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An atlas of regulatory elements in chicken: A resource for chicken genetics and genomics

期刊： Science Advances
影響因子：13.6
發表單位：美國加州大學戴維斯分校
發表年份：2023年5月

一、研究背景

在全球範圍內918博天堂(中国区)-官方旗舰厅，雞的生産産生了所有動物蛋白質的三分之一龙8·long8(国际)唯一官方网站-HOME意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTSlehu国际乐虎(China)-官方平台网站，作爲研究最深入的鳥類物種之一意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!918博天堂(中国区)-官方旗舰厅，雞填補了我們理解哺乳動物和鳥類之間進化關系的重要空白尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录龙8·long8(国际)唯一官方网站-HOME。

二、研究結果

1.染色質狀態的預測和表征
我們進一步探討了DNA甲基化與調控元件之間的關系意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!918博天堂(中国区)-官方旗舰厅龙8·long8(国际)唯一官方网站-HOME。我們發現啓動子的甲基化水平最低意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS星空·体育(中国集团)官方网站尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录，其次是ATAC島、增強子和Polycomb抑制區域（圖2E）MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!lehu国际乐虎(China)-官方平台网站，這與這些調控元件調控基因表達的方式以及甲基化水平與基因表達之間的普遍負相關相一致意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!。我們還觀察到意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS意昂4凯捷·(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，具有ATAC信號的增強子（即EnhA和EnhAMe）的甲基化水平低于沒有ATAC信號的增強子意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，這與我們之前在豬中的發現一致long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站龙8·long8(国际)唯一官方网站-HOME。
2.組織特異性染色質狀態及其功能注釋
我們發現所推斷的TFs在相應組織中的表達水平高于其他組織意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS。這表明這些組織特異性增強子是TF活性的熱點long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录，並在組織特異性的基因表達調控中發揮重要作用尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录。
3.超級增強子的鑒定和表征
結果共同表明long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站，超級增強子在雞的組織特性和功能中起著關鍵作用918博天堂(中国区)-官方旗舰厅MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长。
4.探索增強基因組注釋對雞生物學的應用
研究結果表明星空·体育(中国集团)官方网站意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS918博天堂(中国区)-官方旗舰厅，該調控元件圖譜提供了進一步的特性lehu国际乐虎(China)-官方平台网站星空·体育(中国集团)官方网站MG不朽情缘·(官网)追求健康,你我一起成长，可能有助于更好地了解雞的單基因和複雜性狀的分子機制以及適應性進化和選擇long8·龙8(国际版)头号玩家唯一官方网站918博天堂(中国区)-官方旗舰厅尊龙时凯人生就是搏[中国]官网登录。

三、研究結論

這種對雞基因組調控元件的廣泛注釋將有助于研究人員解碼複雜性狀和適應性進化的分子機制意昂5·Kgame(中国区)体育官方网站-EON SPORTS，並爲實現家禽重要經濟性狀的遺傳改良提供強有力的資源

四、參考文獻

Pan Z, Wang Y, Wang M, Wang Y, Zhu X, Gu S, Zhong C, An L, Shan M, Damas J, Halstead MM, Guan D, Trakooljul N, Wimmers K, Bi Y, Wu S, Delany ME, Bai X, Cheng HH, Sun C, Yang N, Hu X, Lewin HA, Fang L, Zhou H. An atlas of regulatory elements in chicken: A resource for chicken genetics and genomics. Sci Adv. 2023 May 3;9(18):eade1204. doi: 10.1126/sciadv.ade1204. Epub 2023 May 3. PMID: 37134160; PMCID: PMC10156120.