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DNA methylation signatures of monozygotic twins clinically discordant for multiple sclerosis
期刊: Nature Communications
影響因子:16.6
發表單位：薩爾布呂肯大學、慕尼黑大學
发表时间: 2019年
研究背景
多发性硬化症（Multiple Sclerosis意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」CQ9(电子中国)在线官方网站K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发，MS）在年轻人中是一种主要的神经性系统疾病娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcomeCQ9(电子中国)在线官方网站，也是一种自身免疫疾灿槔种行摹⒉岽筇ü偻┯槔种行� -我的账户PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME。桓眉膊≡诘ヂ阉蟹⒉÷式系湍崴谷薬pp官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网，这有力地证明了表观遗传因 素的参与作用意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来。DNA 甲基化的改变可以引起转录的改变K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发CQ9(电子中国)在线官方网站，在人类的许多疾病中已经观察到异常的 DNA 甲基化PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME，并且一些环境因素（吸烟、维生素 D 缺乏等）可能与 MS 相关K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME。为了 进一步揭露MS 致病机理杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来，作者选择了45对 MS 临床表现不一致的单卵双胞胎进行甲基化相关的研究U8国际·[集团]有限公司官网K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来。
方法流程
45對MS不和諧的單卵雙胞胎的PBMC樣本
1.Infinium Methylation EPIC BeadChip(45对样本)
2.TDBS驗證(45對樣本)
3.WGBS檢測(4对女性样本)
1.EPIC檢測：DMP、DMR、DVP、CNV分析；EWAS分析
2.WGBS檢測：DMR、部分甲基化区域分析
研究結論
本研究确定了新的候选表观遗传标记（cg27037608、cg25345365）PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAMEU8国际·[集团]有限公司官网CQ9电子·(china)唯一官方网站，并强调治疗效果和遗传背景是主要的混杂因素CQ9电子·(china)唯一官方网站娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户，为表观 MS 研究提供了重要参考意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户CQ9(电子中国)在线官方网站。
研究方法
16例AK樣本、19例cSCC樣本、12例健康control表皮樣本
1.Infinium Methylation EPIC BeadChip(16例AK、18例cSCC、12例健康control表皮样本)
2.IHC(分別11例AK、cSCC、健康表皮樣本)
3.全外顯子測序(分別10例AK、cSCC樣本)
1.甲基化譜分析
2.CPG位點與TCGA癌症數據層次聚類分析
3.增強子甲基化差異甲基化分析
4.通路分析
三、研究結果
1. AK 与 cSCC 表现出类似的异常甲基化模式
850K 甲基化芯片檢測12例正常表皮样本、16例 AK 表皮样本、18例 cSCC 表皮样本CQ9电子·(china)唯一官方网站U8国际·[集团]有限公司官网K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发，主成分分析和散点图显示 AK 和 cSCC 之间存在高度重叠U8国际·[集团]有限公司官网，且都与正常表皮之间存在显著差 异甲基化娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发，但两者没有檢測到显著差异的甲基化娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcomeU8国际·[集团]有限公司官网娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户。
图4 AK 和 cSCC 表现出类似的异常甲基化模式
2. AK 和 cSCC 表现出典型的干细胞甲基化特征
通过对 non-CpG 甲基化水平分析PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME，发现 AK 和 cSCC 样品中 DNA 甲基转移酶的表达显著增加K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发CQ9(电子中国)在线官方网站意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」，表现出典型的干细胞甲基化特征；通过对一组独立样本（11例健康皮肤、11例 AK 和11例 cSCC ）的免疫组化分析尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户，证实了 AK 和 cSCC 的干细胞特征娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户U8国际·[集团]有限公司官网意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」。
图5 AK 和 cSCC 表现出典型的干细胞甲基化特征
3. AK/cSCC 存在的两种亚型
角蛋白基因簇的差异甲基化分析显示CQ9电子·(china)唯一官方网站娱乐中心首页大厅,娱乐中心-大厅welcomeCQ9(电子中国)在线官方网站，在 AK 和 cSCC 样品中存在两种不同的角蛋白甲基化模式；增强子甲基化谱的无监督层次聚类与全外显子测序（10例 AK 和 cSCC）显示意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发CQ9(电子中国)在线官方网站， AK/cSCC 亚类分别与未分化的表皮干细胞和分化程度更高的角质形成细胞有关K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发意昂凯捷4凯捷（中国）官网「强保障平台,更省心娱乐」，而且两个亚群的 DNA 甲基化模式之间没有相关性娱乐中心—注册大厅（官网）娱乐中心 -我的账户尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网CQ9电子·(china)唯一官方网站。结果表明 AK 和 cSCC 的两种亚型分别源自不同的角 化细胞分化阶段U8国际·[集团]有限公司官网，并且独立于突变谱尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网U8国际·[集团]有限公司官网PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME。
图6 增强子甲基化的层次聚类
研究結論
该研究结果有力地说明了 AK/cSCC 亚群的细胞来源有两种不同的类型PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAMECQ9(电子中国)在线官方网站，而且支持 AK 和 cSCC 来自表皮干细胞的两个（或多个）分化阶段的模型PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME尼斯人app官网版下载·尼斯人app官网下载官方版-尼斯人官网K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发，这些细胞类型的详细表征及其临床意义 的分析将是未来研究的重要方面K8·凯发(中国【官网】集团天生赢家一触即发PA电子官方-游戏试玩|PLAYACE GAME。
參考文獻
[1] Souren NY, Gerdes L A, Lutsik P, et al. DNA methylation signatures of monozygotic twins clinically discordant for multiple sclerosis[J]. Nature Communications,
2019(10):1-12.
(原文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41467-019-09984-3)
[2] Rodriguez-Paredes M, Bormann F, Raddatz G, et al. Methylation profiling identifies two subclasses of squamous cell carcinoma related to distinct cells of origin
[J]. Nature Communications, 2018, 9(1).
（原文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41467-018-03025-1）
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