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動植物多組學

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項目案例

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Genomic insights into the origin, domestication and diversification of Brassica juncea

期刊：Nature Genetic
影響因子：38.33
发表时间：2021 年 9 月

研究背景

异源四倍体芥菜是一种重要的农用经济作物EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，是由两个二倍体植物白菜 Brassica rapa 和黑芥 Brassica nigra 杂交而来沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛。早在公元前 3000 年即被驯化沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，但进化史较为模糊沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」。研究异源四倍体芥菜的群體結構和基因組分化趋势九游会·J9-中国官方网站|真人游戏第一品牌，鉴定重要农艺性状的显著关联位点有助于促进异源四倍体芥菜的遗传改良

産品類型	研究材料	測序策略	分析結果
基因組	四川黃籽（SY）芥菜	PacBio 93×；Illumina 130×； BioNano 202×；Hi-C 155×	更新后基因組大蠩ON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站。�933.5 Mb熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，其中867.3mb( 约 92.9%)被锚定在染色体上九游会·J9-中国官方网站\|真人游戏第一品牌澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，组装水平提升
群體結構	480 份芥菜（来自 38 个国家）	Illumina X Ten918博天堂(中国区)-官方网站，测序深度 15×	研究数据表明芥菜最可能单一起源于西亚,918博天堂(中国区)-官方网站球盟会·qmh(中国区)-官方网站，涉及三条独立传播路径熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」。并在传播过程中G2 和 G4 有较强的基因渐渗现象澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站，该现象在 B 亚基因組更为明显
GWAS	390 份芥菜	Illumina X Ten沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，测序深度 15×	鑒定得到多個與芥菜開花時間、種子大小、形態變化等農藝性狀相關的顯著關聯候選基因
轉錄組	根、茎、叶、花芽、角果（4 个发育时期） Illumina X Ten	Illumina X Ten918博天堂(中国区)-官方网站，测序深度 15×	鑒定得到多個與芥菜開花時間、種子大小、形態變化等農藝性狀相關的顯著關聯候選基因
結論	该研究对芥菜的起源和驯化提供了全面的见解意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，为基于基因組学的芥菜育种奠定了基础

芥菜开花时间的全基因組范围选择消除和GWAS分析

芥菜根部膨大的候選基因

杨树：重测序&代謝組&轉錄組

Integration of genome wide association studies and co-expression networks reveal roles of
PtoWRKY 42 -PtoUGT76C1-1 in trans-zeatin metabolism and cytokinin sensitivity in poplar

期刊：New Phytologist
影響因子：10.151
发表时间：2021 年6月

研究背景

异源四倍体芥菜是一种重要的农用经济作物熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，是由两个二倍体植物白菜 Brassica rapa 和黑芥 Brassica nigra 杂交而来杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口918博天堂(中国区)-官方网站。早在公元前 3000 年即被驯化熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台，但进化史较为模糊球盟会·qmh(中国区)-官方网站918博天堂(中国区)-官方网站。研究异源四倍体芥菜的群體結構和基因組分化趋势意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛球盟会·qmh(中国区)-官方网站，鉴定重要农艺性状的显著关联位点有助于促进异源四倍体芥菜的遗传改良

産品類型	研究材料	測序策略	分析結果
研究背景	细胞分裂素是一类重要的植物激素熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台九游会·J9-中国官方网站\|真人游戏第一品牌，参与叶片衰老、养分运输以及离体再生等重要的生长发育过程球盟会·qmh(中国区)-官方网站。细胞分裂素氮糖基化修饰是调控植物体内细胞分裂素代谢平衡进行精细调控的重要手段杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS球盟会·qmh(中国区)-官方网站，对于植物生理状态、发育阶段、环境胁迫等因素密切相关熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」九游会·J9-中国官方网站\|真人游戏第一品牌，对位置植物的正常生长发育起重要作用熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台球盟会·qmh(中国区)-官方网站EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」。尽管在高等植物中鉴定出了一些细胞分裂氮糖基化相关的候选基因澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站918博天堂(中国区)-官方网站，但是其调控因子尚未见正式报道球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛。
代謝組	435 株毛白杨种质资源	LC-MS/MS	检测了 15 种植物激素相关代谢产物的含量（水杨酸 (SA)、玉米素 (Z)、赤霉素 A3(GA3)、茉莉酸 (JA) 及其次级代谢产物）九游会·J9-中国官方网站\|真人游戏第一品牌918博天堂(中国区)-官方网站杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口。与 2,757,176 个 SNP 进行 mGWAS 分析沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台，共发现 955 个显著关联位点澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。其中沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」球盟会·qmh(中国区)-官方网站九游会·J9-中国官方网站\|真人游戏第一品牌，位于 PtoWRKY42 基因第五外显子上的 SNP-Chr14:8767134 与 ZNG 含量显著相关918博天堂(中国区)-官方网站。
GWAS		Illumina GA II HiSeq 2500球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛九游会·J9-中国官方网站\|真人游戏第一品牌澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站，测序深度 15×
轉錄組		Illumina HiSeq 2000	鉴定到 3 个基因的 14 个 cis-eQTNs 以及 35 个基因的 151 个 trans-eQTNs 被鉴定熊猫体育中国(官方认证）体育赛事直播平台九游会·J9-中国官方网站\|真人游戏第一品牌。其中 PtoUGT76C1-1 的表达量与 SNP- Chr10:18900221 以及 SNP Chr14: 8767134 呈显著相关.
結論	通过代謝組数据EON4凯捷-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站，联合全基因組關聯分析与加权基因共表达网络分析澳门人威泥斯娱乐官方网站(中国)集团娱乐官方网站九游会·J9-中国官方网站\|真人游戏第一品牌，构建了调控细胞分裂素代谢产物反式玉米素氮糖苷（ZNG）的转录调控陌拿湃送嗨褂槔止俜酵�(中国)集团娱乐官方网站？橐獍�4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」。

PtoWRKY42核苷酸變異與毛白楊自然群體葉片ZNG含量顯著相關

利用 WGCNA鉴定和注释与ZNG含量相关的基因囊獍�4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS球盟会·qmh(中国区)-官方网站九游会·J9-中国官方网站|真人游戏第一品牌？�

參考文獻

[1] Kang L, Qian L, Zheng M, et al. Genomic insights into the origin, domestication and diversification of Brassica juncea. Nat Genet. 2021 Sep;53(9):1392-1402.

[2] Song Y, Chen P, Xuan A, et al. Integration of genome wide association studies and co-expression networks reveal roles of PtoWRKY 42-PtoUGT76C1-1 in trans-zeatin metabolism and cytokinin sensitivity in poplar. New Phytol. 2021 Aug;231(4):1462-1477.