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單細胞測序

數據展示

  • 諾禾致源使用Oxford Nanopore的單細胞全長轉錄組工作流程进行实验U8国际·[官方网]有限公司官网熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩,以下是部分项目经验展示:

    1.基础數據展示

    下表展示了人的组织样本基于Nanopore PromethION平台测序 1 Cell后的基础数据PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站乐天堂fun88·(官网)娱乐中心 -我的账户,下机数据产出與官方數據呈現水平相當博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩,表明樣本測序質量良好U8国际·[官方网]有限公司官网U8国际·[股份]有限公司官网博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩。 表一 人组织样本单细胞Oxford Nanopore测序基础數據展示
    Species Reads Cells total_Gen
    es
    total_Transcrip
    ts
    Median Genes
    Per Cell
    Median Transcripts
    Per Cell
    Human 154,825,486 4,917 29,534 83,627 3509 3965

    2.單細胞二代&三代細胞分群一致性分析

    为进一步观测单细胞三代测序1 Cell是否能够满足细胞聚类及分群的单细胞分析需求MK(体育科技有限公司)体育·官方网站,对拆分过滤后的高质量reads利用Seurat进行单细胞数据分析澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站,结果表明:二代与三代数据细胞分群具有高度一致性;通过諾禾致源自主开发的自动化细胞定义算法的Fast-Celltype进行细胞定义澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版U8国际·[官方网]有限公司官网博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩,并进行细胞占比分析U8国际·[股份]有限公司官网,结果表明:單細胞三代測序能夠很好地滿足細胞分群及細胞類型鑒定等分析需求U8国际·[股份]有限公司官网MK(体育科技有限公司)体育·官方网站意昂体育·科技赋能场景,更省心娱乐。
    人組織樣本的二代&三代cluster一致性分析(左)、細胞定義(中)及細胞占比分析(右)

    3.isoform分析

    针对上述人的组织样本进行转录本统计:单细胞三代全长轉錄組測序获得29,534个基因熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站乐天堂fun88·(官网)娱乐中心 -我的账户,共鉴定出83,627个unique isoform熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站,其中,检出新的转录本(NNC+NIC)占比35%乐天堂fun88·(官网)娱乐中心 -我的账户博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩。
    isoform分析

    4.轉錄本表達檢測

    S100A4(S100 钙结合蛋白 A4基因)在人组织样本进行单细胞二代测序时博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩U8国际·[股份]有限公司官网澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版,在各类细胞亚群中是泛表达(左图)澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版熊猫体育「中国Panda」直播认证官方网站,但S100A4的转录本却是在不同细胞亚群中差异表达(中、右图)PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站MK(体育科技有限公司)体育·官方网站,表明在isoform水平存在细胞特异性表达MK(体育科技有限公司)体育·官方网站。
    細胞群isoform表達特異性分析

    5.融合基因檢測

    人的样本可以检测出约几百条候选融合序列U8国际·[官方网]有限公司官网球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台,并均可以归类到具体亚群中PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台,單細胞全長轉錄組提供了融合基因检测的可能性MK(体育科技有限公司)体育·官方网站,并将其与细胞亚群相关联澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。
    融合基因鑒定

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