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群體進化

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SNP檢測及注釋

開發SNP標記熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台球客岛-足球比分直播平台，注釋及過濾
SNP（單核苷酸多態性）主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性球客岛-足球比分直播平台熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台XC-sports(中国区)-体育官方网站入口，包括單個堿基的轉換、顛換等球客岛-足球比分直播平台熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站。我們采用SAMTOOLS等軟件進行群體SNP的檢測熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台，利用ANNOVAR軟件對SNP檢測結果進行注釋熊猫体育app下载安装（China）认证体育赛事直播平台。

SNP檢測及注釋结果统计

Category		Number of SNPs
Upstream		203,062
Exonic	Stop gain	2,142
	Stop loss	564
	Synonymous	247,194
	Non-synonymous	167,809
Intronic		321,306
Splicing		1,471
Downstream		189,867
upstream/downstream		51,199
Intergenic		986,703
ts		1,256,052
tv		915,265
ts/tv		1.372
Total		2,171,317

CNV檢測及注釋

開發CNV標記並進行注釋
CNV主要是全基因组水平发生的大片段（≥1,000 bp）的duplication或deletion现象九游·会-(官网)真人游戏第一品牌，通过个体的深度测序long8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站入口熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站球客岛-足球比分直播平台，基于软件CNVnator以全基因组的深度分布差异情况熊猫体育app下载安装（China）认证体育赛事直播平台beat·365(中国)-官方认证网站熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站，来确定CNV发生的区域long8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站入口。

CNV檢測及注釋结果统计

Category	Number of CNVs
Total	1,747
Upstream	107
Exonic	422
Intronic	24
Downstream	53
Upstream/Downstream	17
Intergenic	1,124
Duplication	552
Deletion	1,195

群體遺傳多樣性分析

科學推測群體親緣關系

1. 群體進化树分析
系统进化树（phylogenetic treelong8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站入口熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台九游·会-(官网)真人游戏第一品牌，又称evolutionary tree进化树）是描述群体间分化顺序的分支图或树熊猫体育app下载安装（China）认证体育赛事直播平台long8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站入口熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台，用来表示群体间的进化关系尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版。根据群体的物理或遗传学特征等方面的共同点或差异可以推断出它们的亲缘关系远近beat·365(中国)-官方认证网站XC-sports(中国区)-体育官方网站入口熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台。我们采用邻接法（neighbor-joining methods）构建进化树熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站熊猫体育app下载安装（China）认证体育赛事直播平台。
2. 群体主成分分析
主成分分析（PCA）是一種純數學的運算方法熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站九游·会-(官网)真人游戏第一品牌，可以將多個相關變量經過線形轉換選出較少個數的重要變量beat·365(中国)-官方认证网站U8国际·[中国区]有限公司官网。PCA應用到很多學科熊猫体育app下载安装（China）认证体育赛事直播平台，在遺傳學當中熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台，主要用于聚類分析熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站XC-sports(中国区)-体育官方网站入口熊猫体育app下载安装（China）认证体育赛事直播平台，它是基于個體基因組SNP差異程度尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台long8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站入口，按照不同性狀特征將個體按主成分聚類成不同的亞群熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站，同時用于和其它方法做相互驗證熊猫体育app下载安装（China）认证体育赛事直播平台。
3. 群体遗传结构分析
群體遺傳結構指遺傳變異在物種或群體中的一種非隨機分布球客岛-足球比分直播平台九游·会-(官网)真人游戏第一品牌。按照地理分布或其他標准可將一個群體分爲若幹亞群熊猫体育app下载安装（China）认证体育赛事直播平台，處于同一亞群內的不同個體親緣關系較高熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台，而亞群與亞群之間則親緣關系稍遠球客岛-足球比分直播平台。群體結構分析有助于理解進化過程熊猫体育app下载安装（China）认证体育赛事直播平台long8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站入口U8国际·[中国区]有限公司官网，並且可以通過基因型和表型的關聯研究確定個體所屬的亞群球客岛-足球比分直播平台。

群體選擇分析

——連鎖不平衡分析

连锁不平衡（Linkage disequilibrium, LD）指群体内不同位点等位基因间的非随机性组合的关系熊猫体育app下载安装（China）认证体育赛事直播平台，即当位于同一条染色体的两个等位基因（A球客岛-足球比分直播平台XC-sports(中国区)-体育官方网站入口，B）同时存在的概率熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站beat·365(中国)-官方认证网站，大于群体中因随机分布而同时出现的概率时beat·365(中国)-官方认证网站U8国际·[中国区]有限公司官网，就称这两个点处于LD状态九游·会-(官网)真人游戏第一品牌尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版long8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站入口。一般来说熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站XC-sports(中国区)-体育官方网站入口beat·365(中国)-官方认证网站，在连锁不平衡分析中尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版球客岛-足球比分直播平台beat·365(中国)-官方认证网站，野生种的LD值较低long8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站入口熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站球客岛-足球比分直播平台，而驯化种由于受到了正选择的作用beat·365(中国)-官方认证网站，LD值就会偏大U8国际·[中国区]有限公司官网。

群體選擇分析

——基于SNP的選擇消除分析

1. 基于群体分化（Fst）
群體的固定系數F反映了群體等位基因雜合性水平球客岛-足球比分直播平台熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站U8国际·[中国区]有限公司官网。固定系數F是F統計量（Fst）的一個特例熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站。0≤Fst≤1熊猫体育app下载安装（China）认证体育赛事直播平台尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版，Fst越接近1表示亞種群間的種群分化越明镄苊ㄌ逵�-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站九游·会-(官网)真人游戏第一品牌熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台。
2. 基于群体多样性分析
群体θπ值反映了群体基因组碱基多样性XC-sports(中国区)-体育官方网站入口。θπ分析九游·会-(官网)真人游戏第一品牌，通过以一定大小的窗口（如5 Kb）在基因组上滑动熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台球客岛-足球比分直播平台，并对滑动窗口中群体遗传信息的差异（SNP）进行分析球客岛-足球比分直播平台long8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站入口beat·365(中国)-官方认证网站。
3. 基于Fst和π的選擇消除分析
Fst和π已被證實是一種很有效力地檢測選擇消除區域的方法尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版熊猫体育-【中国区】Panda SPORTS 官方平台网站，特別是在挖掘與生存環境密切相關的功能區時U8国际·[中国区]有限公司官网九游·会-(官网)真人游戏第一品牌，往往可以得到較強的選擇信號beat·365(中国)-官方认证网站熊猫体育app下载安装（China）认证体育赛事直播平台球客岛-足球比分直播平台。

群體選擇分析

——基于CNV的選擇消除分析

除了点突变long8·龙8·(国际版)头号玩家唯一官方网站入口U8国际·[中国区]有限公司官网，CNV（拷贝数变异）也可能在长期的进化过程中受到强烈的选择XC-sports(中国区)-体育官方网站入口，从而基因组受选择区域出现CNV 频率变化的现象尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版，通过比较不同群体的CNV频率差异球客岛-足球比分直播平台，挖掘出进化上受选择的基因区域九游·会-(官网)真人游戏第一品牌熊猫体育中国app官网下载地址（官方）认证体育赛事直播平台。采用选择性消除分析参数RFD（relative frequency difference）进行分析尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版，筛选出显著受选择的CNVs尼斯人app官网版下载尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版。