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RNA甲基化（MeRIP-seq）

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期刊以及IF： Molecular Cancer；41.44
研究材料：GC/鄰近正常組織
測序産品：Merip-seq、轉錄組、RIP-seq
關注重點：ALKBH5去甲基化酶、PKMYT1下遊靶標
研究意義：構建ALKBH5-PKMYT1-IGF2BP3調控系統球友直播-球友直播app下载_球友直播app意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版，提供GC轉移治療新靶點

一、研究思路

二、研究結論

2.1 MeRIP-seq：m6A修饰的基因与GC细胞粘附有很强的相关性
m6A信號主要出現在mRNA轉錄本的終止密碼子和3'UTR附近（Peak在mRNA轉錄本功能區域上的分布）
m6A修飾集中在GGACU基序上 （Motif分析）
大多數在GC組織中表現出較高水平的m6A修飾 （差異分析）
GO分析表明這些基因主要富集在細胞-細胞粘附和上皮細胞遷移中 （功能富集分析） 基因的mRNA水平也明顯高于鄰近正常組織 （MeRIP-seq與mRNA關聯分析）
2.2 关键RNA甲基化酶确定- ALKBH5
TCGA數據庫+GEO數據庫定位與GC遷移相關的RNA甲基化酶以及蛋白表達量；
結合mRNA數據；定位關鍵去甲基化轉移酶ALKBH5；
2.3 ALKBH5下游靶基因确定- PKMYT1
MeRIP-seq+RNA-seq結果VSport -(CHINA) 胜利因您更精彩意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台，根據已發表文獻確定于GC侵襲與轉移相關的靶基因PKMYT1；
MeRIP-qRT-PCR和mRNA水平驗證ALKBH5過表達或被幹擾時尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版意昂体育4凯捷 -〈官方认证〉意昂4凯捷登录即享,美好时光Zoty中欧·(中国)体育官方网站，只有PKMYT1表現出穩定的改變；
RIP和RNA下拉實驗驗證ALKBH5與PKMYT1是可以結合的；

案例二 YTHDF1依赖m6A调控转录本翻译激活肠道免疫应答

期刊以及IF： Nucleic Acids Res；16.97
合作单位：浙江大学动科学院汪以真團隊
研究材料：豬腸上皮細胞系IPEC-J2、Ythdf1、Ddx60基因敲低細胞系尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版杏宇娱乐-杏宇注册登录平台球友直播-球友直播app下载_球友直播app，人腸上皮細胞系Caco-2
样本处理：产肠毒素大肠杆菌K88 (ETEC) 感染、LPS刺激
測序産品：Merip-seq、Ribo-seq、RNA-seq
結論：甲基化閱讀蛋白——YTHDF1以m6A依賴的方式調節靶基因Traf6轉錄本的翻譯效率球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版杏宇娱乐-杏宇注册登录平台，進而激活NF-κB信號通路杏宇娱乐-杏宇注册登录平台，達到調控腸道上皮細胞免疫應答反應的機制

一、研究思路

二、研究結論

2.1 YTHDF1依赖m6A调控转录本翻译激活肠道免疫应答
Merip-seq：感染後腸上皮細胞m6A修飾水平顯著升高球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播杏宇娱乐-杏宇注册登录平台意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台。
Ribo-seq：敲除YTHDF1後的感染細胞翻譯效率降低意昂体育4凯捷 -〈官方认证〉意昂4凯捷登录即享,美好时光Zoty中欧·(中国)体育官方网站球友直播-球友直播app下载_球友直播app，主要集中Traf6轉錄本意昂4凯捷体育(中国)数字娱乐技术创新平台，且存在m6A修飾Zoty中欧·(中国)体育官方网站尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版。
總結【RNA甲基化研究思路】