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真菌測序

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Comparative genomics identifies the Magnaporthe oryzae avirulence effector
AvrPi9 that triggers Pi9-mediated blast resistance in rice

期刊： New Phytologist
影響因子：7.762
研究單位：中南大學雜交水稻國家重點實驗室
發表年份：2014年12月

一、研究背景

由于子囊菌病原体Magnaporthe oryzae引起的稻瘟病是主要的水稻真菌病害在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅，对水稻的稳产产生了长期的威胁在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅。有效利用宿主抗病基因的防御机制官网- 杏宇注册| 一站式娱乐平台- 会员登陆中心HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台，是防治植物病害的重要途径HOME_U8国际_U8共创美好未来MK(体育科技有限公司)体育·官方网站OG视讯·(中国区)官方平台网站。本研究选择了一株致病菌株R01-1OG视讯·(中国区)官方平台网站官网- 杏宇注册| 一站式娱乐平台- 会员登陆中心标题，并选择了与其亲缘关系最近的无毒菌株R88-002官网- 杏宇注册| 一站式娱乐平台- 会员登陆中心K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口PA视讯(中国区)官网 - PlayAce，对两株菌株进行測序和组装在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」MK(体育科技有限公司)体育·官方网站，利用比较基因组学手段在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅HOME_U8国际_U8共创美好未来OG视讯·(中国区)官方平台网站，尝试寻找与稻瘟菌致病相关的核心基因在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」标题。

二、方法流程

取材

建庫

測序

分析

1. 致病菌株R01-1
2. 与致病菌株亲缘关系最近的
無毒菌株R88-002

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Illumina HiSeq 2000 PE101

1. 基因组组装
2. 比较基因组分析

三、研究結果

1. 确定研究菌株
基于稻瘟菌192個變異位點的PCR驗證PA视讯(中国区)官网 - PlayAce标题，對26株無毒菌株進行進化研究K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」，找到和致病菌株R01-1親緣關系最近的R88-002菌株作爲研究對象HOME_U8国际_U8共创美好未来PA视讯(中国区)官网 - PlayAce。
2. 測序及注释
对两株菌株分别进行測序组装在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅，获得两个菌株的基因组序列意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」官网- 杏宇注册| 一站式娱乐平台- 会员登陆中心，并进行基本的注释分析官网- 杏宇注册| 一站式娱乐平台- 会员登陆中心HOME_U8国际_U8共创美好未来。
3. 比较基因组分析
對兩株菌株序列進行比較基因組分析K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口HOME_U8国际_U8共创美好未来MK(体育科技有限公司)体育·官方网站，發現R01-1中的AvrPi9 基因中存在一段重複序列插入官网- 杏宇注册| 一站式娱乐平台- 会员登陆中心MK(体育科技有限公司)体育·官方网站，導致AvrPi9 介導的無毒機制失效MK(体育科技有限公司)体育·官方网站HOME-杏耀娱乐-杏耀注册登录平台官网- 杏宇注册| 一站式娱乐平台- 会员登陆中心。
4. AvrPi9 基因表達
RT-PCR實驗顯示AvrPi9 基因在菌株感染初期存在高表達PA视讯(中国区)官网 - PlayAce标题OG视讯·(中国区)官方平台网站，顯示該基因在菌株侵染過程中的重要作用OG视讯·(中国区)官方平台网站在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅标题。進一步分析也顯示在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅标题，不同的AvrPi9 基因型和菌株具體的毒力性狀存在一定的關聯HOME_U8国际_U8共创美好未来在线娱乐_用户注册(中国)娱乐中心首页大厅。

四、研究結論

本文是基于比較基因組尋找致病真菌毒力機制的典型範例标题MK(体育科技有限公司)体育·官方网站意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」。通過前期的分子實驗意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」标题，篩選獲得了遺傳背景接近的致病菌和無毒菌株K8·凯发【体育中国】集团旗舰厅官网登录入口，爲後續研究奠定了堅實的基礎；比較基因組的精細分析意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」官网- 杏宇注册| 一站式娱乐平台- 会员登陆中心MK(体育科技有限公司)体育·官方网站，結合後續充分的實驗驗證标题OG视讯·(中国区)官方平台网站，多角度全面揭示了關鍵基因在菌株致病過程中的作用機制MK(体育科技有限公司)体育·官方网站HOME_U8国际_U8共创美好未来。