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宏基因組測序（三代）

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Nanopore metagenomics enables rapid clinical diagnosis of bacterial lower respiratory infection

文章雜志：Nature Biotechnology
影響因子：31.864
文章單位：英國諾維奇東安格利亞大學
發表年份：2019.07
研究方法：三代宏基因组 Oxford Nanopore MinION

一、研究背景

目前沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，细菌性下呼吸道感染（LRIs）临床诊断还面临巨大挑战澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口，已有研究表明临床宏基因組測序方法可以比传统微生物培养更快地鉴定细菌性 LRI 病原体vsport-(中国区)官方网站CQ9电子·(china)唯一官方网站澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，但该方法的有效使用需去除样品中存在的大量人类遗传物质（宿主DNA）沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!kg体育·(中国China)官方网站沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」。

研究方法及思路

取材

測序

分析

来自细菌性 LRI 患者呼吸
道痰液、ETA（氣管插管
抽吸物）、BAL（肺泡灌
洗液）共41個樣本OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」。

Oxford Nanopore 的便携
式 MinION

1. 改为用qPCR对该臨床檢測方法的耗时、灵敏性与特异性进行评估vsport-(中国区)官方网站澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。
2. 抗性基因分析澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。
3. 病原菌基因组组装意昂凯捷4（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」。

三、研究結果

1. 本文开发的是一种用于能够细菌性下呼吸道感染研究的宏基因组学方法澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」，该方法同时兼备了使用皂苷（saponin）进行有效宿主 DNA 去除熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台CQ9电子·(china)唯一官方网站。
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3. 将宏基因组数据进行抗性基因分析以及基于参考基因组的组装澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，可以直接从呼吸道样品产生整个病原体基因组CQ9电子·(china)唯一官方网站沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!意昂凯捷4（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」，用于公共健康和感染控制应用杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口。

四、研究結論

本文开发了一种基于皂苷去除宿主 DNA 来制备呼吸道样本的方法熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台，并将其纳入纳米孔 MinION 宏基因組測序方案中澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，优化后该方法可在样品接收后 6 h 内在 LRI 中鉴定细菌病原体和抗生素抗性基因杏耀平台代理注册(官方)网站/网页版登录入口沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」沐鸣2-科技赋能场景,让娱乐更有趣!，测试灵敏度和特异性都为 100％kg体育·(中国China)官方网站OG视讯·(中国区)集团有限公司官方网站澳·门人威·尼·斯·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。优化方法对于呼吸道样品中病原菌的 LoD（10³~10⁵ cfu/ml）符合實際臨床阈值範圍vsport-(中国区)官方网站沐鸣娱乐-中国集团「一家走心的游戏平台」。