮球赛事直播平台意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。

核心標記篩選

• 基于深度过滤、完整度过滤、最小等位基因频率（MAF）、多态性信息含量（PIC）和遗传位置信息对SNP分子标记筛岩獍�4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。�对筛选的核心SNP 标记所在基因元件及染色體上分布情况进行统计分析K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口。
• 根據得到的核心SNP標記乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口PA视讯(中文站) - 官方网站PlayAce，爲品種繪制指紋圖譜二維碼意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS918博天堂(中国区)-官方旗舰厅。

遺傳相似性分析

• 计算材料间遗传相似系数(genetic similarity, GS)意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS球客岛-足球篮球赛事直播平台，获得遗传相似系数矩阵乐虎.lehu(国际)中国区唯一官方网站意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」，通过遗传相似性系数矩阵判断不同材料间的相似性PA视讯(中文站) - 官方网站PlayAce意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTSOG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站。

  #Sample	Sample8	Sample1	Sample2	Sample3	Sample4	Sample5	Sample6
  Sample1	0.61
  Sample2	0.60	0.67
  Sample3	0.63	0.67	0.66
  Sample4	0.47	0.51	0.49	0.57
  Sample5	0.47	0.51	0.49	0.57	0.97
  Sample6	0.48	0.52	0.49	0.57	0.97	0.96
  Sample8	0.64	0.66	0.63	0.68	0.51	0.51	0.51

KASP核心位點開發

• 利用篩選的核心標記可進一步進行KASP位點設計與開發K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口星空·综合(体育中国)官方网站，應用于植物品種分類檢測和認證工作星空·综合(体育中国)官方网站意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」。設計成功的位點將提供每個位點的引物序列意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，可用于後續實驗驗證K8·凯发集团【China版权】官方网站登录入口意昂体育「强保障平台,让娱乐更有趣!」。

  染色體	位置	堿基		引物ID	引物序列
  Chr1	96926	C	FAM	96926Rg	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGGGAGAACTACTCCTTGTGCG
  		G	HEX	96926Rc	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGGGAGAACTACTCCTTGTGCC
  				96926F	AGACCACCGATTCCAACCA
  Chr2	2583829	T	FAM	2583829Ra	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCGGCAATGAGATCATTAGAACTGA
  		A	HEX	2583829Rt	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCGGCAATGAGATCATTAGAACTGT
  				2583829F	AGGTGTGGAGCATAAGATCAACT
  Chr3	2051617	G	FAM	2051617Rc	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAATCTGAAATTTAGGGTTCATATCAC
  		A	HEX	2051617Rt	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCACTATACTTGGGATTTAAAGTCTAT
  				2051617F	AATTGGATTGGTCAAGACGGTA