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全長轉錄組（三代）

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A survey of the sorghum transcriptome using single-molecule long reads

期刊：Nature Communications
影響因子：11.329
發表單位：科羅拉多州立大學
發表年份：2016年

一、研究背景

高粱是世界上非常重要的C4作物尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，也是重要的耐胁迫的谷类PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录，重要的研究非生物胁迫的模式生物乐天堂fun中心(fun88) 官方网站尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录K8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口。本研究以高粱为研究材料杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录，采用Pacbio的Iso-Seq策略九游·会-(官网)真人游戏第一品牌，调研高粱转录组特征杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，改进高粱基因集注释乐天堂fun中心(fun88) 官方网站。

二、方法流程

取材

建庫

測序

幹旱脅迫處理的
高粱種子(BTx623)和對照

Pacbio Iso-Seq文库1-2、2-6kb
Illumina文庫作爲後續對照分析

1. TAPIS流程搭建
2.可變剪接事件分析
3.多聚腺苷酸化事件(APA)分析
4.新基因發現
5.差異表達分析

三、研究結果

1. AS事件分析
本研究發現PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载乐天堂fun中心(fun88) 官方网站，有10,053個isoform經曆了AS事件PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce球友会-qy球友会-（中国）千亿球友会杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，其中只有2,950個isoform和現有的基因模型吻合乐天堂fun中心(fun88) 官方网站PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce。Pacbio數據結果證實高粱轉錄組AS事件比之前的認知更爲普遍杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。同時尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录，文章對在Pacbio中的多isoform的基因做了RT-PCR驗證PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站，證實了結果的可靠性九游·会-(官网)真人游戏第一品牌意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光。
2. APA事件分析
APA事件是在编码区或3’-UTR区形成isoformK8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口，提高转录本的复杂性意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光。由于单分子測序技术利用Oligo dT引物合成cDNA球友会-qy球友会-（中国）千亿球友会，poly(A)会出现在測序结果中球友会-qy球友会-（中国）千亿球友会PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。因此杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载，单分子測序技术是研究APA的有力工具意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光球友会-qy球友会-（中国）千亿球友会乐天堂fun中心(fun88) 官方网站。本文发现在已表达的14,550个基因中PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站球友会-qy球友会-（中国）千亿球友会意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，11,013个至少有1个poly(A)位点PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce。
3. 新基因发现
原來的參考基因集有~34,500個基因K8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口乐天堂fun中心(fun88) 官方网站PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站。在該研究中預測到2171個可能的新基因PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。爲了鑒定這些新基因是否在其他物種中存在PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce，我們使用BLAST中的tblastx和blastx分別比對到收集的植物cDNA序列和Swiss-Prot蛋白數據庫杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，共檢測到971個基因尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录球友会-qy球友会-（中国）千亿球友会PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce。爲了證明這些新基因的表達乐天堂fun中心(fun88) 官方网站K8·凯发【中国区】集团旗舰厅官网登录入口，隨機選擇7個基因並用RT-PCR驗證PG(官方电子平台)有限公司-China直营官方网站意昂体育5 -Kgame〈官方认证〉意昂5登录即享,美好时光，證實了新基因的表達和剪切九游·会-(官网)真人游戏第一品牌。

图 Iso-seq和已注释的不同可变剪切类型的比较

四、研究結論

采用Pacbio Iso-Seq方法杏耀平台娱乐注册(全站)登录入口手机APP下载，对高粱的转录组认知达到新的高度杏鑫|杏鑫平台注册·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce。